Forum http://www.rationalisme.org et http://zartregu.blogspot.com (le crocodile paroissial)

Oui, tout est discutable. Mais je ne sais pas ce que tu appelles "les 2 principales approches"...

En résumé, ce que raconte Moran dans son court exposé est qu'il y eut deux schémas (historiquement) appelés "le dogme central". Soit le schéma << ADN -> ARN -> protéine >> et celui ultérieur, complété par une flèche en sens inverse << ADN <=> ARN -> protéine >> une fois que la découverte de la transcriptase reverse par Monod & CO eut réfuté le premier schéma. C à dire que la proposition "ni protéines ni ARN ne pourraient fabriquer de l'ADN", fut réfuté par la possibilité chez les virus de rétrotranscrire l'ARN en ADN.
Et il ajoute que c'est le 1er schéma simplifié et faux (ADN -> ARN-> Protéine) qui est partout annoncé comme tombé... alors que le dogme central (ou théorie centrale) serait plutôt le second de Crick, reformulé ultérieurement, et encore valable actuellement : "The central dogma states that information in nucleic acid can be perpetuated or transferred but the transfer of information into protein is irreversible. (B. Lewin, 2004)", soit : une fois le code traduit en protéines, l'information ne peut modifier le code (irréversibilité). Puis suit sa réflexion sur la confusion que cela peut donner chez les étudiants etc. etc.

Ben je ne suis pas d'accord. Le dogme central est dépassé de toutes manières: le premier simplifié comme sa seconde version améliorée (qui considère la transcriptase reverse), sont dépassés d'un point de vue génétique : les protéines ne modifient pas l'ADN bien entendu, mais son expression.
J'avais proposé comme dogme (de la génétique) ceci : << un gène => (un arn *) => une protéine >>... rendu caduque par les quelques exemples que j'avais cités plus haut en vrac, qui ne portent pas sur ce schéma strictement moléculaire du texte de Moran, qui ne modifient pas l'ADN non plus (ce serait sinon le retour du lamarckisme) mais rendent de toutes manières ce "dogme moléculaire" éculé, trop rigide pour être encore un schéma pédagogiquement utile.
Il faudrait pour cela le compléter par quelques flèches supplémentaires (en pointillé p.e.), symbolisant l'expressivité différée selon X modalités. Des flèches pratiquement dans tous les sens. Le simple fait que le schéma central (ou dogme central) soit rédigé au singulier à protéine (protein) le rend caduc. Il n'en faut pas plus que cela. Or il y a bien plus d'éléments.
Je considère le "dogme central" - quel qu'il soit - comme échu ou caduc.

(*) la formulation "un arn" au milieu est assez débile, puisqu'il faudrait le faire précéder par adn. Mais je voulais mettre par la suite plein d'exemples en vrac qui réfutent le simplet adn > arn > protéine. Puis j'avais omis de les citer. En voilà un autre: on sait depuis longtemps qu'un gène code pour plus d'une protéine, mais actuellement a été découvert que le processus "inverse" existe aussi : certaines protéines sont codées par plusieurs brins d'ADN ! On ne peut, pour cette protéine-ci, reconstituer le miroir ADN à partir de l'ARN messager comme cela peut normalememnt se faire, car l' "information" se trouve sur différents fragments d'ADN !

Grrrmfff! L'une est celle qui, a juste titre, se satisfait de la bonne formulation conventionnelle dudit "dogme" - c.f. p.e. l'article blogguien de Moran cite dans mon precedent post, mais c.f. p.e. egalement l'article de Crick cite dans le post qui precede mon precedent post sur le sujet - tout en sachant qu'il s'agit d'une simplification. Et l'autre est celle qui, a juste titre aussi, prefere ajouter des fleches et des segments audit schema conventionnel representant ledit "dogme" tout en sachant que ce dernier (et, a fortiori, le schema conventionnel qui lui est associe), si bien formule(s), n'est (ne sont) pas faux - pour un schema "multifleches" (un des schemas possibles), c.f. p.e. l'article de Shapiro cite dans mon precedent post (voir image ci-dessous, poils au cou).



Bien entendu, les micro-ARN (-> genes qui n'encodent pas une proteine) et les "small molecules" (c.f. p.e. "Small molecules: the missing link in the central dogma" de Schreiber), les codes genetiques "jumeaux" de la chromatine (-> non-unicite de l'encodage), l'epigenetique, les effets du deploiement topologique proteinique (encore peu ou tres mal compris), ainsi que quelques autres trucs, pourraient effectivement bousculer ledit "dogme central bidule" (dans sa bonne formulation) - bousculer = reformulation ou abandon de cette hypothese (comme de n'importe quelle autre hypothese soumise au crible/controle empirique et a des grilles de lecture plus performantes) - puisqu'ils laissent subodorer que ce dernier pourrait ne representer, au pire, qu'une des facettes du transfert informationnel entre molecules et entre structures moleculaires. Mais affirmer que, dans l'etat actuel de nos connaissances, il est caduc releve encore de l'option litteraire.

Ah oui, c'étaient les 2 schémas en question. J'avais pas percuté. En phase alors.
... mais à moitié, car le schéma conventionnel ou "approche 1" (le dogme fondamental) est de toutes manières inclus dans le schéma (bien difficile à élaborer graphiquement) de "l'approche 2". Simplement ce schéma 1 est tellement élémentaire que (là je rejoins l'avis de Pichot mais peut-être pas nécessairement pour les mêmes raisons que lui) qu'il peut construire une rigidité mentale vis-à-vis de la complexité de l'élaboration des protéines.


Oui.
Je serais encore plus radical en fait : carrément pour l'abandon définitif de ce schéma simplet ; amha perturbateur, de par son extrême simplicité et omissions. Il y a en a tant qu'on en oublie chaque fois qu'on aborde le sujet : par ex. la plus flagrante simplification, qui est de symboliser l'étape intermédiaire entre ADN et protéines par "ARN", alors que cet "ARN" n'est rien que les 3 lettres communes à au moins 3 objets bien différents, ARN-polymérase, ARN-messager permettant à "'l'information" de sortir du noyau pour se faire traduire via des ARN de transfert, par les ribosomes composés d'ARN ribosomique.
Ce qui fait 4 objets moléculaires différents, en des lieux différents et aux fonctions différentes, symbolisées par ARN. Ca fait trop de dégats dans la compréhension, si on prend ce 1er schéma sans distance.

Et puis ce schéma donne à l'ARN une apparence de second rôle dans le tryptique, comme intermédiaire entre ADN et protéines, alors que l'ARN est aussi primordial que l'ADN et à la complexité et foisonnement de rôles augmentant au fil des mois et découvertes. Et probablement - s'il fallait se positionner là-dessus - "la" molécule (ARN) la plus ancienne et basique du vivant. C à dire que ARN et protéines peut s'envisager sans ADN, alors que l'inverse (ADN => protéines) sans ARN n'est même pas envisageable à l'heure actuelle. Pourtant, le schéma fondamental en question (le dogme central) induirait visuellement plutôt le contraire.

Donc oui, je réitère que ce"dogme central", pas faux, entraîne une foule de rigidifications intellectuelles en accolant des objets assez précis pour être des entités (même si énormes), comme l'ADN, à d'autres qui ne sont que symbole de différents objets, comme "ARN". Ce qui le rend finalement tellement faux qu'il vaudrait mieux l'évacuer définitivement.
Mais le remplacer par quoi de plus réaliste ? Là je ne sais pas. Il faudrait fouiner si des propositions suffisamment complètes et graphiquement pédagogiques existent. Le schéma on l'a tous en tête, variable selon la personne et les éléments que l'on considère et que l'on connaît, mais pour le mettre graphiquement sur papier, là il faudrait bûcher un peu.

M'enfin, je pinaille et j'en reste là. J'ai exposé quelques éléments forgeant mon opinion, et libre à chacun d'enterrer ou pas un schéma. Y a pas de souci pour ce qui me concerne.
A titre personnel, je serais aussi pour enterrer les "lois" de Mendel. Car en tant que lois, elles sont partiellement fausses aussi. J'aime assez les enterrements finalement.

Dire qu'elles sont fausses, meme partiellement, est un chouilla exagere. Elles ne sont pas universelles (= elles ne recouvrent pas tous les cas - leur champ de validite est moins etendu qu'il n'y parait - et enfantent parfois des marges d'erreur difficilement acceptables). Indeniable. Retirer leur statut de "loi" ne serait donc pas forcement une mauvaise idee (sauf s'il s'agit de remplacer le terme "loi" par une expression imbitable aux relents hermetiques).

Passionnant vos échanges (ainsi que les lectures proposés par Pyne Duythr), maintenant je comprends bien mieux cette histoire de dogme et comme Saint Popol Anaconda I je visualise mieux ce que Pichot voulait peut être dire (mais certaines de mes fibres restent hostiles vis à vis de ce dernier)!

On voit mieux en quoi l'ADN perçut comme un code "tout puissant" pour déterminer un individu, s'effrite au regard de tout ce foutoir ainsi qu'avec le rôle cruciale de l'ARN! Cela me fait penser à un nouveau modèle quand à l'apparition de ribosomes! Ce modèle expliquant comment le ribosome a pu apparaître et donc créé un système ARN-protéine sans qu'il soit question d'ADN (vous pouvez télécharger le modèle ici) et confirmant que ouaich l'ARN c'est bien plus qu'un simple intermédiaire et les protéines c'est pas simplement la conséquence, on sort d'un modèle linéaire pour en arriver à un modèle touffu et encore bien plus compliqué que celui du cycle de Krebs!

Et puis si jamais je vous emmerde avec mes posts où je parle pour ne rien dire alors voici de quoi me faire pardonner!

Le fantôme de Mendel a-t-il promis une somme rondelette en shillings (ou que sais-je ?) pour défendre ses lois ? Si c'est le cas, je m'aligne - sinon, non.

On peut ergoter ad eternam :
Et dire qu'elles sont vraies, même partiellement, est tout aussi exagéré. Elles sont utilitaires mais pas plus vraies que "les animaux ont de 0 à 8 pattes".
Oui ! Retirer le statut de "loi" aux "lois de Mendel", c'est justement enterrer les "lois de Mendel". Idem si on fait disparaître "Mendel" aux "lois de Mendel". Dans un cas il restera Mendel, dans l'autre il restera lois... Dans les deux cas, il ne restera plus rien.
L'une d'entre elles est carrément fausse, sans exagération aucune. Les autres le sont toutes versus la situation. S'il y a de la gêne, y a plus de plaisir.

Oui, c'est le moins que l'on puisse dire.

C'est bien pour cette raison que, contrairement a toi, je n'ai guere utilise les termes "vrai" et/ou "faux" (partiellement ou non) pour les qualifier. Amusant, non?

Oh, la jolie trottinette gominée qu'elle est jolie.
Si ce que tu veux dire par là, c'est qu'on ne peut dire que des énoncés mendéliens baptisés lois soient partiellement vrais ni faux, ni complètement ni partiellement, en effet c'est tordant et pouet-pouetique, mais c'est n'importe kwak : si je dis qu'elles sont partiellement fausses, ça implique qu'elles sont partiellement vraies (exagéré ou pas, c'est l'élasticité du kif-kif).
Tu as donc tout loisir de dire les deux, comme je le fais, voire tirer plus loin vers un extrême ou l'autre. Le mot "partiellement" te le permet, te le conseille, moi aussi, et Mendel n'a rien d'autre à ajouter. D'ailleurs on l'a pas sonné.
Accolées à partiellement (ou synonyme) est la seule manière acceptable pour les qualifier (de vraies ou fausses) ...

J'ajoute qu'elles sont plus fausses que vraies.

Rhooo qu'il est beau le camion de pompiers avec toutes ses sirenes multicolores qui font de jolis pouet pouet.

Un autre régulateur de l'expression qui n'avait pas été cité dans ce topic. Il s'agit ici d'expression génique par son activation en périphérie du noyau, c à dire en "fonction du positionnement et de l'environnement tridimensionnel des gènes", selon la formule des rédacteurs. Une pièce de plus au casse-tête, qui ressemble un peu à cette autre modulation en fonction de la position et environnement cellulaire.

Il était déjà cité dans le forum, alors simple lien :
viewtopic.php?f=48&t=1226&p=13937&hilit=Juillet#p13937

Remarque qu'on pouvait se douter que les gènes en périphérie, "là où ont lieu les régulations métaboliques", devaient être plus susceptibles d'interactions chimiques que ceux étouffant et jouant du coude au centre du noyau.
M'enfin bon, hormis quelques pléonasmes c'est comme l'oeuf de Colomb, fallait le faire un jour ou l'autre et ils ont découvert d'autres petits trucs sympa. Un petit pas en avant dans la compréhension, un grand pas pour l'homme sur la lune, et des dizaines de questions de plus sans réponses claires.
J'aime bien une des formules centrales de synthèse de l'article : << Il apparaît donc clairement que la régulation des gènes est intimement liée à leur positionnement dans l'espace nucléaire, conférant ainsi un rôle régulateur à l'organisation spatiale du noyau. >> Il apparaît, oui. Mais clairement... Boarf, on peut encore douter de la clarté de tout ça.

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J'ai fouiné dans le site de la bd plus haut, linkée par Hans, c'est assez désopilant :

(Extrait)

BD complète en 4 pages. Page 1 ... puis suivre les liens :
http://www.freethunk.net/biblesciencema ... ality1.php