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MessagePosté: 13 Juin 2013, 20:54 
Défioliant
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J'ai lu tes nouveaux articles. Celui-ci a un passage qui m'a vachement surpris:

http://du-cote-de-chez-elysia-chlorotic ... er-le.html

Et donc malgré le caractère délétère de cet l’allèle celui-ci est aujourd’hui portée par 18'000 individus dans la région du Lac Maracaibo au Venezuela (je sais c’est impressionnant mais donc néanmoins tout à fait possible). Or cet allèle s’est répandu dans cette région via une femme unique ayant vécu il y environ 200 ans. Bien qu’en réalité l’origine et la dispersion de cette maladie est un peu plus complexe mais donc il semble tout du moins bel et bien que 96% des personnes affectées dans la région ait hérité de cet allèle via cet ancêtre commun récent! [2]

Tu es sûr de cet ancêtre commun/origine de ces 18 000 porteurs en une femme d'il y a 200 ans ?
:wink: Je te dis, moi j'adore ce genre d'exemples forts illustrant le pouvoir du "kimuraïsme", mais ça m'étonne vachement quand même.

_________________
"Je veux qu'on me prenne pour un con car j'en suis un, qu'on me parle simplement pour que je capte bien car je suis idiot: si on me regarde et qu'on me parle sans égards, c'est déjà me considérer à peu près normal et pas uniquement comme un handicapé physique ou un déficient mental."


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MessagePosté: 13 Juin 2013, 23:23 
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Pour être honnête non et j'aurais sans doute dû davantage nuancé mon article.....Mais bon en cherchant bien on doit bien trouvé d'autres exemples aussi illustratifs je me souviens d'un reportage dans une autre région d'Amérique du Sud où la population avait un taux anormalement élevé de maladie d'Alzheimer lié à un ancêtre basque ayant jadis migré là-bas et porteur d'un allèle prédisposant fortement à cette maladie! Mais bon je sais ça ne justifie pas ma légéreté pour l'exemple précédemment mentionnée!


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MessagePosté: 14 Juin 2013, 10:24 
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:chef: Pour la peine coupe toi un doigt !


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 Sujet du message: Re: Petit dodo = viré un mois
MessagePosté: 16 Juin 2013, 16:24 
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Ce sera 2 couilles et 1 doigt.

Citation:
Pour être honnête non et j'aurais sans doute dû davantage nuancé mon article.....Mais bon en cherchant bien on doit bien trouvé d'autres exemples aussi illustratifs je me souviens d'un reportage dans une autre région d'Amérique du Sud où la population avait un taux anormalement élevé de maladie d'Alzheimer lié à un ancêtre basque ayant jadis migré là-bas et porteur d'un allèle prédisposant fortement à cette maladie! Mais bon je sais ça ne justifie pas ma légéreté pour l'exemple précédemment mentionnée!

Probable que tu trouveras des exemples, tel celui-ci. Mais est-ce bien dû à l'effet de la dérive génétique seule ?
Celle-ci a un effet prépondérant chez les petites populations. Au-delà, ce sont les pressions sélectives diverses qui prendront le dessus. La dérive génétique continuera son effet récurrent, mais plus négligeable par rapport au reste, si reste il y a, et de l'augmentation des effectifs.

Si on revient au dernier exemple de ta page, pareil: il est possible, pourquoi pas si on est large d'esprit, qu'un ancêtre récent ait donné 18'000 descendants porteurs de l'allèle.... en 201 ans et 3 mois. :D mais il est très difficile de croire que ce soit dû principalement à la dérive génétique (seule). D'autant plus que j'ignore la prévalence de cette maladie dans la région en question (pas lu le %).
C-à-dire qu'il est plausible qu'une femme (ou un mâle, c'est plus simple) ait filé sa maladie à tous ses descendants (ce n'est même pas de la dérive si elle était homozygote), et et que sa tribu soit ensuite devenue la population entière de la région... car ils auraient massacré tous les habitants ou presque. C'est un scénario, hein, mais un scénario de pression sélective draconienne (en souligné).

Ici par ex, Larry Moran d'après ton texte, se mord fortement les doigts:
"À ce titre John Hawks semble également avoir ignoré le fait que Larry Moran avait déjà enfoncé le clou dans son article, en rappelant comment une mutation sans aucune valeur sélective voir même faiblement délétère, peut rapidement augmenter en fréquence en quelque 200 ans seulement. L’exemple de Laurence A. Moran étant celui d’un allèle particulier favorisant l’apparition de la Maladie de Huntington, une maladie dégénérative apparaissant également en moyenne entre 40 et 50 ans et dont l’allèle mentionné ici échappe donc en bonne partie à la sélection naturelle car ne se manifestant qu’après que les individus aient pu se reproduire (au-delà de 30 ans). Et donc malgré le caractère délétère de cet l’allèle celui-ci est aujourd’hui portée par 18'000 individus dans la région du Lac Maracaibo au Venezuela (je sais c’est impressionnant mais donc néanmoins tout à fait possible). Or cet allèle s’est répandu dans cette région via une femme unique ayant vécu il y environ 200 ans. Bien qu’en réalité l’origine et la dispersion de cette maladie est un peu plus complexe mais donc il semble tout du moins bel et bien que 96% des personnes affectées dans la région ait hérité de cet allèle via cet ancêtre commun récent!

Si Larry Moran a bien écrit cela : rappelant comment une mutation sans aucune valeur sélective voir même faiblement délétère, peut rapidement augmenter en fréquence en quelque 200 ans seulement.
... il a néanmoins oublié d'expliquer comment. :D Tu dis qu'il "rappelle comment", mais ce n'est pas le cas du tout. Il n'y a pas de réponse à "comment" dans ton texte ! D'où ma question deux posts plus haut.

De plus, dès que je lis Moran kekepart, je cligne des yeux pour lire attentivement et y chercher la couille absente ou présente: Généralement, il vaut mieux user de pincettes lorsqu'on traite de la valeur sélective d'un caractère ou allèle. C'est pareil pour le terme fitness. Ils sont utilisés très souvent à tort et à travers, or tous les 2 sont quasiment synonymes. L'un est généralement utilisé pour les allèles, sous forme mathématisée et utilitaire ; et l'autre, le fitness, la plupart du temps n'importe comment, pour des individus ou populations, mais c'est kif-kif.
Mais tous 2 ne se vérifient que par le nombre de descendants utiles/génération. C-à-dire que le fitness d'Amadeus Mozart = 0, (ainsi que sa valeur sélective). Puisque ses 2 ou 3 enfants n'ont pas eu de descendance. Fitness et valeur sélective sont des termes très équivoques. Le premier encore plus. C'est te dire si je souris en lisant Larry Moran parler de "sans valeur sélective" pour un allèle qui s'est répandu sur 18 000 descendants en soi-disant 2 siècles, à partir d'un soi-disant ancêtre unique... :beer:

A moins que je ne manque d'imagination, un allèle de ce genre peut fortement se répandre si le nombre de ses descendants utiles, porteurs, augmente par rapport au reste de la population, etc. (une tautologie de base, en effet !), exemple: les dynasties de princes qui se permettaient des harems personnels de 2000 concubines, voire qui empêchaient la population d'avoir une descendance en les maintenant affamés, ou que sais-je comme raison tordant les probabilités... ou un allèle lié et transporté à un autre clairement favorable, mais ces cas ne sont pas de la dérive génétique - ce sont au contraire de fortes pressions sélectives sociales ou culturelles, ou génétiques.
Je répète le crédo que tu connais déjà : pour des populations déjà non négligeables, si la valeur sélective du gène est nulle, celui-ci ne peut se répandre "en dépassant fortement les probas" que si une valeur sélective est ailleurs (social, culturel, ascenseur, etc.). Mais il y a bien - généralement - un processus ou un autre, sélectif au sens large, pas nécessairement lié à l'allèle, ayant fait augmenter le nbre de descendants. Ce processus sélectif peut être tout bêtement une mare asséchée ayant fait claquer tous les têtards costauds d'une espèce, laissant survivre les plus malingres de la mare d'à côté. :D

Et quand on ne trouve pas le(s) processus ayant donné une forte augmentation d'un tel allèle, on ne devrait pas faire appel à "la dérive génétique", comme explication incantatoire, ni faire appel à sa magie. C'est de la flemmardise. Vaut mieux dire qu'on ne sait pas ce qui a pu se passer.
Quand on lit ta page - je ne te le reproche pas puisque je suis d'accord sur le non-sens de chercher une valeur évolutive/adaptative à tout état ou caractère - on a tout de même la sensation dans les paragraphes quotés - qu'une valeur magique est accordée à la dérive génétique... Or c'est dangereux car celle-ci est quasiment la seule à pouvoir être éprouvée sous équations probabilistes.
La sensation s'accentue lors du passage "Moran", où valeur sélective (d'un allèle) et dérive génétique (du même) semblent opposés/accolés comme les 2 seules options. Or c'est plutôt pressions sélectives (l'ensemble des processus non aléatoires, y compris flux migratoires) qu'il faudrait accoler à dérive génétique, formant le couple faisant infléchir le nbre de descendants porteurs.

Il est par ailleurs une raison (non invoquée dans ton texte) pour ne pas reléguer cet allèle (je parle de l'allèle merdicon Huttington) dans le panier des allèles sélectivement neutres, même si la maladie se déclare généralement après l'âge de reproduction habituel: la détérioration physique de papa/maman, même après enfantement, n'est pas une donnée négligeable sur les chances de survie/confort des enfants, surtout dans les temps anciens, pour une descendance prolifique.

Le premier raisonnement invoqué dans la page à Moran, que tu reportes sur la tienne - les différents groupes isolés les uns des autres + effet fondateur -, ne tient pas vraiment la route non plus statistiquement, car divers groupes fondateurs peuvent "fonder" aussi bien A que "non A". Or des dizaines/centaines/milliers (?) de groupes fondateurs plaidés comme "agent de variance de taux" d'un même allèle, c'est une manière polie de déporter le problème de probas sur plusieurs groupes. Plus il y en aura, plus ce sera improbable, s'approchant de l'improbabilité d'une seule population homogène (je n'ai pas dit impossible).

Moran écrit: The fact that the allele frequency varies within India suggests that there are many subpopulations. Some of them might have been as small as 1000 individuals at vary time over the course of the last 30,000 years. As I'm sure John knows, the populations dynamics of human groups is extremely complex. We only have to think about the allele frequency differences in the Pennsylvania Amish communities or French Canadians to recognize this fact.

Oui, la dynamique des populations est complexe, mais ce n'est pas une explication des taux observés. Encore moins par la dérive génétique.

Moran ajoute: And let's not forget that the frequency of Huntington's disease is high around Lake Maracaibo in Venezuela. Over a period of 200 years a single individual with the Huntington's disease allele has left 18,000 descendants.

Pareil: il n'explique rien, il se sert d'un autre exemple remarquable pour ("justifier") l'existence de ce premier exemple remarquable, en Inde, mais il n'explique ni l'un ni l'autre. L'un n'explique pas non plus l'autre. Moran fait du vent avec sa plume, insinuant que les sciences auraient expliqué le second (par la dérive génétique ?) alors que ce n'est pas le cas. Elle est où l'explication du second, autour du lac Macaraibo ?
Nulle part, même pas dans l'étude qui est citée dans ta page. Ce sont 3 observations de phénomènes de taux inexistants ailleurs, prétendant rendre le 4me, celui en Inde, expliqué par la dérive génétique.
Elles sont où les équations et les stats ? Nulle part... En tous les cas pas dans la courte page à L. Moran. Ce n'est pas ça les sciences, si ? :mrgreen:

Hans: Et donc que retenir de tout cela ? Simplement qu’il faut se méfier des conclusions hâtives! Et dans ce cas-ci j’ajouterai simplement que John Hawks est simplement partial dans le sens qu’il privilégie la «sélection naturelle» sur l’évolution neutre via notamment la dérive génétique. Et vous l’avez compris Laurence A. Moran comme beaucoup d’autres (dont ma petite personne) privilégient plutôt l’évolution neutre! À ce titre il semble bel et bien que la majeure partie de la «divergence génétiques» entre les populations humaines actuelle soit le fruit de l’évolution neutre. [5] Même si donc John Hawks continue de soutenir que cela serait compatible avec sa théorie tandis que d'autres tels que Dienekes ou Daniel MacArthur y voient potentiellement un problème pour la dite théorie. Car voilà encore une fois je le précise, le but du présent billet n’est pas de dire «John Hawks se plante complètement» mais simplement comme l’avait déjà soulevé Laurence A. Moran, que l’hypothèse de John Hawks et al est bel et bien une hypothèse qui n’est pas prouvée, peut-être le sera-t-elle un jour mais peut-être ne le sera-t-elle jamais (et donc je m’abstiens de tout pari là-dessus)! Dès lors vous l’avez tous compris je pense qu’il faut toujours prendre avec des pincettes certaines hypothèses et cela même si elles sont le fait de scientifiques honnêtes, compétents et ayant eu raison sur d’autres points.

Et l'hypothèse dérive génétique est prouvée ? J'ai dû rater la preuve en question alors.

J'ai aussi noté ton addendum, Hans :
"Vous noterez que dans le présent message je ne suis pas revenu sur certains détails, notamment sur ce en quoi consisterait concrètement la très forte évolution adaptative qui aurait récemment affecté les populations humaines. John Hawks et al ne donnent que bien peu d’exemples, certes ils mentionnent la pigmentation, la capacité de digéré le lactose à l’âge adulte et la résistance à certaines maladies, le truc étant que personne ne nie l'existence d'adaptations durant l'histoire évolutive récente de notre espèce. Mais donc les exemples précédemment mentionnés même si très intéressants, ne constituent pas en eux-mêmes une démonstration de la thèse défendue par John Hawks et al. Je ne mentionne même pas certaines hypothèses particulièrement grotesques qu'ont formulé certains des collègues de John Hawk"

Oui, ils ne donnent que bien peu d'exemples.
Mais moi ce que j'aimerais lire c'est la démonstration, par une 1/2 page ou plus de calculs statistiques, la démonstration que la dérive génétique - qui est aléatoire mais aux modèles/simulations testables - est bien la responsable et du taux de 4 % de "cardiaques" en Inde et des "huttintontoqués" autour du lac Macaraibo. Je ne les ai pas vues... J'ai bien lu ceci (linké dans ta page) : http://www.nature.com/jhg/journal/v53/n ... 8215a.html
(J'ai lu l'article complet... mais il n'explique pas non plus ce phénomène par la dérive génétique. Pour le dire franchement, les auteurs n'ont pas d'explication.)

Je suis actuellement en train de lire l'article "A common MYBPC3 (cardiac myosin binding protein C) variant associated with cardiomyopathies in South Asia" que tu peux lire complet, cic... on verra bien si la preuve est explicitement fournie.
Donc, pour pas trop me faire chier, je copie-colle l'article sur word, puis je mets sur "recherche/remplacer" le mot "drift", comme genetic drift.
Résultat: aïeuhhh... il n'y a pas non plus de justification à ce genetic drift. Le passage incriminé par john hawks weblog ne donne aucune justification raisonnée. En fait, la dérive génétique est suggérée sans même utiliser ce terme.

Hans:
À cela (à Nedim ndlr) j’ajouterais que la population dans laquelle une mutation atteint une forte fréquence par simple dérive génétique, peut ensuite connaître une très forte expansion pour de nombreuses raisons (culturelles, sociales, économiques et militaires) et donc diffuser certains de ces allèles de manière importante à d’autres populations. D’ailleurs combien de descendants a eu Gengis Khan?


Oui, mais à ce moment ce n'est plus la dérive génétique qui a provoqué l'expansion de l'allèle... En somme, par manque de justification probabiliste, tu ne fais que reporter le schéma suivant : un noyau populationnel localisé où cet allèle existe, puis expansion de celui-ci dans le subcontinent indien en invoquant un quelconque processus sélectif social ou culturel. Mais alors pourquoi intituler ta page "dérive génétique" ? Puisque selon ton scénario elle n'est pas la responsable de ce taux augmenté à 4 % en 30 à 50 000 ans ?

Hans: "Vous l’avez compris Laurence A. Moran comme beaucoup d’autres (dont ma petite personne) privilégient plutôt l’évolution neutre! À ce titre il semble bel et bien que la majeure partie de la «divergence génétiques» entre les populations humaines actuelle soit le fruit de l’évolution neutre."
Oui Hans, mais on ne parle ni de cheveux bouclés ou raides, ni de narines épatées ou fines, ni de présence ou absence de lobes d'oreilles, ni de la présence de bois chez les rennes femelles, ni des coloris du bec des toucans, mâles comme femelles, que le darwinisme n'explique pas...
On parle ici principalement d'une forme de cardiomyopathie, un trouble complexe du muscle cardiaque autosomique dominant provoquant des morts par millions, à la prévalence de 4 % en Inde, qui affaiblit l'organisme dès l'adolescence.
4 %, tu me diras que ce n'est pas la moitié de la population. Ces 4 % peuvent très bien se maintenir, endémiques, comme d'autres caractères. Mais la problématique qui étonne et que relève John Hawks, n'est pas qu'un caractère sélectivement neutre ou même délétère se maintienne dans une population; mais plutôt qu'un caractère aussi délétère, daté d'il y a 30 000 ans, se soit répandu autant dans un subcontinent par le passé... par dérive génétique... et sans aucune explication autre que cette invocation.
T'as quand même pas oublié que la dérive génétique n'est pas un processus téléonomique, mais un nouveau jet de dés à chaque nlle génération ?
Moran semble l'avoir oublié. Oublié aussi de dire que l'effet de cette dérive génétique a dû dépasser en chiffrage une vectorielle permettant d'atteindre les 4 % actuels, puisqu'elle a dû nécessairement compenser la pression sélective dans l'autre sens (réduction du nombre de cardiaques...).
Évidemment, si les sciences de l'évolution avancent par des invocations de termes (même de termes valables, scientifiques), libre à lui. Je ne suis pas Larry Moran ni un de ses disciples, mais un simple observateur de l'abus d'autorité.

Bizarrement, seuls Hawks et Moran s'impliquent fortement dans la dérive génétique, l'un résolument contre - l'autre pour... alors que les auteurs de l'étude en question ne s'impliquent même pas. C'est étrange, non ?

Bref, l'équipe de Larry Moran, "la dérive génétique", dans ton texte, a-t-elle raison de l'invoquer pour les 2 cas en question ?
Pas sûr du tout. Disons que c'est une manière de se débarrasser d'un problème, mais sans l'expliquer, par la manière la plus parcimonieuse: deux mots. Larry Moran, plus zététicien que scientifique ici, n'enfonce aucun clou dans le texte que tu reprends, il fait au contraire preuve d'un remarquable esprit de dilettante avec plein de petites ficelles - dont des exemples (de taux remarquables) justifiant d'autres exemples (de taux remarquables), en guise d'explication (= de non explication par excellence).

Sans faire appel à des adaptations sans fondement concret, je serais tout de même plutôt en phase avec celui qui grince des dents (John hawks) lorsqu'elle est proposée à la place de "comment" et sans aucun modèle probabiliste. Et je pense que pas mal d'épidémiologistes le seraient aussi: eux ils sont sur des tableaux de stats superposées toute la putain de journée, et ne se satisfont pas de "because dérive génétique" sous forme incantatoire, pour expliquer les phénomènes populationnels remarquables. Sinon, ils feraient mieux de changer de job car ils jouent avec la santé publique. Il est vrai que Larry Moran ne joue que sur la crédibilité de son blog.
Allez, @+.

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 Sujet du message: Re: Petit dodo = viré un mois
MessagePosté: 16 Juin 2013, 22:37 
Neo
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Merci pour ces critques et précisions!

J'ai lu en vitesse donc pas encore eu le temps de digérer tout cela et il faudra bien me laisser au minimum une semaine vu le programme chargé qui m'attend durant celle-ci d'ici-là comme convenu voici:

Une couille

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Et un doigt

Image

Aller A+!


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 Sujet du message: Re: Petit dodo = viré un mois
MessagePosté: 16 Juin 2013, 23:31 
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T'emmerde même pas avec mon long pavé. C'est bien plus con que ça, je te fais un résumé:

Hawks s'est échauffé dans son blog sur un article scientifique, fait par des toubibs, qui ne se tracassent même pas avec le problème de dérive génétique (aléatoire) ou pas. Puis Larry Moran a lu cet article de Hawks, sans même lire l'article sur le gène MYBPC3 ... (facile à comprendre: il reprend tous les tics et schémas de Hawks, et seulement ceux-ci, et rien du tout de l'article médical-génétique...) et se lance dans une courte incantation contre Hawks et sa dérive génétique - qui est ici un faux problème de l'article original en question. :mrgreen:
Larry Moran, dans sa courte plaidoirie à un balle, ânonne par ex: "As I'm sure John knows, the populations dynamics of human groups is extremely complex. We only have to think about the allele frequency differences in the Pennsylvania Amish communities or French Canadians to recognize this fact."

Ben je suis désolé, mais s'il parle en premier lieu de random genetic drift (A) , il devrait se limiter à l'aspect aléatoire de la redistribution d'allèles, qui fait augmenter ou diminuer la fréquence avec le temps (quantifiable si on a les paramètres populationnels adéquats, etc.) et non pas de dynamiques complexes (B), c-à-dire des éléments perturbant l'aléatoire (migrations, pressions sélectives diverses, micro-phénomènes génétiques, etc.) et qui le font bien plus vite... et c'est cela le point de Hawks:

A comme B infléchissent les fréquences alléliques. Mais alors que Hawks parle clairement et plaide pour B (par diverses suggestions de pressions sélectives), Moran mélange les deux - A ou B - selon le paragraphe, et croit défendre la dérive génétique aléatoire... P'tain. La conclusion c'est C: Moran devient sénile et n'a plus lu un article scientifique depuis des années.

Quant au 3me larron qui intervient en dernier dans le blog à Moran, je ne sais pas s'il plaisante ou pas, mais lorsqu'il parle de "> 40 ans clapsant => augmentant le fitness de la famille par une bouche de moins à nourrir", (je ne me mêle pas de pareil raisonnement, - car pourquoi pas ?) il ne plaide pas en faveur de la thèse à Moran, le "random genetic drift", mais au contraire il propose un clair processus hypothétique de pression sélective/avantage adaptatif.... qu'aurait même pu proposer Hawks. :D

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 Sujet du message: Re: Petit dodo = viré un mois
MessagePosté: 17 Juin 2013, 00:01 
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Bon sans avoir encore tout digérer je dirais que confond honteusement A et une partie de B, sachant que B ne comporte donc pas que la seule sélection mais également les migrations et même chez les humains les facteurs sociaux, qui eux-mêmes peuvent être aléatoires.....Là je pourrais assimiler B à un fourre-tout, mais bon dans tous les cas cela ne change pas grand chose à ton présent résumé tout ce qu'on peut donc dire c'est qu'on ne sait pas ni pourquoi ni comment exactement cet allèle a atteinte cette fréquence de 4% dans le sous-continent indien!

Archie Cash a écrit:
Quant au 3me larron qui intervient en dernier dans le blog à Moran, je ne sais pas s'il plaisante ou pas, mais lorsqu'il parle de "> 40 ans clapsant => augmentant le fitness de la famille par une bouche de moins à nourrir", (je ne me mêle pas de pareil raisonnement, - car pourquoi pas ?) il ne plaide pas en faveur de la thèse à Moran, le "random genetic drift", mais au contraire il propose un clair processus hypothétique de pression sélective/avantage adaptatif.... qu'aurait même pu proposer Hawks. :D

Oui enfin le troisième larron semble justement davantage ironiser sur la facilité d'inventer une explication adaptative ad hoc mais totalement invérifiable et cela tout simplement en en inventant une lui-même pas con ce troisième larron! :D


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 Sujet du message: Re: Petit dodo = viré un mois
MessagePosté: 17 Juin 2013, 08:50 
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Citation:
Bon sans avoir encore tout digérer je dirais que confond honteusement A et une partie de B, sachant que B ne comporte donc pas que la seule sélection mais également les migrations et même chez les humains les facteurs sociaux, qui eux-mêmes peuvent être aléatoires.....Là je pourrais assimiler B à un fourre-tout, mais bon dans tous les cas cela ne change pas grand chose à ton présent résumé tout ce qu'on peut donc dire c'est qu'on ne sait pas ni pourquoi ni comment exactement cet allèle a atteinte cette fréquence de 4% dans le sous-continent indien!

A ou B dans mon exemple, n'est qu'un artifice pour résumer le problème qui se pose à la lecture du texte de Moran... On peut subdiviser autrement (A inclus dans B p.e.), mais dans tous les cas il vaut mieux (il vaudrait mieux) distinguer dérive génétique (aléatoire) de tout le reste, même si certains autres processus ont une part d'aléatoire. Par ex. Moon le gourou, qui mariait ses fidèles "aléatoirement" entre eux, intercontinents. Cet aléatoire est similaire à un flux migratoire (possibilité de nouveauté dans un pool génétique) mais n'est pas la dérive génétique, ne donne pas les mêmes résultats.
Car elle est intime et récurrente à toute reproduction sexuée, il faut réserver "dérive génétique" au seul processus où allèles b*a (copulation) => perte de a ou de b. Pour 1 couple, perte de a ou b (100%). Pour 2 couples, perte de a ou b (50%), aucune perte (50%). Etc.

Citation:
Oui enfin le troisième larron semble justement davantage ironiser sur la facilité d'inventer une explication adaptative ad hoc mais totalement invérifiable et cela tout simplement en en inventant une lui-même, pas con ce troisième larron!

Oui, je comprends bien. Mais quand (l'effet de) la dérive génétique n'est pas vérifiée, ou ne se vérifie justement pas dans un problème de populations, elle devient elle aussi une "just so stories", nan ? :D

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 Sujet du message: Re: Petit dodo = viré un mois
MessagePosté: 17 Juin 2013, 10:33 
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Archie Cash a écrit:
Oui, je comprends bien. Mais quand (l'effet de) la dérive génétique n'est pas vérifiée, ou ne se vérifie justement pas dans un problème de populations, elle devient elle aussi une "just so stories", nan ?

Foui, foui ach! Ce qui nous laisse au final avec un banal «on ne sait pas», c'est tout ce qu'il y a à dire sachant que toute hypothèse sera donc, dans ce cas-ci, une «just so story» quelle soit adaptative, sociale ou mettant en scène la dérive génétique, c'est d'un ennui mais on survivra!


Archie Cash a écrit:
A ou B dans mon exemple, n'est qu'un artifice pour résumer le problème qui se pose à la lecture du texte de Moran.

Ah oui j'ai encore quelques questions, assez rhétorique je l'admet, mais néanmoins potentiellement utiles pour la comprenotte de tout à chacun!

Car donc la catégorie B comprend hormis la sélection, les migration et autres «événements sociaux» susceptible d'impacter de manière importante les fréquences alléliques au sein des diverses populations, ok, mais j'ai une simple question, est-ce que ces phénomènes non-sélectifs (migrations et «événement sociaux») participe à «l'évolution neutre» ou «kimuraïsme» en raison de leur nature souvent aléatoire et non-sélective (bien que je soit conscient qu'il peuvent également répondre à des définitions plus sélective et donc moins «random» dans certains cas)?


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 Sujet du message: Re: Petit dodo = viré un mois
MessagePosté: 17 Juin 2013, 21:42 
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(A moins d'un exemple illustratif, j'ai un peu de peine à visualiser un événement social ou migratoire qui ne serait pas sélectif au sens large, c-à-dire qu'il brasse et remodèle, influe, d'une manière ou d'une autre, l'assortiment génétique. Avec un exemple concret, - je ne doute pas que cela existe - je pigerai sans doute mieux. Il y a des jours, on a un peu de peine à projeter mentalement des trucs, c'est mon cas aujourd'hui.)

Citation:
Car donc la catégorie B comprend hormis la sélection, les migration et autres «événements sociaux» susceptible d'impacter de manière importante les fréquences alléliques au sein des diverses populations, ok, mais j'ai une simple question, est-ce que ces phénomènes non-sélectifs (migrations et «événement sociaux») participe à «l'évolution neutre» ou «kimuraïsme» en raison de leur nature souvent aléatoire et non-sélective (bien que je soit conscient qu'il peuvent également répondre à des définitions plus sélective et donc moins «random» dans certains cas)?

Heureusement pour moi et ma queue, je ne suis pas le gardien des sceaux des diverses théories, aussi je te réponds humblement comme je le pense et comme je comprends ta question.
La différence la plus fondamentale que je vois entre les théories de Kimura "K" et le groupe appelé "B" plus haut (le vaste ensemble de process agissant principalement sur des phénotypes et leur pool génétique nouveau comme ancien), c'est que ces premières (Kimura & Co) traitent de mutations exclusivement, des modalités pour se répandre lorsqu'elles sont considérées neutres. Cela se passe à un niveau microscopique, moléculaire, mutationnel, et c'est plutôt à cela que je réserverais l'usage du terme. Ces mutations neutres étaient connues bien avant Kimura, mais on ne savait pas comment expliquer leur importance évolutive, mathématiquement leur expansion et fixation.

Groupe A, B, et K ? Pourquoi pas. Les regrouper ainsi ou autrement est un artifice utilitaire mais pas obligé ni académique. Disons qu'il permet au moins de définir 3 ensembles qui agissent à divers niveaux (qui se complètent, se superposent aussi.): A, La dérive génétique, processus inféodé et sine qua non de la reproduction diploïde ; K, au niveau moléculaire et mutationnel (pas nécessairement sexué), etc. Par ex, le A est toujours en amont et bizarrement en aval aussi de chaque process de B, et c'est +/- différent pour K: il est en amont de A.

Tu peux donc classer la douzaine (au bas mot) de mécanismes et agents évolutifs connus en 3, en 4 ou tout autrement pour autant qu'il y ait une bonne raison de logique constructive, autrement si l'objectif est pédagogique en école publique. Les regroupements par catégories ici sont tous incomplets, arbitraires, boiteux... Ils génèreront donc remarques, critiques et questions, du fait même de leur arbitraire et incomplétude.

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 Sujet du message: Re: Petit dodo = viré un mois
MessagePosté: 17 Juin 2013, 22:23 
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Ben c'est déjà un peu plus clair tout en ne l'étant pas trop c'est déjà ça! Bon ben merci pour ta réponse et A+!


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 Sujet du message: Re: Petit dodo = viré un mois
MessagePosté: 03 Sep 2013, 17:18 
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Citation:
Ben c'est déjà un peu plus clair tout en ne l'étant pas trop c'est déjà ça! Bon ben merci pour ta réponse et A+!

Hans, je ne fais plus ce genre de discussions en public, sinon ça risque de prendre des pages et des pages de malentendus, et finalement ce n'est pas le but. Mais la manière dont tu as exposé la "Théorie de Kimura" dans cette page-ci :

http://du-cote-de-chez-elysia-chlorotic ... on_26.html

est extrêmement faussée, et pas seulement la "Théorie neutraliste" mais aussi l'explication de la "dérive génétique".

La Théorie neutraliste des mutations (diffusion aléatoire) de Kimura: elle ne parle pas spécifiquement d'allèles adaptativement neutres, mais de la diffusion des variantes (par substitution de nucléotides) qui ne changent pas la valeur adaptative des gènes/séquences... mais ces allèles/gènes/séquences (originaux et variants) peuvent, ou ne pas, avoir une forte fonctionnalité dans l'organisme. La "neutralité" dans la théorie de Kimura ne veut dire en somme que ceci : Un allèle "mutant" (et/ou la séquence qu'il va faire varier) est diffusé en catimini, sans conséquence sur l'organisme, à la place d'un autre... (donc sans conséquence sur l'organisme: neutre) car il est sélectivement équivalent (ou quasi équivalent) à celui qu'il remplace. La neutralité adaptative porte donc sur la variation = soit sur l'impact de toute version allélique - (pouvant être extrêmement sélectionnée ou vitale, ou adaptativement très favorable, ou pas du tout, voire pas exprimée du tout) et non pas sur des allèles ni caractères sélectivement/adaptativement neutres en soi (=> sans fonction adaptative importante lorsqu'exprimés)

Cet allèle peut donc p.e. être sans expression (ou redondant), exprimé en ARN ne synthétisant pas de protéines OU extrêmement contraignant et capital pour l'organisme, mais la version mutante (nlle version) respective de ces 3 cas, car ils sont tous inclus dans Kimura's Théorème, ne changera pas ou quasiment pas sa valeur sélective initiale: d'où l'appellation diffusion neutre!
Est-ce que cela change la portée du schmilblik à tes yeux ou pas ? Ou peut-être fais-je erreur ?

Enfin bon, ça ne me regarde pas, mais sur rationalisme.org où toute discussion est simplifiée à l'extrême, dans un objectif versus créationnistes fallacies principalement, ce n'est pas pareil que sur tes pages où tu t’adresses à un auditoire plus exigeant. Pour la dérive génétique :
Citation:
Pour rappelle la dérive génétique est grosso modo le changement de fréquences allélique au sein d’une population via des mécanismes aléatoires par exemple des migrations ou des bouleversements démographiques, n’impliquant pas de sélection favorisant tel ou tel allèle par apport à un autre.

Non, ça c'est une explication élargie peut-être "L. Moran"-like, mais la dérive génétique ce n'est pas ça.
La dérive génétique n'est pas neutre. Elle est aléatoire. Elle n'est pas en relation avec la sélection naturelle en effet, (ni en relation à des migrations non plus), uniquement à une donnée mathématique de tirage au sort des allèles lors de la reproduction*effectif des individus. Mais elle n'est pas neutre , puisqu'elle a des conséquences directes sur la redistribution des descendants, éliminant aléatoirement ceci au détriment de cela.

Tu peux dire qu'elle adaptativement / sélectivement aveugle, ou pourquoi pas neutre mais en écrivant sélectivement avant le neutre. Ou une formule du même genre déclinant que la pression sélective n'influe pas dans le processus de tirage au sort...
Ou alors exprimer clairement ce que tu entends par "neutre". Je ne sais pas. En tous les cas cela ne ressemble en rien au neutre d'une mutation dite neutre.

Attention à L. Moran, il n'a plus toute sa tête ! Dans cette page, il explique une dérive génétique élargie... élargie à quasiment tout et (c'est vraiment) n'importe quoi :
http://bioinfo.med.utoronto.ca/Evolutio ... Drift.html

L. Moran dans cette page confond tout, mélange tout et se contredit d'une ligne à l'autre. Une apocalypse. Lis-le à tête reposée, tu le constateras par toi-même car tu n'as pas à me croire (surtout pas !). Idem pour la théorie de Kimura: informe-toi en lisant Kimura lui-même p.e, tu verras bien ce qu'il en est. Et gaffe aux contrefaçons : C'est une des théories les moins bien comprises de la ToE moderne par ceux qui en parlent souvent...

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 Sujet du message: Re: Petit dodo = viré un mois
MessagePosté: 03 Sep 2013, 21:41 
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Ok je crois avoir bien pigé ta critique sur la définition de l'évolution neutre, je corrige tout ça demain après-midi au plus tard, merci pour ce rappelle la nuance avec ma définition n'est pas triviale, cependant je pense toujours pouvoir noter qu'il y a davantage de mutation qui s'accumulent dans les portions du génome composé «d’ADN-Poubelle» non? Bien évidemment je préciserai donc que l'évolution neutre comptabilise également les mutations affectant les séquences fonctionnels sans changer la valeur sélective que confèrent les séquences en question.

Dernier truc pour la dérive génétique je pige bien ta critique aussi, néanmoins si je reformule la chose de la manière suivante.....

Citation:
La dérive génétique est le tirage au sort des allèles lors de la reproduction des individus, divers événements/mécanismes peuvent entrer en jeu dans la dérive génétique, le simple tri aléatoire d’allèle que vous transmettez à vos enfant peut-être considérer comme un exemple de dérive génétique. La dérive génétique est indépendante de la sélection naturelle elle est contingente.

.....Ca passe ou ça casse?

Et bien sûr je fait gaffe de ne plus associer bêtement évolution neutre et dérive génétique à mutation neutre et là ça devrait passer enfin j'espère à toi de me dire si ça le fait car je n'en suis pas sûr!


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 Sujet du message: Re: Petit dodo = viré un mois
MessagePosté: 04 Sep 2013, 02:54 
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:evil: Si ce nom ADN poubelle se réfère aussi aux gènes ou séquences transcrites en ARN non traduits en protéines, qui ont diverses ou peuvent avoir diverses fonctions régulatrices, dans ce cas il vaut mieux abandonner ce terme. Car ce n'est dans ce cas ni junk ni neutre, mais transcrit et/ou fonctionnel, régulateur de l'expression génétique.
Effectivement, le cumul de mutations est supérieur dans les séquences avec peu ou pas d'expression, mais
Si ce nom se réfère aux gènes ne codant rien, dans ce cas statistiquement (puisque la mutabilité porte grosso modo aléatoirement sur toute la surface-longueur) cela ne dépasse pas 10 à 30 % du génome.
A l'époque de Kimura on pensait que le "junk ADN" (voulant dire littéralement inutile...) était majoritaire, et que le codage des protéines était le fait d'au moins 20 % du génome, voire plus.
Ce n'est plus le cas, tout s'est inversé depuis les séquençages : actuellement, on estime que 3/4 du génome a une fonction ou action, régulatrice ou autre, et que < 2 % seulement code des protéines... Ce terme "ADN poubelle" est donc à mettre à la poubelle.

Mais l'important n'est pas là. L'important est que, vu ta réponse tu l'as compris, que Kimura lui-même s'est expliqué au sujet des compréhensions équivoques de sa théorie, dont la notion de (diffusion) neutre ne se réfère pas à des allèles neutres mais à toutes les mutations (les nlles variantes aléatoires des allèles originels) qui ne changent rien adaptativement par rapport aux originels. Leur diffusion est donc neutre car la variation est neutre (elle ne se voit pas adaptativement parlant entre a et a') mais ces allèles en question ne sont pas nécessairement adaptativement neutres, du tout. Le truc à bien piger : "c'est la variation entre a et a' qui est neutre", pas forcément la séquence génétique modifiée en question. Neutralité de la diffusion chez Kimura signifie littéralement = diffusion aléatoire car allèles (mutants versus originaux) sélectivement équivalents.

Ca fait toute la différence entre mutation neutre et "caractères adaptativement neutres". Tu l'avais peut-être déjà ainsi compris en rédigeant ta page, dans ce cas navré, mais dans ta page le neutralisme semble exprimer ce que je réfute ici.

Pour résumer:
Supposons que la plupart des allèles mutants du génome aient une fonction adaptative forte, comme les originaux => le KIMURAISME est valable, il explique leur diffusion, équivalence adaptative.
Supposons que la plupart des allèles du génome n'aient aucune fonction adaptative forte, comme les originaux => le KIMURAISME est valable, il explique leur diffusion, équivalence adaptative.

Il n'y a donc pas de conflit entre gradualisme, adaptationnisme et neutralisme de Kimura, qui concerne que la diffusion de mutations, variations, dont une part sur de l'ADN non codant et l'autre part qui ne changeront pas adaptativement la fonction originelle. Il n'y a pas non plus, bien entendu, de conflit entre la diffusion aléatoire de Kimura et le saltationnisme ni l'évo-dévo, ni n'importe quel procédé ou tendance. Il y en aurait bien un avec le darwinisme (de Darwin), mais ça c'est normal.

_______________

Citation:
La dérive génétique est le tirage au sort des allèles lors de la reproduction des individus, divers événements/mécanismes peuvent entrer en jeu dans la dérive génétique, le simple tri aléatoire d’allèle que vous transmettez à vos enfant peut-être considérer comme un exemple de dérive génétique. La dérive génétique est indépendante de la sélection naturelle elle est contingente.

Si tu veux vraiment mon opinion, il y a des trucs en trop dans ta phrase:
Stricto sensu il n'y a qu'un seul mécanisme entrant en jeu: dû uniquement au tirage au sort aléatoire chez les diploïdes (l'effet Sewal-Wright: on parle seulement des gènes en double assortiment/chromosomes homologues).

Citation:
le simple tri aléatoire d’allèle que vous transmettez à vos enfant peut-être considérer comme un exemple de dérive génétique

Oui, je dirais même plus: c'est ça et seulement ça la dérive génétique. Le reste n'est que conséquences aléatoires * divers tirages.
Si le terme dérive génétique devrait être donné au tri (et conséquence) de la reproduction sexuée, ce dès la population minimum (2 individus = couple), il n'est vraiment utilitaire en fait que lors de plusieurs tirages et/ou population (vu que pour un couple, la perte/conservation est de 50 %/allèle). On parle alors le plus souvent de dérive génétique versus populations, mais c'est bien du tri systématique par reproduction sexuée qu'il s'agit.

Oui, elle est contingente si tu veux mais il vaut mieux (c'est mon avis, partagé par pas mal de gens) écrire qu'elle est aléatoire. Nul ne t'y oblige, m'en fous, mais contingence est plutôt la vague notion de - à mon sens - "qui a eu lieu mais aurait pu être autrement ou ne pas avoir lieu". Un événement contingent ne répond à aucune obligation de résultats ou d'événement (un séisme, une éruption volcanique p.e.) , alors que la reproduction sexuée résultant en un tri, elle donne obligatoirement le résultat "oui ou non" par allèle. La nuance est subtile et floue, mais sans nuances floues notre vocabulaire aurait 60 mots à tout casser.

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 Sujet du message: Re: Petit dodo = viré un mois
MessagePosté: 04 Sep 2013, 12:56 
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C'est bon Archie Cash j'ai intégré les corrections et modifications nécessaires, j'aurais peut-être encore ultérieurement divers questions et remarques sur ce que recoupe ou pas la dérive génétique mais d'ici-là je préfère revenir sur un truc un peu plus concret à savoir ta présente remarque sur la notion «d'ADN poubelle»!

Archie Cash a écrit:
Si ce nom ADN poubelle se réfère aussi aux gènes ou séquences transcrites en ARN non traduits en protéines, qui ont diverses ou peuvent avoir diverses fonctions régulatrices, dans ce cas il vaut mieux abandonner ce terme. Car ce n'est dans ce cas ni junk ni neutre, mais transcrit et/ou fonctionnel, régulateur de l'expression génétique. Effectivement, le cumul de mutations est supérieur dans les séquences avec peu ou pas d'expression, mais Si ce nom se réfère aux gènes ne codant rien, dans ce cas statistiquement (puisque la mutabilité porte grosso modo aléatoirement sur toute la surface-longueur) cela ne dépasse pas 10 à 30 % du génome. A l'époque de Kimura on pensait que le "junk ADN" (voulant dire littéralement inutile...) était majoritaire, et que le codage des protéines était le fait d'au moins 20 % du génome, voire plus. Ce n'est plus le cas, tout s'est inversé depuis les séquençages : actuellement, on estime que 3/4 du génome a une fonction ou action, régulatrice ou autre, et que < 2 % seulement code des protéines...Ce terme "ADN poubelle" est donc à mettre à la poubelle.

Tout d'abord et je le souligne car c'est très important nous sommes parfaitement d'accord pour dire que «ADN poubelle» ≠ «ADN non-codant» sachant qu'une partie de l'ADN non-codant est bien constitué de séquences régulant l'activité et l'expression de divers gènes. Ca c'est un truc qui était déjà clair dans ma petite tête depuis longtemps déjà, mieux ce l'était même chez les biologistes moléculaires depuis longtemps également c'est-à-dire que dès qu'il avait établit que la majorité de notre génome est constitué d'ADN non-codant, ils ont tout de suite inféré que celui-ci pouvait cependant avoir un rôle des plus utiles chose qui s'est vite confirmé.

Mais la question qui se pose est la proportion d'ADN non-codant réellement fonctionnel par-apport à l'ADN non-codant sans fonction utile aucune pour l'organisme, c'est bien sûr cette seconde catégorie que nous appellerons que nous appelons «ADN poubelle» ou «Junk DNA»! Ici tu me dit qu'on estime que trois quarts du génome aurait un fonction et/ou action régulatrice, mais j'ai un problème avec cette estimation, le problème étant qu'elle ne fait pas l'unanimité et que des biologistes moléculaires continuent à soutenir que la majorité de notre ADN non-codant et donc que la majorité de notre génome est non-fonctionnel et donc constitué «d'ADN poubelle». C'est le cas du biologiste et généticien T. Ryan Gregory qui consacre divers articles à la question de «l'ADN poubelle». Maintenant je connais également la récente publication du projet ENCODE qui stipulait que 80% de notre génome est fonctionnel, problème apparamment la publication donnait une définition particulièrement souple au mot «fonction», ce qui pose un problème à plus d'un titre. À ce titre c'est ce qu'avait souligné certains biologistes moléculaires dont Dan Graur concernant la publication ENCODE et notamment la question de la transcription de nombreuses séquences non-codantes en ARN et donc je souligne le passage suivant:

Dan Graur et al a écrit:
The ENCODE Project Consortium systematically catalogued every transcribed piece of DNA as functional. In real life, whether a transcript has a function depends on many additional factors. For example, ENCODE ignores the fact that transcription is fundamentally a stochastic process (Raj and van Oudenaarden 2008). Some studies even indicate that 90% of the transcripts generated by RNA polymerase II may represent transcriptional noise (Struhl 2007). In fact, many transcripts generated by transcriptional noise exhibit extensive association with ribosomes and some are even translated (Wilson and Masel 2011).

Donc même si transcrites en ARN, le dit ARN en question peut s'avérer lui-même non-fonctionnel c'est ce que retranscrit parfaitement un autre membre du «C@fé des Sciences»!

Marc a écrit:
La transcription, à savoir que l’ADN est copié en ARN qui sert à être traduit en protéines, qui font des choses (enzymes, muscles, tout ça). On sait que des régions non fonctionnelles sont transcrites, notamment les introns, qui sont découpés de l’ARN avant traduction. De même les pseudogènes ou les transposons défaillants, tous transcrits, connus depuis longtemps pour leurs absence de fonction (en tous cas liée à la transcription). A noter qu’on ne dit pas juste que ces choses sont non fonctionnelles parce qu’on ne sait pas ce qu’elles font. Par exemple Graur et al. citent une étude qui a enlevé 96 introns de levures et n’en ont trouvé que 3 qui ont un impact sur la croissance. Or les levures ont un génome beaucoup plus sélectionné que nous, ayant des tailles de population beaucoup beaucoup plus grandes.

Ensuite bien évidemment je ne prétends pas que la question est définitivement tranchée, sauf peut-être pour d'autres organismes telles que certaines espèces d'oignons qui semble comporter un sacré paquet d'ADN non-codant ce qui a d'ailleurs inspiré au biologiste T. Gregory Ryan le «Test de l'Oignon» qui est un manière ludique d'exposer le «C-Value Paradox», sachant que différentes espèces d'Oignons du même genre peuvent avoir des génomes de tailles très différentes l'une de l'autre, quelles utilité pour certaines espèces d'avoir des génomes aussi énormes et dépassant qui plus est de loin l'espèce humaine que nous sommes? Certes là on ne cause plus d'êtres humains mais au sein même du règne animal les tailles du génomes et la part d'ADN non-codant varient également de manière importante sans conséquences phénotypiques apparentes, notamment en terme de complexité, jusqu'ici disons donc simplement qu'on a pas de raison de rejeter l'idée qu'une bonne part du génome de bon nombre d'Eucaryotes, soit non-fonctionnel et puisse réellement être qualifier «d'ADN-poubelle», maintenant si des preuves concluantes venaient à prouver le contraire à savoir que la majorité de l'ADN non-codant chez l'espèce humaine est fonctionnel alors aucun problème on avisera mais ce n'est pas le cas pour le moment!


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 Sujet du message: Re: Petit dodo = viré un mois
MessagePosté: 04 Sep 2013, 16:05 
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Ah oui quelques mots encore concernant la notion de «Dérive Génétique» telle que comprise par Laurence A. Moran, je prends l’extrait où il cite le livre universitaire de Biologie rédigé par N.A. Campbell!

Laurence A. Moran a écrit:
But random genetic drift is even more than this. It also refers to accidental random events that influence allele frequency. For example,
N.A. Campbell a écrit:
Chance events can cause the frequencies of alleles in a small population to drift randomly from generation to generation. For example, consider what would happen if [a]... wildflower population ... consisted of only 25 plants. Assume that 16 of the plants have the genotype AA for flower color, 8 are Aa, and only 1 is aa. Now imagine that three of the plants are accidently destroyed by a rock slide before they have a chance to reproduce. By chance, all three plants lost from the population could be AA individuals. The event would alter the relative frequency of the two alleles for flower color in subsequent generations. This is a case of microevolution caused by genetic drift...Disasters such as earthquakes, floods, or fires may reduce the size of a population drastically, killing victims unselectively. The result is that the small surviving population is unlikely to be representative of the original population in its genetic makeup - a situation known as the bottleneck effect.... Genetic drift caused by bottlenecking may have been important in the early evolution of human populations when calamities decimated tribes. The gene pool of each surviving population may have been, just by chance, quite different from that of the larger population that predated the catastrophe.

Bon à toi de me dire si je comprends bien la confusion de Laurence A. Moran. Ce dernier qualifierait à tort de «Dérive Génétique» l’événement catastrophique décimant une part importante de la population et par-là même redéfinissant aléatoirement la distribution allélique au sein de la dite population. Cela ne serait pas la dérive génétique! La dérive génétique serait uniquement ce qui suit la catastrophe, à savoir la redistribution aléatoire d’allèles des survivants à leurs enfants. Certes la dérive génétique avait déjà eu lieu avant la catastrophe, mais comme celle-ci a considérablement réduit les effectifs, la dérive génétique peut très rapidement conduire à la fixation où à la disparition d’allèles, chose qui est bien moins probable dans une population plus importante. On peut noter que des effectifs réduits diminuent l’impact de la sélection naturelle par-apport à la dérive génétique. Bon j’espère que là j’ai tout bon, si j’ai tout bon alors j’espère avoir droit à une pipe virtuelle mais à une pipe quand même! Néanmoins je comprends la confusion de Laurence A. Moran considérant la manière dont le manuel de Biologie décrit la chose. Car oui il faut distinguer la dérive génétique de l’événement qui a conduit à la réduction des effectifs, le problème étant que l’événement en question, sans être un exemple de dérive génétique, est néanmoins un facteur ou une cause redistribuant aléatoirement les fréquences alléliques de la population en question. Bon peut-être vas-tu me dire qu’il s’agit d’une sélection massive et aléatoire, individus survivant ayant simplement eu la chance d’être suffisamment éloignés de la rivière au moment où celle-ci a brutalement débordé, etc, etc…Donc sélection par la chance, redistribution aléatoire des fréquences alléliques, j’ignore quel terme donné à ce genre d’événements mais vu comme la chose est présentée je peux comprendre pourquoi on tend souvent à confondre ce type d’événement et ses conséquences avec la «dérive génétique». En espérant avoir compris correctement ces choses dans les grandes lignes!


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 Sujet du message: Re: Petit dodo = viré un mois
MessagePosté: 04 Sep 2013, 22:18 
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HANS, que notre génome ait 80 % ou 50 % ou seulement 30 % de gènes utilitaires, cela ne change rien à la théorie de Kimura, où le neutralisme n'est pas basé là-dessus. On pourrait imaginer que notre génome n'ait que 1 % de constituants utilitaires, les autres ne servant à rien, l'évolution se fait par les constituants utilitaires - les premiers ayant peu de chances de servir un jour à quoi que ce soit. La théorie de Kimura ne porte pas là-dessus, elle est générale et non spécifique à l'humain, et porte sur la manière dont les mutations s'infiltrent dans le génome sans changer sa fonction.
:D Si je ne m'abuse, je crois que ton neutralisme est une manière de penser (que je partage aussi) qu'une bonne partie des caractères d'un individu ne sont pas fortement modelés par la pression sélective, et passent parfois voire souvent outre son filtrage. Mais ce n'est pas cela la Théorie de Kimura. La théorie de Kimura est une aubaine surtout pour les gradualistes, quand bien même tu aies pensé le contraire (si je ne m'abuse).

__________

Maintenant, concernant cet ADN POUBELLE HUMAIN et les diverses estimations: j'ai proposé l'estimation de 3/4 et tu dis que ces 80% te posent un problème. Le mieux à faire serait alors de lire le pourquoi du comment des estimations d'ENCODE, même si des différences ne changeront rien au neutralisme, qui concerne tous les organismes, qu'ils aient peu ou beaucoup d'ADN "inutile"...

Ce qui est estimé chez d'autres espèces, patates ou oignons, n'a rien ou si peu à faire ici, et il y aura toujours des discussions sur ces chiffres, d'autant plus si pendant longtemps la notion de "Junk ADN" ou inutile était la "vérité" et que milieu des années 2000, ce fut une parmi les "révisions" des acquis. Je connais bien peu de choses en évolution qui fassent l'unanimité. Le projet ENCODE reste pourtant le plus ambitieux, cher, large, ardu, concret et concluant travail sur l'action des constituant du génome humain, et ils n'ont pas encore terminé. Ce chiffre, estimation de 3/4 fonctionnel, a déjà pas loin de 6 ou 7 ans, et malgré les crissements je n'ai pas encore lu de chiffrage autre, justifié, qui le remplacerait avec pertinence. La caravane passe...
C'est à peu près un phénomène similaire avec le GIEC, concernant les changements climatiques. Leurs résultats font l'objet de foule de publis de critiques et autres... souvent par les mêmes personnes d'ailleurs.

Même si l'équipe du ENCODE a un peu arrondi à 80 % symbolique d'ADN "actifs/utiles", pourquoi pas, même si l'action des ARN non traduits n'est pas élucidée, même si les fonctions ou actions sont loin d'être connues, une petite partie l'est et leur estimation n'est pas basée sur des fallacies. Leurs travaux sont publiés et ce n'est pas l'exposé de Marc sur café des sciences, même si c'est un report des critiques de Graur à ce sujet, qui y changera grand chose: il faut considérer ces remarques et te faire ta propre opinion pour l'ADN humain si tu y tiens. Sachant que cela ne change rien à notre discussion ici, sur Kimura.

Marc suit ici l'idée de Graur, à la lettre me semble-t-il, y compris ses mauvais arguments. Ce que tu as reporté ne m'a pas bouleversé:
Citation:
La transcription, à savoir que l’ADN est copié en ARN qui sert à être traduit en protéines, qui font des choses (enzymes, muscles, tout ça). On sait que des régions non fonctionnelles sont transcrites, notamment les introns, qui sont découpés de l’ARN avant traduction.

Oui, c'est un des basiques de la génétique moderne (bâillements).
Citation:
De même les pseudogènes ou les transposons défaillants, tous transcrits, connus depuis longtemps pour leurs absence de fonction (en tous cas liée à la transcription). A noter qu’on ne dit pas juste que ces choses sont non fonctionnelles parce qu’on ne sait pas ce qu’elles font. Par exemple Graur et al. citent une étude qui a enlevé 96 introns de levures et n’en ont trouvé que 3 qui ont un impact sur la croissance. Or les levures ont un génome beaucoup plus sélectionné que nous, ayant des tailles de population beaucoup beaucoup plus grandes.

Tout-à-fait: on ne dit pas que ces choses sont non fonctionnelles (bâillements). Et alors ? Je n'ai pas compris pourquoi tu as quoté ce passage-ci.

Celui-ci est bien plus intéressant et instructif:
Citation:
D’abord, ils (Graur et al. NDBIBI) disent qu’il faut distinguer en biologie entre la fonction “sélectionnée”, c’est-à-dire qui a un impact sur la survie et la reproduction de l’organisme, par exemple pour le coeur pomper le sang, et la fonction “causale”, par exemple pour le coeur faire bouboum-bouboum. La fonction causale existe, elle n’est pas fausse, mais elle n’a que peu d’intérêt pour comprendre la biologie. Graur et al. accusent le consortium ENCODE d’avoir confondu ces deux sens de fonction, en rapportant comme fonctionnel de manière pertinente (= sélectionnée même si ENCODE ne le dit pas) tout ce qui a une fonction détectable expérimentalement. Ce qu’un commentateur de mon billet précédent a excellemment résumé par “ça bouge quand on l’agite”. Le titre de l’article s’explique par l’affirmation de Graur et al. que toute fonction pertinente doit pouvoir être cassée, et le sera si le temps passe et qu’aucune sélection ne l’empêche. Ils affirment que la définition utilisée par ENCODE revient donc à dire qu’il y a des fonctions équivalentes à une télévision immortelle. Rigolo mais bon passons aux choses sérieuses.

Donc, si je comprends bien: Graur pinaille entre fonctions a) "sélectionnée" et b) "causale",
... et Marc met un exemple absolument ridicule de a) coeur qui pompe et b) coeur qui fait boum-boum. Désolé, mais ce genre de trucs ont un pouvoir explicatif proche du zéro absolu.

Passage qui m'a le plus étonné :
Citation:
"Le titre de l’article s’explique par l’affirmation de Graur et al. que toute fonction pertinente doit pouvoir être cassée, et le sera si le temps passe et qu’aucune sélection ne l’empêche."

Bref, si je comprends bien (je n'ai pas trop envie d'y passer la nuit) pour Graur - d'après la traduction de Marc - , il y a relativement à leur dada "sélection" :
A) fonction pertinente
et il y aurait
B) fonction non pertinente,

et ils accusent donc ENCODE de ne pas distinguer les 2 et de ne pas avoir exclu B.

Tu me suis ? Entre les lignes, l'interprétation de Graur par MARC est une confirmation qu'ENCODE a bien listé des fonctions (A et B) mais Graur (et Marc) ne considèrent pas B comme fonction qu'il faudrait considérer... même s'ils la considèrent comme fonction. :mrgreen: Tu m'excuseras Hans, mais c'est plus comique qu'autre chose, et je pense que les critiques de Graur à l'encontre de ENCODE sont bien plus sérieuses que ce que Marc en transcrit.
D'autant plus que si le génome avait 20 ou 40 % d'ADN inutile (évolutivement peu voire inutile en somme, disons que son utilité potentielle future (dans combien de siècles) serait encore plus spéculative que sa fonctionnalité pas encore élucidée via les ARN régulateurs.... !!! ), ça me passe complètement par dessus les épaules, à moi et à feu Kimura de même.

edit:
L'équipe ENCODE a considéré ceci comme fonction:

1) produces an RNA transcript
2) binds a protein
3) is methylated


C'est là-dessus il me semble que portent les critiques de Graur. Pour ce qui me concerne, je serais plutôt en phase avec ENCODE - sans me mouiller en quoi que ce soit - de considérer cela comme des fonctions - car techniquement, ce sont bien des actions (même si aux incidences, lorsqu'incidences il y a ,encore inconnues) : fonction /=/ VITAL, ce ne sont pas des synonymes.
Ensuite, chacun est libre de penser ce qu'il veut sur ces discussions d'estimations basées sur le buzz "fonction": Graur et consorts n'ont qu'à considérer les choses comme ils veulent, mettre un X % d'ADN inutile à l'Homo comme cela leur chante: au fil des années qui suivront, au fil des découvertes de fonctions, régulations et actions biogénétiquesw, directes, indirectes, co-participations ici et là, leur estimation à eux ne pourra que changer et baisser comme peau de chagrin. Le chiffre ne pourra en tous les cas pas augmenter (c'est un peu le mur gauche de complexité ici) quand bien même il n'atteigne pas l'inverse des 80 % symboliques estimés et annoncés par ENCODE.
Les 25 000 gènes codant des protéines chez l'humain, chiffre assez riquiqui, fut la première surprise après le séquençage; et ne suffisant de loin pas à expliquer le phénotype d'un humain ni d'une corneille, il faut s'attendre à d'autres surprises à l'avenir car le reste du schmilblik est ailleurs, partiellement connu pour l'expression, dans les environs de l'ADN et aussi dans le reste de l'ADN.

Hans a écrit:
le problème étant qu'elle ne fait pas l'unanimité et que des biologistes moléculaires continuent à soutenir que la majorité de notre ADN est non-codant et donc que la majorité de notre génome est non-fonctionnel et donc constitué «d'ADN poubelle».

Si l'ADN non codant (ne codant même pas d'ARN non traduits) représente < 30 %, cette affirmation ne peut être que fausse. Même si une partie de l'ADN codant des ARN mais ne servant à rien, était énorme (on ne le sait pas encore), l'ADN non codant n'est pas en majorité... Cette affirmation est fausse dans tous les cas.

_________________
"Je veux qu'on me prenne pour un con car j'en suis un, qu'on me parle simplement pour que je capte bien car je suis idiot: si on me regarde et qu'on me parle sans égards, c'est déjà me considérer à peu près normal et pas uniquement comme un handicapé physique ou un déficient mental."


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 Sujet du message: Re: Petit dodo = viré un mois
MessagePosté: 05 Sep 2013, 00:22 
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Archie Cash a écrit:
Si je ne m'abuse, je crois que ton neutralisme est une manière de penser (que je partage aussi) qu'une bonne partie des caractères d'un individu ne sont pas fortement modelés par la pression sélective, et passent parfois voire souvent outre son filtrage. Mais ce n'est pas cela la Théorie de Kimura. La théorie de Kimura est en fait surtout une aubaine pour les gradualistes, quand bien même tu aies pensé le contraire (si je ne m'abuse).

Nous sommes d'accord pour dire que quelque soit le pourcentage d'ADN-poubelle dans notre génome rien ne change pour la théorie de Motoo Kimura. Néanmoins là j'ignore ce que j'ai pensé le contraire, je n'ai par exemple pas utilisé cette théorie pour critiquer le gradualisme me semble-t-il bref je ne suis pas sûr de ta présente remarque!

Archie Cash a écrit:
Ce qui est estimé chez d'autres espèces, patates ou oignons, n'a rien ou si peu à faire ici.

Pas totalement considérant qu'on s'aperçoit que la quantité d'ADN non-codant varie énormément chez certaines espèces proches dans conséquence phénotypiques et adaptatives apparentes. Mais certes c'est à étendre dans d'autres réflexion notamment dans la théorie voulant que le pourcentage d'ADN non-codant soit fonction de la complexité de l'organisme. Hypothèse ayant également fait l'objet de publications, via le schéma suivant!

Image

Inutile de te dire ce qui cloche dans le présent schéma c'est gros comme une maison mais soit revenons à nos moutons!

Archie Cash a écrit:
Même si l'équipe du ENCODE a un peu arrondi à 80 % symbolique d'ADN "actifs/utiles", pourquoi pas, même si l'action des ARN non traduits n'est pas encore élucidée, même s'ils même si les fonction ou actions sont loin d'être connues, une petite partie l'est et leur estimation n'est pas basée sur des fallacies. Leurs travaux sont publiés et ce n'est pas l'exposé de Marc sur café des sciences, même si c'est un report des critiques de Graur à ce sujet, qui y changera grand chose.

Ben faut voir la définition qu'il donnent au mot fonction et au regard de cette dernière la remettre avec des banalités semble utile, car une petite partie des ARN non-traduit s'avère être fonctionnel, d'autres s'avèrent également inutiles, une banalité comme dis certes mais une banalité utile à rappelé considérant la définition qu'ils donnent au mot «fonction» quand ils affirment que 80% du génome humain est fonctionnel!

Archie Cash a écrit:
Donc, si je comprends bien: Graur pinaille entre fonctions a) "sélectionnée" et b) "causale" et Marc met un exemple absolument ridicule de a) coeur qui pompe et b) coeur qui fait boum-boum. Désolé, mais ce genre de trucs ont un pouvoir explicatif proche du zéro absolu.

«Un pouvoir explicatif»? Je n'y vois qu'une simple distinction, on peut citer celle mentionnée par Dan Graur lui-même sans pour autant être de lui!

Dan Graur et al a écrit:
For clarity, let us use the following illustration (Griffiths 2009). There are two almost identical sequences in the genome. The first, TATAAA, has been maintained by natural selection to bind a transcription factor; hence, its selected effect function is to bind this transcription factor. A second sequence has arisen by mutation and, purely by chance, it resembles the first sequence; therefore, it also binds the transcription factor. However, transcription factor binding to the second sequence does not result in transcription, that is, it has no adaptive or maladaptive consequence. Thus, the second sequence has no selected effect function, but its causal role function is to bind a transcription factor.

Là je capte quand même la différence! Mais soit oublions cette dichotomie et reprenons la définition du mot «fonction» telle que décrite dans la publication d'ENCODE elle-même voici la présente définition!

The ENCODE Project Consortium a écrit:
«Operationally, we define a functional element as a discrete genome segment that encodes a defined product (for example, protein or non-coding RNA) or displays a reproducible biochemical signature (for example, protein binding, or a specific chromatin structure).»

Ben si «fonctionnel» = «afficher une signature biochimique» ça m'étonne même qu'ils n'aient pas définit 100% de notre génome comme étant fonctionnel! Non sérieux Archie Cash je comprends les critiques faite à la présent publication du projet ENCODE parce qu'avec cette définition on a vite fait d'y inclure des séquences d'ADN sans conséquence phénotypique aucune sans effet bénéfique ou délétère à l'organisme, bref sans fonction telle qu'on peut l'entendre et comme on peut raisonnablement l'entendre.

Archie Cash a écrit:
Tu me suis?

Pas entièrement hélas! Car si A a un impact adaptatif sur l'organisme et pas B la différence mérite d'être soulignée. L'exemple de Dan Graur que j'ai mis ci-dessus me parait pertinent. Maintenant se pose encore et toujours la définition du mot «fonction» telle que présentée dans la publication d'ENCODE!

Archie Cash a écrit:
Graur et Marc n'ont qu'à considérer les choses comme ils veulent, mettre un X % d'ADN inutile à l'Homo comme cela leur chante: au fil des années qui suivront, au fil des découvertes de fonctions, régulations et actions biogénétiques, directes, indirectes, co-participations ici et là, leur chiffrage ne pourra que changer et baisser comme peau de chagrin. Il ne pourra pas augmenter (c'est un peu le mur gauche de complexité ici) quand bien même il n'atteigne pas les 80 % symboliques estimés et annoncés par ENCODE. Les 25 000 gènes codant des protéines ne suffisant de loin pas à expliquer le phénotype d'un humain ni d'une corneille, il faut s'attendre à des surprises à l'avenir car le reste du schmilblik est ailleurs, dans les environs de l'ADN et dans le reste de l'ADN.

Pour l'instant c'est surtout ENCODE qui s'est illustré en estampillant un pourcentage d'ADN fonctionnel sur notre génome! Mais soit admettons donc Graur et Marc spéculent que notre génome n'est pas pour la majeure partie fonctionnel, donc que malgré toutes les découvertes à venir celle-ci n'arriveront jamais à atteindre des sommet au-delà de la moitié du génome, sans pour autant donner un chiffre précis. La publication du projet ENCODE affirme ou tout du moins estime qu'environ 80% de notre génome est fonctionnel et ils y collent déjà un pourcentage, mais avec une définition particulièrement souple du mot «fonction»! Dire que leur chiffrage ne pourra que baisser comme peau de chagrin est un parie sur l'avenir est également une spéculation, au mieux tu peux dire qu'il ne pourra très probablement que baisser mais tu ignores jusqu'à quel point, peut-être pas jusqu'à peau de chagrin peut-être même beaucoup moins qu'on le pensait avec au final un gros paquet «d’ADN poubelle» encore et toujours présent dans notre génome!

Archie Cash a écrit:
Si l'ADN non codant (ne codant même pas d'ARN non traduits) représente < 30 %, cette affirmation ne peut être que fausse. Même si une partie de l'ADN codant des ARN mais ne servant à rien, était énorme (on ne le sait pas encore), l'ADN non codant n'est pas en majorité... Cette affirmation est fausse dans tous les cas.

Certes, certes, mais là c'est juste une question de «tradition linguistique» puisqu'il me semble que traditionnellement on nomme «ADN non-codant» l'ensemble des séquences ne codant/encodant pas de protéines, y compris des séquences qui sont néanmoins transcrit en ARN que celui-ci soit fonctionnel ou non. À partir de là je veux bien qu'on redéfinisse la chose et appelons «ADN non-codant» seulement l'ADN ne codant ni protéine ni ARN, ça me va mais ça ne change rien à ma réflexion dans l'hypothèse que la majorité de l'ARN codé par l'ADN non-codant serait non-fonctionnel!


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 Sujet du message: Re: Petit dodo = viré un mois
MessagePosté: 05 Sep 2013, 00:29 
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Hans a écrit:
Ben faut voir la définition qu'il donnent au mot fonction et au regard de cette dernière la remettre avec des banalités semble utile, car une petite partie des ARN non-traduit s'avère être fonctionnel, d'autres s'avèrent également inutiles, une banalité comme dis certes mais une banalité utile à rappelé considérant la définition qu'ils donnent au mot «fonction» quand ils affirment que 80% du génome humain est fonctionnel!

L'équipe ENCODE a considéré ceci comme fonction:
Citation:
1) produces an RNA transcript
2) binds a protein
3) is methylated
(Fonction n'est pas synonyme de VITAL pour l'équipe de ENCODE, mais plutôt synonyme de "action", ou "non inerte", ou "effet", un peu dans le genre

J'avais édité mon post plus haut pour te proposer cette petite synthèse.

Citation:
Pas entièrement hélas! Car si A a un impact adaptatif sur l'organisme et pas B la différence mérite d'être soulignée. L'exemple de Dan Graur que j'ai mis ci-dessus me parait pertinent. Maintenant se pose encore et toujours la définition du mot «fonction» telle que présentée dans la publication d'ENCODE!

Adaptatif dans quel contexte ? Aujourd'hui, hier, en Australie, dans un récif corallien ? Ce n'est pas par les analyses d'ENCODE que l'on peut déterminer cet aspect contextuel, CE N'EST PAS LEUR PROPOS !
On parle de découpage du génome d'un point de vue statistique, selon qu'il interagit à des éléments lui donnant une fonction (voir points ci-dessus). On s'interrogera d'abord de savoir s'il a un impact sur l'organisme, et c'est déjà pas si mal... On ne saura peut-être jamais avec certitude dans quel mesure il fut adaptatif,. peu, beaucoup, ou pas du tout... navré, même si cela peut être ton interrogation principale, cette équipe travaille sur des aspects différents.

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 Sujet du message: Re: Petit dodo = viré un mois
MessagePosté: 05 Sep 2013, 00:36 
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Archie Cash a écrit:
J'avais édité mon post plus haut pour te proposer cette synthèse...

Ah ok, mes excuses je n'avais pas vu!

Bon tu dis que tu es d'accord avec ENCODE car on pourrait considérer ces «actions» comme des «fonctions». Ben là je n'accroche pas trop parce que je me vois mal qualifier de «fonctionnel» l'ARN inutile d'un pseudogène, et plus généralement tout ce «bruit» dont le seul mérite est un coût métabolique dont l'organisme s'accommode généralement sans problème mais donc c'est un coût métabolique quand même sans aucune contrepartie utile à l'organisme. En fait même que certains organismes ayant des métabolisme très actifs tendent semble-t-il à virer l'excédent d'ADN non-codant inutile, c'est le cas des oiseaux comme les colibris là où les oiseaux non-volants tendent me semble-t-il à accumuler davantage d'ADN non-codant donc je suppute pour une bonne part parfaitement inutile à l'organisme! Enfin je pense que tu saisis l'idée! :wink:


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 Sujet du message: Re: Petit dodo = viré un mois
MessagePosté: 05 Sep 2013, 00:50 
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Citation:
Ben là je n'accroche pas trop parce que je me vois mal qualifier de «fonctionnel» l'ARN inutile d'un pseudogène, et plus généralement tout ce «bruit» dont le seul mérite est un coût métabolique dont l'organisme s'accommode généralement sans problème mais donc c'est un coût métabolique quand même sans aucune contrepartie utile à l'organisme.

:D Pour l'ENCODE, sa fonction est d'encoder un ARN...

C'est tout à fait ton droit de penser comme tu le penses. D'autres ne sont pas tout-à-fait d'accord avec toi, même si avec 20 % de génome non fonctionnel selon l'ENCODE, il y a encore de la place pour les résidus et les vestiges..

http://www.erudit.org/revue/ms/2003/v19 ... 278ar.html

As-tu un chiffrage précis sur la quantité de pseudogènes dans le génome :
- dont l'ARN transcrit est parfaitement inutile et démontré strictement inutile,
- et dont l'absence (du pseudogène/locus à son endroit originel précis) n'aurait strictement aucune conséquence sur l'organisme, dans aucun cas, donc aucune utilité, dans aucun cas, certifié conforme à la réalité, démontrée par son "ablation" ? :wink:


Citation:
Bon tu dis que tu es d'accord avec ENCODE car on pourrait considérer ces «actions» comme des «fonctions».

Pas vraiment. J'ai plutôt dit que je m'en fous un peu de cette problématique, puisqu'on ne sait pas encore à quoi ce foutoir peut servir, au cas où il servirait quelque chose. Mais je suis parfaitement d'accord avec leur estimation selon comment ils ont considéré la chose, selon leurs critères... n'ayant pas de temps, ni envie ni moyens, de vérifier leurs chiffrages.
(Parfaitement d'accord = je suppose qu'ils savent calculer).

Si tu ne piges pas ce que j'explique, m'en fous aussi. :D Il y a 25 ans, TOUT le monde expliquait que l'ADN ne codant aucune protéine était "POUBELLE, résiduel, inutile", quand plus tard quelques fonctions régulatrices ont été découvertes chez cette sorte d'ARN-là, le monde (Hello world !) a cessé de claironner...

HANS a écrit:
Pas totalement considérant qu'on s'aperçoit que la quantité d'ADN non-codant varie énormément chez certaines espèces proches dans conséquence phénotypiques et adaptatives apparentes. Mais certes c'est à étendre dans d'autres réflexion notamment dans la théorie voulant que le pourcentage d'ADN non-codant soit fonction de la complexité de l'organisme. Hypothèse ayant également fait l'objet de publications, via le schéma suivant!

:mrgreen: Donc, la situation des autres espèces, patates, oignons ou cornichons, n'a rien à faire dans cette mini discussion annexe sur les estimations de proportion d'ADN non fonctionnel chez l'Humain.

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 Sujet du message: Re: Petit dodo = viré un mois
MessagePosté: 05 Sep 2013, 01:15 
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Archie Cash a écrit:
As-tu un chiffrage précis sur la quantité de pseudogènes dans le génome :
- dont l'ARN transcrit est parfaitement inutile et démontré strictement inutile,
- et dont l'absence du pseudogène/locus à son endroit originel précis n'aurait strictement aucune conséquence sur l'organisme, dans aucun cas, ni aucune utilité, dans aucun cas, certifié conforme à la réalité, démontrée par son "ablation" ? :wink:

Non je n'ai pas pareil pourcentage sous la main Au mieux j'ai trouvé une expérience où l'on a supprimé 3% du génome de souris sans conséquence fâcheuse pour ces dernières! mais je n'ai jamais prétendu non-plus avoir de démonstration définitive de la non-utilité de la majorité de l'ADN non-codant ou tout du moins qualifier comme tel! J'ai bien précisé que la question n'est pas tranchée. Et par ailleurs je savais déjà également que certains pseudogènes conservent des fonctions et/ou en acquièrent d'autres suite à des mutations, idem pour d'autres séquences non-codantes, même les rétrovirus endogènes peuvent être coopté à des fonction utiles, il me semble même qu'un ou plusieurs rétrovirus endogènes ont été coopté dans «l’élaboration» du Placenta. Bref là-dessus nous sommes d'accord l'inconnu est la proportion d'ADN non-codant réellement utile au sein de notre espèce, et ma position est simple, on l'ignore. Le problème est qu'avec leur publication du projet et le battage médiatique autour de cette dernière, beaucoup s'imaginent qu'on a déjà un pourcentage relativement bien établit sur la question et cela sans même saisir hélas la définition souple et contestable accordé au mot «fonction» dans la dite publication. Si on s'était contenté de dire un truc du genre «on a détecté tel et tel type d'activité dans un pourcentage de telle ordre de grandeur du génome donc certaines pourraient être réellement fonctionnel donc utile à notre organisme mais nous ignorons encore dans quelle proportion» je n'aurait rien à eu à redire!

Archie Cash a écrit:
Il y a 25 ans, TOUT le monde expliquait que l'ADN ne codant aucune protéine était "POUBELLE, résiduel, inutile", quand plus tard quelques fonctions régulatrices ont été découvertes chez cette sorte d'ARN-là, le monde a cessé de claironner...

Ben non!

ENCODE (2012) vs. Comings (1972)

Bref un dénommé Comings qui en 1972 il y a plus de quarante ans inférait toute sorte de fonctions possibles à une partie de «l’ADN non-codant» balèze n'est-il pas! Comme quoi l'Histoire peut toujours nous révéler quelques surprises!


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 Sujet du message: Re: Petit dodo = viré un mois
MessagePosté: 05 Sep 2013, 01:20 
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Citation:
Non je n'ai pas pareil pourcentage sur la main Au mieux j'ai trouvé une expérience où l'on a supprimé 3% du génome de souris sans conséquence fâcheuse pour ces dernières! mais je n'ai jamais prétendu non-plus avoir de démonstration définitive de la non-utilité de la majorité de l'ADN non-codant ou tout du moins qualifier comme tel! J'ai bien précisé que la question n'est pas tranché.

Si si, c'est un peu tranché tout de même si tu distingues dans tes propos l'ADN ne codant rien de l'ADN non traduit en protéines... les tranches ne sont pas les mêmes, hein. Le premier n'atteint pas les 20 %. Et comme je ne sais pas si d'autres fonctions seront trouvées au ou partie du second (et pourquoi pas au premier ?), je n'utilise plus ce terme "Junk ADN", qui de plus a vu sa tranche s'amoindrir. C'est mon droit d'être prudent, non ?

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 Sujet du message: Re: Petit dodo = viré un mois
MessagePosté: 05 Sep 2013, 01:32 
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Archie Cash a écrit:
Si si, c'est un peu tranché tout de même si tu distingues dans tes propos l'ADN ne codant rien de l'ADN non traduit en protéines... les tranches ne sont pas les mêmes, hein. Le premier n'atteint pas les 20 %. Et comme je ne sais pas si d'autres fonctions seront trouvées au ou partie du second (et pourquoi pas au premier ?), je n'utilise plus ce terme "Junk ADN", qui de plus a vu sa tranche s'amoindrir. C'est mon droit d'être prudent, non ?

Ce n'est pas plus prudent que de continuer de parler de «d’ADN-poubelle» en précisant qu'on le distingue de l'ADN ne codant pas les protéines même s'il en fait partie et qu'on en ignore encore les proportions. Et j'ajoute que l'ADN-poubelle inclue toute les séquence ne codant pas de protéine et n'ayant pas d'utilité phénotypiques pour l'organisme qu'il s'agisse d'ADN ne codant rien 20% ou d'ADN retranscrit en ARN lui-même inutile! Je ne vois pas le problème et non ce n'est pas tranché de loin pas!

Ah oui j'ai édité mon précédent message je remet ci-dessous ce que j'ai rajouter!

Archie Cash a écrit:
Il y a 25 ans, TOUT le monde expliquait que l'ADN ne codant aucune protéine était "POUBELLE, résiduel, inutile", quand plus tard quelques fonctions régulatrices ont été découvertes chez cette sorte d'ARN-là, le monde a cessé de claironner...

Ben non!

ENCODE (2012) vs. Comings (1972)

Bref un dénommé Comings qui en 1972 il y a plus de quarante ans inférait toute sorte de fonctions possibles à une partie de «l’ADN non-codant» balèze n'est-il pas! Comme quoi l'Histoire peut toujours nous révéler quelques surprises!


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 Sujet du message: Re: Petit dodo = viré un mois
MessagePosté: 05 Sep 2013, 01:36 
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Citation:
Le problème est qu'avec leur publication du projet et le battage médiatique autour de cette dernière, beaucoup s'imagine qu'on a déjà un pourcentage relativement bien établit sur la question et cela sans même saisir hélas la définition souple et contestable accordé au mot «fonction» dans la dite publication. Si on s'était contenté de dire un truc du genre «on a détecté tel et tel type d'activité dans un pourcentage de telle ordre de grandeur du génome donc certaines pourraient être réellement fonctionnel donc utile à notre organisme mais nous ignorons encore dans quelle proportion» je n'aurait rien à eu à redire!

:D Bref, tu as déjà oublié que leur annonce était techniquement bien faite, et que, normalement, les scientifiques sont rôdés pour lire et comprendre +/- correctement les publications scientifiques. Tant pis pour les autres.

La phrase en question est celle-ci, elle était dans le texte et reprise par mille magazines: These data enabled us to assign biochemical functions for 80 percent of the genome.

Biochemical fucntions = fonctions biochimiques.

C'est le cas des 3 critères considérés, qui sont tous des fonctions biochimiques. :mrgreen: Désolé Hans, j'aurais pu commencer par là mais j'attendais le moment opportun pour te sortir la démonstration du mauvais procès d'intentions intenté au ENCODE project. Encode project, affilié au Human project etc., qui n'est en somme qu'une petite équipe d'imbéciles voulant tromper le monde entier : http://adsabs.harvard.edu/abs/2012Natur.489...57T

Citation:
Bref un dénommé Comings qui en 1972 il y a plus de quarante ans inférait toute sorte de fonctions possibles à une partie de «l’ADN non-codant» balèze n'est-il pas! Comme quoi l'Histoire peut toujours nous révéler quelques surprises!

Super. Pratiquement tout le monde dans ce cas. Un peu comme les exaptations "de Gould": elles étaient déjà annoncées et discutées par DARWIN lui-même, sans porter ce nom-là.

Citation:
Ce n'est pas plus prudent que de continuer de parler de «d’ADN-poubelle» en précisant qu'on le distingue de l'ADN ne codant pas les protéines même s'il en fait partie et qu'on en ignore encore les proportions. Et j'ajoute que l'ADN-poubelle inclue toute les séquence ne codant pas de protéine et n'ayant pas d'utilité phénotypiques pour l'organisme qu'il s'agisse d'ADN ne codant rien 20% ou d'ADN retranscrit en ARN lui-même inutile! Je ne vois pas le problème et non ce n'est pas tranché de loin pas!

Je trouve plus idiot que jamais d'appeler "Junk ADN" un ensemble de trucs (codant ou ne codant pas des ARN) dont une partie a déjà des fonctions régulatrices élucidées... C'est ta liberté.

Allez, @+

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 Sujet du message: Re: Petit dodo = viré un mois
MessagePosté: 05 Sep 2013, 01:49 
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Archie Cash a écrit:
Donc, la situation des autres espèces, patates, oignons ou cornichons, n'a rien à faire dans cette mini discussion annexe sur les estimations de proportion d'ADN non fonctionnel chez l'Humain.

Tu es trop catégorique, pas directement mais indirectement si on démontre qu'il y a de bonne chance qu'au sein de lignée animales et végétales et plus généralement Eucaryotes, de grande quantité d'ADN non-codant, sans fonctions, sans lien avec une plus grande complexité phénotypiques ou adaptation particulières, s'y accumulent chez de nombreuses espèces, alors pourquoi pas chez l'homme? Question simple mais pas inutile pour des réflexion bio-évolutive ici plus exactement sur l'évolution des génomes!

Archie Cash a écrit:
Biochemical fucntions = fonctions biochimiques.

Ce qui veut simplement dire «activité biochimique»? Rien à voir ou si peu avec l'utilité ou non des 80% de séquences «ayant une fonction/activité biochimique» pour l'organisme humain concerné! Bordel tu comprends pas que ça puisse irrité certains, oui Dan Graur et Marc l'ont compris ce que les auteurs entendaient réellement par «fonction biochimique» problème ça n'a mystérieusement pas été compris correctement par beaucoup d'autres et parce que le mot «fonction» ca veut quand même dire queleque chose de plus spécifique qu'«activité biochimique». Imagine une publication en bio-anthropologie affirmant qu'on parvient à identifier différentes «races» alors qu'ils ne font qu'une équivalence maladroite en le terme «race» et le terme «population» tel qu'employé en génétique, tu paries combien que ça va foutre le bordel et que ça irritera certains, ben ici c'est pareil!

Aller bonne nuit et A+! :wink:


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 Sujet du message: Re: Petit dodo = viré un mois
MessagePosté: 05 Sep 2013, 01:57 
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Archie Cash a écrit:
C'est le cas des 3 critères considérés, qui sont tous des fonctions biochimiques. :mrgreen: Désolé Hans, j'aurais pu commencer par là mais j'attendais le moment opportun pour te sortir la démonstration du mauvais procès d'intentions intenté au ENCODE project. Encode project, affilié au Human project etc., qui n'est en somme qu'une petite équipe d'imbéciles voulant tromper le monde entier.

Je ne suis pas fan d'arguments d'autorité, tu le sais bien, toi non-plus d'ailleurs alors qu'espères-tu sincèrement démontrer ici? Par ailleurs il n'est pas question de traiter l'ensemble des chercheurs ayant participé à ENCODE d'imbéciles et je doute que la plupart aient même fait attention à ce point précis de la rédaction, probablement s'en rendaient-ils pas compte trop omnubilés et à juste titre par d'autres aspects plus techniques et concret du dit projet contenu dans la dite publication. Il n'est pas question d'une condamnation en règle de tous ces chercheurs mais bien de démêler des quiproquos ayant pour origine des mots mal-choisi qui s'ils n'avaient pas pour intention de tromper ont peut-être néanmoins été maladroitement choisis pas certains pour rendre la publication plus attrayante sans penser néanmoins à tromper le monde! Mais cela peut suffire à irriter lorsque la confusions et les quiproquos s'emballent de cette manière!


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 Sujet du message: Re: Petit dodo = viré un mois
MessagePosté: 05 Sep 2013, 02:07 
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Citation:
et non ce n'est pas tranché de loin pas!

:D Ce qui est tranché assez bien - et non pas un peu - est la part d'ADN ne codant rien, celui codant des ARN, et celui codant des ARN donnant des protéines. Donc oui, il y a une bonne part de tranché dans ce créneau-là: ce sont bien 3 tranches du gâteau... même assez précisément tranchées.

Citation:
Tu es trop catégorique, pas directement mais indirectement si on démontre qu'il y a de bonne chance qu'au sein de lignée animales et végétales et plus généralement Eucaryotes, de grande quantité d'ADN non-codant, sans fonctions, sans lien avec une plus grande complexité phénotypiques ou adaptation particulières, s'y accumulent chez de nombreuses espèces, alors pourquoi pas chez l'homme? Question simple mais pas inutile pour des réflexion bio-évolutive ici plus exactement sur l'évolution des génomes!

On sait déjà qu'il est des organismes ayant une très grande proportion d'ADN résiduel, vestigial, importé, ne codant pas, etc. Mais cela n'enseigne rien sur la proportion que contient chaque espèce, ni quelle est la part d'ADN codant arn ou pas pour chaque espèce (l'Homme pour ce qui concerne cette discussion). Ni si cet ADN vestigial pouvait avoir lui aussi une fonction ou participait à la régulation...
Pour ça il a fallu le séquençage d'espèce après espèce, puis analyse, espèce après espèce. Et ça continue.
______________

FINALEMENT c 'est énormissime: est-ce que le truc ici ne serait pas bêtement de reprocher à ENCODE d'avoir utilisé le mot fonction au lieu d'action p.e. ?
Mais alors, cela voudrait dire que c'est pareil pour les gènes exprimant des protéines, non ? Du coup, ces gènes n'auraient pas non plus de fonction mais une action ?

C'est quoi la fonction et/ou l'action d'un gène codant une protéine, Hans ?
Si tu réponds clairement à cette question, on tombera ensemble en accord sur mon opinion que le flan que propose ton équipe, Graur et consorts, est bien du flan. Tu le verras. Chiche ?


________________

Au fait, par souci de complétude puisque je me suis un peu immergé dans cette affaire que tu as sortie:

Ceci:
Citation:
- transcription,
- binding of transcription factors to DNA,
- histone binding to DNA,
- DNA binding by modified histones,
- DNA methylation
- three-dimensional interactions between enhancer sequences and genes.

Sont les critères amplifiés du consortium ENCODE pour réaliser leur critère "fonction (biochimique).

Dans le résumé de l'introduction même, les "régions mappées" :

The human genome encodes the blueprint of life, but the function of the vast majority of its nearly three billion bases is unknown. The Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE) project has systematically mapped regions of transcription, transcription factor association, chromatin structure and histone modification. These data enabled us to assign biochemical functions for 80% of the genome, in particular outside of the well-studied protein-coding regions. Many discovered candidate regulatory elements are physically associated with one another and with expressed genes, providing new insights into the mechanisms of gene regulation. The newly identified elements also show a statistical correspondence to sequence variants linked to human disease, and can thereby guide interpretation of this variation. Overall, the project provides new insights into the organization and regulation of our genes and genome, and is an expansive resource of functional annotations for biomedical research.


http://www.nature.com/nature/journal/v4 ... 11247.html

Je réserve quelques remarques et précisions glanées par ci par là, de ENCODE project lui-même, sur la portée de leurs propres résultats... je me les garde pour le moment opportun, cerise sur le gâteau. J'ai une p'tite chronologie désordonnée à suivre, très démonstrative sur la facilité à poursuivre de mauvais procès par de mauvais renseignements.

Pr Hans a écrit:
Archie Cash a écrit:
C'est le cas des 3 critères considérés, qui sont tous des fonctions biochimiques. :mrgreen: Désolé Hans, j'aurais pu commencer par là mais j'attendais le moment opportun pour te sortir la démonstration du mauvais procès d'intentions intenté au ENCODE project. Encode project, affilié au Human project etc., qui n'est en somme qu'une petite équipe d'imbéciles voulant tromper le monde entier.

Je ne suis pas fan d'arguments d'autorité, tu le sais bien, toi non-plus d'ailleurs alors qu'espères-tu sincèrement démontrer ici? Par ailleurs il n'est pas question de traiter l'ensemble des chercheurs ayant participé à ENCODE d'imbéciles et je doute que la plupart aient même fait attention à ce point précis de la rédaction, probablement s'en rendaient-ils pas compte trop omnubilés et à juste titre par d'autres aspects plus techniques et concret du dit projet contenu dans la dite publication. Il n'est pas question d'une condamnation en règle de tous ces chercheurs mais bien de démêler des quiproquos ayant pour origine des mots mal-choisi qui s'ils n'avaient pas pour intention de tromper ont peut-être néanmoins été maladroitement choisis pas certains pour rendre la publication plus attrayante sans penser néanmoins à tromper le monde! Mais cela peut suffire à irriter lorsque la confusions et les quiproquos s'emballent de cette manière!


:mrgreen: Hans, La phrase en question est celle-ci, elle était dans le texte et reprise par mille magazines: These data enabled us to assign biochemical functions for 80 percent of the genome.
Biochemical fucntions = fonctions biochimiques.

Ils n'ont pas proposé autre chose. Ils ne peuvent pas être blâmés si d'autres ont compris autre chose... ou se sont laissés guider par les remarques et interprétations fallacieuses ou sémantiques de gens qui en ont compris autre chose (ou qui ont une définition équivoque et tendancieuse du terme fonction (biochimique), ou qui ont oublié ou omis de préciser que le mot biochimique était accolé à fonctions.
Suis mon regard... tu suis ?

Ce serait pareil si un type écrivait que la lune est attirée gravitationnellement par la terre et réciproquement (dans une compréhension gravitationnelle) et que les gens en comprenaient que la lune est en train de tomber sur terre et va finir par la détruire. Je défendrais le premier, car il a proposé une assertion juste et claire... :hum: Les faux-procès, pas mon truc,
Je ne vais pas plus loin, et à mes yeux ça devrait clore la discussion.

Citation:
Il n'est pas question d'une condamnation en règle de tous ces chercheurs mais bien de démêler des quiproquos ayant pour origine des mots mal-choisi.

Euh... à tout hasard: non, pas d'avis d'autorité ici en effet. Je t'ai proposé un échantillonnage d'un bon millier de chercheurs et labos dont, je te cite, "qui probablement ne s'en rendaient-ils pas compte trop obnubilés et à juste titre par d'autres aspects plus techniques et concret du dit projet contenu dans la dite publication" dont aucun d'entre eux n'a eu l'idée d'exprimer "fonctions biochimiques" par un autre terme que "fonctions biochimiques" pour te faire plaisir, étant donné de surcroit qu'ils ont listé et détaillé les fonctions en question.

Maintenant, pourrais-tu avoir l'extrême amabilité de me faire le plaisir de proposer des mots mieux choisis que "fonction biochimique" pour exprimer l'idée de "fonction biochimique" ? Ca m'intéresse vachement: Ceux que toi Tu qualifies de mieux choisis, ce serait judicieux de les cracher, tu ne trouves pas ?
(J'ai déjà en tête "action biochimique" comme variante... ça ne change rien)

Citation:
Ce qui veut simplement dire «activité biochimique»? Rien à voir ou si peu avec l'utilité ou non des 80% de séquences «ayant une fonction/activité biochimique» pour l'organisme humain concerné!

Utilité pour l'organisme ??? Tu es déjà en train de glisser "fonctions" vers "utilité"... ? Jolie la glissade, très.
Mais cher ami, même une caractère héréditaire exprimé versus un autre, peut ne pas avoir d'utilité connue... évolutive... ni même physiologique-métabolique... (souviens--toi, ce gars dénommé Gould et patata, tu l'as oublié ?). Or ce caractère est pourtant exprimé par des gènes.

Mais revenons à nos moutons: Le propos de ce projet est de fournir une base de données "brutes" même si encore incomplète. Et ils fournissent déjà plus que cela. Attends déjà de savoir s'ils ont un effet (en sus d'une action), notable ou pas, pouvant p.e expliquer certaines pathologies si absentes ou modifiées...

Citation:
Bordel tu comprends pas que ça puisse irrité certains, oui Dan Graur et Marc l'ont compris ce que les auteurs entendaient réellement par «fonction biochimique» problème ça n'a mystérieusement pas été compris correctement par beaucoup d'autres et parce que le mot «fonction» ca veut quand même dire quelque chose de plus spécifique qu'«activité biochimique».

Fonction veut dire ce que tu veux pour un ornithologue ou un sociologue ou un évolutionniste, mais on parle de fonctions biochimiques stipulées clairement par la publi d'ENCODE. Tu l'as oublié ?

Citation:
parce que le mot «fonction» ca veut quand même dire quelque chose de plus spécifique qu'«activité biochimique».

Nan... :mrgreen:
Ben, pour un évolutionniste comme moi, "Fonction" en évolution ne signifie que l'utilisation/fonctionnalité qui est parfois trouvée à un caractère ou ensemble de caractères ou organes préexistants/modelés par la pression sélective*temps. Même s'ils sont vitaux. Utilisation/fonctionnalité pouvant varier au cours du temps.
C'est nettement moins spécifique que les fonctions biochimiques mappées en question, qui sont précisées par le consortium.
... et le sens de "fonction", celui que tu lui donnes (pour quelle matière ?) n'est précisé nulle part dans ton texte. Tu dis qu'il est bien spécifique: c'est quoi exactement cette spécificité de fonction pour un gène ?
(Graur a proposé une définition qui vaut son pesant de cacahuètes.... serait-ce par hasard la même que toi ?)

Citation:
Imagine une publication en bio-anthropologie affirmant qu'on parvient à identifier différentes «races» alors qu'ils ne font qu'une équivalence maladroite en le terme «race» et le terme «population» tel qu'employé en génétique, tu paries combien que ça va foutre le bordel et que ça irritera certains, ben ici c'est pareil!
Bel épouvantail.
Ici, c'est toi qui fais un flan car tu as assimiles fonction biochimique à "fonction" pour un évolutionniste ou que sais-je...
Tu m'excuseras, mais le terme fonction, polysémique, n'est pas copyrighté par les évolutionnistes, ni par les autres.

Je suis loin d'être persuadé que les conclusions du ENCODE project soient étrangères à des simplifications un peu partout (le moindre effet semble être pour eux une fonction régulatrice (c'est possible, mais il faudra encore recherches sup)) mais les éléments avancés dans la page Café des sciences ne m'ont néanmoins pas fait remuer une oreille.
Dis-moi: si le premier message que tu avais lu à ce sujet était celui d'un critique contre les arguments des "anti-ENCODE project" (appelons-les ainsi pour simplifier) , aurais-tu avec certitude désapprouvé le premier et approuvé les gars comme Graur et Marc ?

_________________
"Je veux qu'on me prenne pour un con car j'en suis un, qu'on me parle simplement pour que je capte bien car je suis idiot: si on me regarde et qu'on me parle sans égards, c'est déjà me considérer à peu près normal et pas uniquement comme un handicapé physique ou un déficient mental."


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 Sujet du message: Re: Petit dodo = viré un mois
MessagePosté: 05 Sep 2013, 09:10 
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Archie Cash à la base je répondais à ceci:

Archie Cash a écrit:
Si ce nom ADN poubelle se réfère aussi aux gènes ou séquences transcrites en ARN non traduits en protéines, qui ont diverses ou peuvent avoir diverses fonctions régulatrices, dans ce cas il vaut mieux abandonner ce terme. Car ce n'est dans ce cas ni junk ni neutre, mais transcrit et/ou fonctionnel, régulateur de l'expression génétique.

Alors là tu disais quoi que transcrit n'est pas forcément synonyme de fonctionnel (et/ou) ou alors que transcrit signifie forcément régulateur de l'expression génétique? J'ai peut-être mal compris mais j'avais donc mentionné ENCODE car j'avais l'impression, à tort peut-être je veux bien l'avouer, d'y retrouver les glissades entourant la dite publication de ENCODE. Mais bon maintenant tu me dis ceci:

Archie Cash a écrit:
Fonction veut dire ce que tu veux pour un ornithologue ou un sociologue ou un évolutionniste, mais on parle de fonctions biochimiques stipulées clairement par la publi d'ENCODE. Tu l'as oublié?

Ben oui maintenant c'est claire comme de l'eau de roche «fonction» veut dire ce que l'on veut pour un ornithologue ou un sociologue ou un évolutionniste ou encore pour un membre du projet ENCODE, dans le dernier cas ça veut dire «transcription, binding of transcription factors to DNA, histone binding to DNA, DNA binding by modified histones, DNA methylation, three-dimensional interactions between enhancer sequences and genes.», point, nous sommes donc d'accord sur ce point! Et tient je te cite encore.

Archie Cash a écrit:
Utilité pour l'organisme ??? Tu es déjà en train de glisser "fonctions" vers "utilité"... ? Jolie la glissade, très.

N'est-ce pas? Et elle n'est pas de moi puisque je précise ici que je ne la fait pas la dite glissade problème elle a été faite massivement par d'autres le projet ENCODE est même devenue célèbre par cette glissade elle est associé à cette glissade avec divers articles stipulant que le projet ENCODE réfuterait la notion «d’ADN poubelle» pour notre espèce, ce qui est faux, c'est une énorme glissade je ne te le fait pas dire!

Archie Cash a écrit:
Mais cher ami, même une caractère héréditaire exprimé versus un autre, peut ne pas avoir d'utilité connue... évolutive... ni même physiologique-métabolique... (souviens--toi, ce gars dénommé Gould et patata, tu l'as oublié ?). Or ce caractère est pourtant exprimé par des gènes.

Rien oublié du tout, il me semble pas avoir dit le contraire, je dirait même bien au contraire, arf!

Archie Cash a écrit:
Maintenant, pourrais-tu avoir l'extrême amabilité de me faire le plaisir de proposer des mots mieux choisis que "fonction biochimique" pour exprimer l'idée de "fonction biochimique"?

Et pourquoi pas «certains types d'activités biochimique»? Elle n'est même pas de moi cette dernière proposition mais bel et bien d'Ewan Birney! Certains types d'activités biochimiques comme «transcription, binding of transcription factors to DNA, histone binding to DNA, DNA binding by modified histones, DNA methylation, three-dimensional interactions between enhancer sequences and genes.». Et puis ça permet de répondre rapidement à l'insoutenable question que tu me poses au début de ton présent message!

Archie Cash a écrit:
C'est quoi la fonction et/ou l'action d'un gène codant une protéine, Hans? Si tu réponds clairement à cette question, on tombera ensemble en accord sur mon opinion que le flan que propose ton équipe, Graur et consorts, est bien du flan. Tu le verras. Chiche?

De coder une protéine! Mais je ne suis pas sûr de la réponse que tu attends à cette présente question alors soit allons-y gaiement et faisons du mot «fonction» une simple équivalence de «certains types d'activités biochimiques» et mieux encore que la manière dont on range telle ou telle activité biochimique dans le label «fonction» est du donc en bonne partie du registre de l'arbitraire! Car pourquoi s'arrêter aux critères de la publication ENCODE, l'ensemble de l'ADN est répliqué et cette activité biochimique qu'est la réplication peut-être considéré comme un «fonction» donc 100% de notre ADN a une fonction biochimique! :D

Bien bien maintenant il y le problème du glissement discuter plus haut car dire que 80% ou 100% du génome à une fonction biochimique ça sonne déjà différemment que d'affirmer que 80% ou 100% du génome est fonctionnel, la polysémie du mot «fonction» polysémie elle-même fonction du contexte ça mène vite à la glissade ce qui m'amène à ton assertion de «strawman» à mon encontre!

Archie Cash a écrit:
Ici, c'est toi qui fais un flan car tu as assimiles fonction biochimique à "fonction" pour un évolutionniste ou que sais-je...Tu m'excuseras, mais le terme fonction, polysémique, n'est pas copyrighté par les évolutionnistes, ni par les autres.

Non ce n'est pas moi qui fait cette association, au contraire je suis en phase avec toi sur cette nécessaire distinction. De même je n'associe pas le mot «race» tel qu'employé par les sociologues à ce qu'en entendent les biologiste ou encore les éleveurs. C'était même un peu l'objet de ta critique de certains propos de Guillaume Lecointre et tu avais raison tes critiques étaient pertinentes pour autant tu n'accusais bien évidemment pas Guillaume Lecointre d'être un stupide racialiste, tu soulignais simplement qu'il employait certains terme de manière inappropriée ou tout du moins de manière à générer de possibles confusions!

Mais bon j'espère que le ton ne vas pas monter entre nous Archie Cash car je constate que nous sommes au final d'accord sur le fond et je crains de nouveaux malentendus et prises de tête aussi pénibles qu'inutiles. Ce n'est pas mon intention et ce n'est pas la tienne non plus. Dès lors je te rejoins sur cette dernière phrase!

Archie Cash a écrit:
Je ne vais pas plus loin, et à mes yeux ça devrait clore la discussion.

Oui on en redicutera le jour où contrairement à la glissade nous aurons réellement la preuve que la majorité de notre génome est fonctionnel au sens évolutionniste ou à l'inverse non-fonctionnel où tout du moins que l'on puisse y mettre un pourcentage dans une fourchette raisonnable ce qui aujourd'hui n'est hélas pas le cas!


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 Sujet du message: Re: Petit dodo = viré un mois
MessagePosté: 05 Sep 2013, 09:19 
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Archie Cash a écrit:
Ce qui est tranché assez bien - et non pas un peu - est la part d'ADN ne codant rien, celui codant des ARN, et celui codant des ARN donnant des protéines. Donc oui, il y a une bonne part de tranché dans ce créneau-là: ce sont bien 3 tranches du gâteau... même assez précisément tranchées.

Ca oui c'est assez bien tranché mais ce qu'il ne l'est pas c'est la part d'ADN réellement utile à l'organisme dans au moins deux de ces tranches surtout celle codant des ARN, et la part que nous pourrions qualifier «d’ADN poubelle» et là rien n'est tranché contrairement à ce qu'affirment toutes les glissades autour de la publication du projet ENCODE et c'est pourtant une question des plus intéressantes!

Archie Cash a écrit:
Ni si cet ADN vestigial pouvait avoir lui aussi une fonction ou participait à la régulation...

Je trouve quand même que le «Test de l’Oignon» et plus généralement le «C-Value Paradox» pose déjà assez bien la question et donne une idée du l'immensité de la «Charge de la preuve» en matière de démonstration de l'utilité de l'ADN vestigial chez bon nombre d'espèces.

Archie Cash a écrit:
Pour ça il a fallu le séquençage d'espèce après espèce, puis analyse, espèce après espèce. Et ça continue.

Certes mais ça va prendre du temps, regarde rien qu'avec l'espèce humaine pourtant foutrement séquencé on est encore loin d'avoir une réponse tranchée sur la part d'ADN utile ou non dans notre génome!


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 Sujet du message: Re: Petit dodo = viré un mois
MessagePosté: 05 Sep 2013, 15:01 
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Citation:
Je trouve quand même que le «Test de l’Oignon» et plus généralement le «C-Value Paradox» pose déjà assez bien la question et donne une idée du l'immensité de la «Charge de la preuve» en matière de démonstration de l'utilité de l'ADN vestigial chez bon nombre d'espèces.

Pas terrible de s'immerger dans les forums de copains sceptiques +/- amoureux d'évolution pour des problèmes de génétique : on risque d'attraper leurs plus mauvais tics.

Hé Hans, repose-toi un peu tu veux bien ? Tu réponds à mes remarques sans même plus savoir pourquoi je te les ai faites ni à quoi elles répondaient, c'est de la complète déconnade improvisée que tu fais.
Tu me prends vraiment pour un connard là, y a pas d'autre explication.

_________________
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 Sujet du message: Re: Petit dodo = viré un mois
MessagePosté: 05 Sep 2013, 15:18 
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Archie Cash a écrit:
Hé Hans, repose-toi un peu tu veux bien ?

Tu réponds à mes remarques sans même plus savoir pourquoi je te les ai faites ni à quoi les répondaient, c'est de la complète déconnade que tu fais. Tu me prends vraiment pour un connard là, y a pas d'autre explication...

Je te prends pour un connard? Non tu es sérieux parce que par tes présents propos là j'ai plutôt l'impression que c'est le contraire! Non Archie Cash je ne te prend pas pour connard, ni pour un con, ni pour un salaud ni pour je ne sais quel autre terme méprisant. J'essaie sincèrement de faire la part des choses, de voir où nous sommes d'accord et où nous divergeons réellement.

Mais aller je ne renonce pas et j'essaie de résumer ma pensée en quelques lignes pour faire la part des choses:

1. Je pense que la notion «d'ADN poubelle» demeure pertinente et n'est pas à ce jour réfutée pour notre espèce. Peut-être le sera-t-elle un jour mais peut-être pas. Le terme «ADN poubelle» ou «Junk DNA» désignant l'ensemble des séquences, transcrites en ARN ou non, inutile à l'organisme sans conséquence pour ce dernier, avec au mieux ou plutôt au pire, un léger coût métabolique supplémentaire. Bien évidemment le terme «ADN poubelle» ne désigne pas les séquences transcrites en ARN régulant l'expression du génome et donc utiles à l'organisme.

2. Je pense que la publication d'ENCODE est intéressante dans son contenu, c'est une «cartographie» utile qui peut servir pour des recherches ultérieures, y compris pour découvrir de nouvelles fonctions à certaines parties du génome. En revanche je pense que l'usage du mot «fonction» a été maladroit et a dans les fait générer un sacré malentendu et que les réaction hostiles que cela a générer peuvent se comprendre même si en contrepartie on peut également retrouver regettable le ton de certaines de ces critiques. Cependant ces critiques comprenant les rappels de quelques banalités (notamment le fait qu'une transcription ARN peut également s'avérer inutile et que donc une séquence d'ADN retranscrite en ARN n'est pas forcément utile ou fonctionnel au sens évolutionniste) demeurent fort utile vu justement les énormes confusions entourant le projet ENCODE.

Là je m'arrête-là pour le présent message, libre à toi de développer certains points, mais s'il te plaît ne m'accuse pas de mépris à ton égard ce n'est absolument pas le cas je ne vois d'ailleurs pas pourquoi tu en arrives à penser cela je n'ai jamais affirmer ni même sous-entendu pareille chose!


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 Sujet du message: Re: Petit dodo = viré un mois
MessagePosté: 05 Sep 2013, 15:31 
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Hans a écrit:
Archie Cash a écrit:
Hans a écrit:
Ce qui veut simplement dire «activité biochimique»? Rien à voir ou si peu avec l'utilité ou non des 80% de séquences «ayant une fonction/activité biochimique» pour l'organisme humain concerné!

Utilité pour l'organisme ??? Tu es déjà en train de glisser "fonctions" vers "utilité"... ? Jolie la glissade, très.

N'est-ce pas? Et elle n'est pas de moi puisque je précise ici que je ne la fait pas la dite glissade problème elle a été faite massivement par d'autres le projet ENCODE est même devenue célèbre par cette glissade elle est associé à cette glissade avec divers articles stipulant que le projet ENCODE réfuterait la notion «d’ADN poubelle» pour notre espèce, ce qui est faux, c'est une énorme glissade je ne te le fait pas dire!

Tu me prends pour un connard...

Hans a écrit:
Archie Cash a écrit:
Mais cher ami, même une caractère héréditaire exprimé versus un autre, peut ne pas avoir d'utilité connue... évolutive... ni même physiologique-métabolique... (souviens--toi, ce gars dénommé Gould et patata, tu l'as oublié ?). Or ce caractère est pourtant exprimé par des gènes.

Rien oublié du tout, il me semble pas avoir dit le contraire, je dirait même bien au contraire, arf!

Clair. Il est clair que tu ne te souviens plus de ce que tu as dit et me prends ici encore pour un connard.

:cut: Jouer au connard, je veux bien si on me paye grassement des honoraires.

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 Sujet du message: Re: Petit dodo = viré un mois
MessagePosté: 05 Sep 2013, 15:43 
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Non car j'avais déjà précisé dans mes messages antérieur que le mot «fonction» tel qu'employer par les auteur du projet ENCODE ne signifiait pas «utile à l'organisme» et je savais parfaitement que tu le savais également, par ailleurs si tu cite la suite du présent passage cité il apparait que j'ironise simplement sur la dite confusion que cela à générer et que je comprends pourquoi cela a irrité certains chercheurs. Bref au pire il y a malentendu mais non je ne te prends pas pour un connard!


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 Sujet du message: Re: Petit dodo = viré un mois
MessagePosté: 05 Sep 2013, 15:52 
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Hans a écrit:
Archie Cash a écrit:
C'est quoi la fonction et/ou l'action d'un gène codant une protéine, Hans?

De coder une protéine! Mais je ne suis pas sûr de la réponse que tu attends à cette présente question alors soit allons-y gaiement et faisons du mot «fonction» une simple équivalence de «certains types d'activités biochimiques» et mieux encore que la manière dont on range telle ou telle activité biochimique dans le label «fonction» est du donc en bonne partie du registre de l'arbitraire! Car pourquoi s'arrêter aux critères de la publication ENCODE, l'ensemble de l'ADN est répliqué et cette activité biochimique qu'est la réplication peut-être considéré comme un «fonction» donc 100% de notre ADN a une fonction biochimique!

Bingo.
Sa fonction ou action, en simplifié, est de transcrire en ARN messager. Le reste se passe plutôt hors du noyau eucaryote, en l'absence d'ADN. La "construction" de la protéine étant la conséquence (non obligée) de procédés succédant la transcription ne concernant pas l'ADN. Mais peu importe si tu as repris ma question pour ta réponse, oubliant ces basiques, on n'est pas à l'école. Ce qui est remarquable c'est que, du point de vue génétique et biochimie, tu y as répondu comme l'IDiot qui répond à "Pourquoi des ailes chez l'oiseau ?"
- Pour voler, M'sieur !! :D

Il est reproché aux gens d'ENCODE d'utiliser ce terme fonction pour des séquences (ADN ne codant pas de protéines) qui font pareil que les autres... Et tu n'y as vu qu du feu, car tu suis à la lettre des faux procès de quelques potes sur Café des sciences, qui suivent un move de Graur.

Citation:
ADN (codant une protéine) => action/fonction => ARNm
ADN (ne codant pas de protéine) => action/fonction => ARN


Mais il n'y a pas que ça comme faux-procès, pas seulement ce reproche sémantique ridicule facilement ridiculisable. Mais là je ne veux plus en discuter, tu n'as pas toute ta tête.

Citation:
cette activité biochimique qu'est la réplication peut-être considéré comme un «fonction» donc 100% de notre ADN a une fonction biochimique!

La réplication n'est pas une fonction ni action biochimique. C'est le résultat d'un ensemble d'actions successives différentes, concernant des molécules différentes. Un peu comme un organisme: il n'est pas une fonction biochimique non plus.
Tu prends aussi les biochimistes pour des connards...

UN peu de lecture sous forme de questions-réponses sur le projet ENCODE. Certainement plus utile que de reprendre les remarques des divers copains:

http://genomeinformatician.blogspot.ch/ ... ughts.html

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