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 Sujet du message: Re: Petit dodo = viré un mois
MessagePosté: 05 Sep 2013, 16:15 
Défioliant
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Citation:
1. Je pense que la notion «d'ADN poubelle» demeure pertinente et n'est pas à ce jour réfutée pour notre espèce. Peut-être le sera-t-elle un jour mais peut-être pas. Le terme «ADN poubelle» ou «Junk DNA» désignant l'ensemble des séquences, transcrites en ARN ou non, inutile à l'organisme sans conséquence pour ce dernier, avec au mieux ou plutôt au pire, un léger coût métabolique supplémentaire. Bien évidemment le terme «ADN poubelle» ne désigne pas les séquences transcrites en ARN régulant l'expression du génome et donc utiles à l'organisme.

Continue à répéter comme un hochet les mêmes dogmes, y a pas de souci.

Citation:
Le terme «ADN poubelle» ou «Junk DNA» désignant l'ensemble des séquences, transcrites en ARN ou non, inutile à l'organisme sans conséquence pour ce dernier

Justement, les résultats d'ENCODE proposent qu'une partie supplémentaire des ARN en question sont et régulateurs et/ou ont de potentielles actions et participations dans la construction du tout, donc une partie des séquences considérées vestigielles auraient leur participation (biochimique). On ne sait pas laquelle encore avec précision, mais leur positionnement ne semble pas dû au hasard mais les impliquant même sur des structures tridimensionnelles en rapport, tout comme les millions d'interrupteurs (blocage-déblocage) de l'expression génétique ou synthèse protéique.

Mais continue à faire comme si les résultats d'ENCODE n'étaient rien, m'en fous moi. C'est ce que font Graur & CO: ca remet en cause pas mal de conceptions anciennes, utilitaires en évolution, alors ils se verrouillent les yeux et les oreilles au lieu de se dire: putain, et si la construction et expression génétique étaient tellement plus complexes encore, imbriquée et faisant participer une partie négligée par nous, y compris des séquences que l'on croyait "inertes" ?

Ces quelques évolutionnistes-généticiens s'agrippent à cet utilitaire vestige génétique de l'évolution comme des religieux, car sans lui leur monde conceptuel s'écroule. Graur a même hurlé, dans sa publication, que "Si ENCODE a raison, alors l'évolution est fausse"...
Pourtant, le phénotype d'un organisme fait du neuf avec du vieux, réutilise comme il peut +/- tout organe/caractère. Par quel miracle religieux le génome ne pourrait-il pas faire plus ou moins pareil, réutilisant de vieux bouts de code même pour de petites participations à la "construction" du tout ? Avoir un peu plus d'humilité face à notre ignorance, c'est en somme ce que je tire des résultats d'ENCODE...

J'ai même lu chez certains des sceptiques d'ENCODE que "l'équipe d'ENCODE aurait tout fait pour confirmer ses préconçues croyances IDéistes".. c'est tellement stupide de réagir ainsi, tellement risible si on regarde qui a participé à ce consortium.

_________________
"Je veux qu'on me prenne pour un con car j'en suis un, qu'on me parle simplement pour que je capte bien car je suis idiot: si on me regarde et qu'on me parle sans égards, c'est déjà me considérer à peu près normal et pas uniquement comme un handicapé physique ou un déficient mental."


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 Sujet du message: Re: Petit dodo = viré un mois
MessagePosté: 05 Sep 2013, 16:43 
Neo
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Archie Cash a écrit:
Continue à répéter comme un hochet les mêmes dogmes, y a pas de souci.

Quels dogmes? Faut voir ce que tu appelles «dogmes» en espérant que ce n'est pas une mauvaise caricature de ma position!

Archie Cash a écrit:
Justement, les résultats d'ENCODE proposent qu'une partie supplémentaire des ARN en question sont et régulateurs et/ou ont de potentielles actions et participations dans la construction du tout, donc une partie des séquences considérées vestigielles auraient leur participation (biochimique). On ne sait pas laquelle encore avec précision, mais leur positionnement ne semble pas dû au hasard mais les impliquant même sur des structures tridimensionnelles en rapport, tout comme les millions d'interrupteurs (blocage-déblocage) de l'expression génétique ou synthèse protéique.

Oui en fait cette proposition a déjà été faite avant ENCODE, ce qui n'enlève cependant pas l'utilité de la «cartographie» faite par ce dernier pour justement détecter de nouvelles séquences régulatrices mais de là à dire que cela va forcément montrer que la majorité du génome a des utilités de ce genre on ne peut guère l'affirmer.

Archie Cash a écrit:
Mais continue à faire comme si les résultats d'ENCODE n'étaient rien, m'en fous moi.

J'ai dit cela? J'ai dit que c'était rien?

Archie Cash a écrit:
C'est ce que font Graur & CO: ca remet en cause pas mal de conceptions anciennes, utilitaires en évolution, alors ils se verrouillent les yeux et les oreilles au lieu de se dire: putain, et si la construction et expression génétique étaient tellement plus complexes encore, imbriquée et faisant participer une partie négligée par nous, y compris des séquences que l'on croyait "inertes" ? Ces quelques évolutionnistes-généticiens s'agrippent à cet utilitaire vestige génétique de l'évolution comme des religieux, car sans lui leur monde conceptuel s'écroule. Graur a même hurlé, dans sa publication, que "Si ENCODE a raison, alors l'évolution est fausse"... Pourtant, le phénotype d'un organisme fait du neuf avec du vieux, réutilise comme il peut +/- tout organe/caractère. Par quel miracle religieux le génome ne pourrait-il pas faire plus ou moins pareil, réutilisant de vieux bouts de code même pour de petites participations à la "construction" du tout ? Avoir un peu plus d'humilité face à notre ignorance, c'est en somme ce que m'a appris ENCODE...

Je n'ai pas souvenir d'avoir lu de la part de Graur et al que durant l'évolution du génome des séquences inutiles ne pouvaient pas être coopté, mieux comme déjà dit toute cette équipe ne nie nullement qu'une partie de ces ARN sont des régulateurs, sont fonctionnels, etc, etc...En fait ça on le savait même avant ENCODE, le mérite d'ENCODE c'est un cartographie détaillées des ces différentes activités biochimiques à travers le génome, sans pour autant permettre d'attribuer ou de rejeter d'hypothétiques fonctions à bon nombre de ces dernières du moins pas encore on verra les années qui viennent. Bref je ne vais pas m'énerver davantage autour d'inconnues pour lesquels ni toi ni moi n'avons de réponses à fournir!


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 Sujet du message: Re: Petit dodo = viré un mois
MessagePosté: 05 Sep 2013, 16:58 
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Archie Cash a écrit:
Sa fonction ou action, en simplifié, est de transcrire en ARN messager. Le reste se passe plutôt hors du noyau eucaryote, en l'absence d'ADN. La "construction" de la protéine étant la conséquence (non obligée) de procédés succédant la transcription ne concernant pas l'ADN. Mais peu importe si tu as repris ma question pour ta réponse, oubliant ces basiques, on n'est pas à l'école. Ce qui est remarquable c'est que, du point de vue génétique et biochimie, tu y as répondu comme l'IDiot qui répond à "Pourquoi des ailes chez l'oiseau ?"
- Pour voler, M'sieur!!

Quoi tout ça pour ça? Bordel et après tu affirmes que c'est moi qui te prend pour un connard! :fr:

Archie Cash a écrit:
Mais il n'y a pas que ça comme faux-procès, pas seulement ce reproche sémantique ridicule facilement ridiculisable. Mais là je ne veux plus en discuter, tu n'as pas toute ta tête.

Si tu le dis!

Archie Cash a écrit:
Tu prends aussi les biochimistes pour des connards...

Tu es sûr que tu ne projettes pas sur autrui une attitude dont tu fais toi-même preuve ici comme ailleurs? Là on pourrait légitimement le penser.

Archie Cash a écrit:
Un peu de lecture sous forme de questions-réponses sur le projet ENCODE. Certainement plus utile que de reprendre les remarques des divers copains.

Je l'avais déjà lu il y a des mois et ça ne change rien mes précédents propos et mises-au-point, mais bon merci quand même!


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 Sujet du message: Re: Petit dodo = viré un mois
MessagePosté: 05 Sep 2013, 17:19 
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:evil: Ben je suis désolé, mais si tu ne piges pas le gag entre :
ADN => ARNm (donnant plus tard une protéine) et
ADN => ARN (dont la suite peut réguler X) et
ADN => (ne codant rien)
et, qui pour les 2 premiers sont la même fonction de l'ADN... mais que TU as considéré comme fonction seulement pour le premier, je ne peux que conclure que ta mauvaise foi est surprenante.

Car là est la question principale jusqu'ici, où tu n'avais pas bien saisi (et peut-être pas encore) que la fonction pour l'ADN est la même chez les 2 séquences qui codent quelque chose, indépendamment que, POUR LA SECONDE, le produit de la transcription ait une fonction de régulation connue ou pas. Continue à me prendre pour un connard !

Citation:
Je l'avais déjà lu il y a des mois et ça ne change rien mes précédents propos et mises-au-point, mais bon merci quand même!

:mrgreen: Et donc, tu estimes à combien la proportion d'ADN junk (= ne servant à rien... ) dans le génome ? Donne-moi un chiffre stp.

Citation:
Je n'ai pas souvenir d'avoir lu de la part de Graur et al que durant l'évolution du génome des séquences inutiles ne pouvaient pas être coopté, mieux comme déjà dit toute cette équipe ne nie nullement qu'une partie de ces ARN sont des régulateurs, sont fonctionnels, etc, etc...En fait ça on le savait même avant ENCODE, le mérite d'ENCODE c'est un cartographie détaillées des ces différentes activités biochimiques à travers le génome, sans pour autant permettre d'attribuer ou de rejeter d'hypothétiques fonctions à bon nombre de ces dernières du moins pas encore on verra les années qui viennent. Bref je ne vais pas m'énerver davantage autour d'inconnues pour lesquels ni toi ni moi n'avons de réponses à fournir!

Oui, bien avant... l'existence d'ARN impliqués dans la régulation a été démontrée au moins par Monod-Jacob dans les années 60, (où le mot ADN junk n'avait pas encore été formulé) ce n'est pas de ceux-là que je parle par la notion d'ADN poubelle.

En souligné, "une partie de ces ARN" tu parles desquels ? Ces ARN issus du junk ADN ?

Nan, je te pose la question parce que c'est pas clair dans ta réponse :
- si ce Junk ADN donne parfois des (ARN ou autre à) fonctions régulatrices, pourquoi l'appeler ADN poubelle ?
- si ce Junk ADN pourrait avoir des fonctions régulatrices encore inconnues, pourquoi l'appeler ADN poubelle ?
- si, au contraire, tu ne parlais pas de junk ADN, pourquoi parles-tu de séquences inutiles pouvant être cooptées ?

Et à quelle proportion l'estimes-tu (le Junk) dans le génome actuellement ?
Si tu envisages que de possibles fonctions pourraient être découvertes un jour au sein de l'ADN poubelle, est-ce à dire que cet ADN poubelle peut voir réduire sa proportion/génome à l'avenir ?

Ce serait donc la notion d'ADN provisoirement considéré POUBELLE tant que des fonctions régulatrices ou autres ne lui sont pas trouvées ? Tu confirmes ?

Question subsidiaire avant toute réponse: qu'entends-tu par fonctions (dans tes réponses-estimations) ? Utilité pour l'organisme ? Pour l'expression ?

________________________

Bon, je ne vais pas me fouler. Je te prends un extrait quasiment au hasard - synthèse/extrait traduit et publié en français, sans complications - du même Ewan linké plus haut:

Et il en résulte qu'au moins 80 % de la précieuse molécule est active, bien plus qu'on le pensait jusqu'alors. Pourtant, les gènes codant pour la synthèse des différentes protéines constitutives du corps humain (cellules, tissus, organes) ne représentent tout au plus que 2 à 3 % de l'ADN. Le reste avait donc été, fort mal à propos, baptisé "junk ADN", autrement dit "ADN poubelle".
Mais, si elles ne codent pas pour des protéines, à quoi servent donc ces séquences ?
D'après les travaux des scientifiques du projet ENCODE (Encyclopedia of DNA Elements) qui viennent de faire l'objet de pas moins de trente articles publiés dans différentes revues scientifiques (Nature, Genome Biology et Genome Research), elles constituent une vaste table de contrôle destinée à réguler l'activité de nos gènes. Elles agissent comme des millions de petits interrupteurs capables de commander l'expression ou le silence de ces vecteurs de l'hérédité. Autrement dit, leur rôle serait absolument primordial. "Notre génome est en vie grâce à ces millions d'interrupteurs qui déterminent si un gène doit être activé ou pas", explique Ewan Birney de l'Institut européen de bio-informatique basé au Royaume-Uni, coordinateur du projet. Au total, quatre millions de ces régulateurs de l'ADN ont déjà été identifiés.


Tu réfutes ces propos ou pas ?
Si tu ne les réfute pas, quelle est alors la proportion de Junk ADN dans le génome ?

Allez, on va prendre tous les 2 les risque d'être ridicules en visible. L'avantage c'est qu'au moins tu me prendras pour un connard publiquement: je serai ridicule si l'avenir réfute ENCODE, toi s'il le confirme. Le ridicule ne me fait pas peur mais qu'on me prenne pour un con cela m'agace un peu car j'en suis un, parfaitement assumé, et j'apprécie la franchise.

_________________
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 Sujet du message: Re: Petit dodo = viré un mois
MessagePosté: 05 Sep 2013, 18:58 
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Archie Cash a écrit:
:evil: Ben je suis désolé, mais si tu ne piges pas le gag entre :
ADN => ARNm (donnant plus tard une protéine) et
ADN => ARN (dont la suite peut réguler X) et
ADN => (ne codant rien)
et, qui pour les 2 premiers sont la même fonction de l'ADN... mais que TU as considéré comme fonction seulement pour le premier, je ne peux que conclure que ta mauvaise foi est surprenante.

C'est faux, c'est toi qui est de mauvaise foi et qui me collent des conneries que je n'ai pas exprimé pour rappel j'ai écrit ceci!

Hans a écrit:
Et par ailleurs je savais déjà également que certains pseudogènes conservent des fonctions et/ou en acquièrent d'autres suite à des mutations, idem pour d'autres séquences non-codantes, même les rétrovirus endogènes peuvent être coopté à des fonction utiles, il me semble même qu'un ou plusieurs rétrovirus endogènes ont été coopté dans «l’élaboration» du Placenta.

Note par séquence non-codante, j'entends ici celle qu'on appellent traditionnellement ainsi (même si c'est-à-tort) donc également les séquences «ADN => ARNm (dont la suite peut réguler X)», bref je n'ai jamais affirmer que la deuxième catégorie était constituer uniquement de séquences non-fonctionnelles au sens évolutionniste du terme. Je pense et je sais que certaines séquences sont utiles, fonctionnelles c'est-à-dire régulent des gènes ont des conséquences phénotypiques utiles à l'organisme. Mais je pense également que d'autres séquences d'ADN transcrit en ARNm n'ont pas d'utilité, sans conséquence phénotypique, bref inutile bref de «l’ADN poubelle». J'ai déjà répété plus d'une fois cette distinction alors pourquoi déformer ainsi mes propos et/ou faire semblant de ne pas comprendre! Et après tu dis que c'est moi qui te prend pour un connard! C'est l'hôpital qui se fout de la charité!

Archie Cash a écrit:
Nan, je te pose la question parce que c'est pas clair dans ta réponse :
- si ce Junk ADN a parfois des fonctions régulatrices, pourquoi l'appeler ADN poubelle ?
- si ce Junk ADN pourrait avoir des fonctions régulatrices encore inconnues, pourquoi l'appeler ADN poubelle ?
- si, au contraire, tu ne parlais pas de junk ADN, pourquoi parles-tu de séquences inutiles pouvant être cooptées?

Dans le cas de l'ADN retranscrit en ARNm je ne parle de Junk DNA que si cette transcription en ARNm est elle même sans conséquence phénotypique utile pour l'organisme. Si à l'inverse l'ARNm régule des gènes, est utile, la séquence d'ADN codant cet ARNm, n'est pas du Junk DNA! Maintenant concernant la proportion de Junk DNA sur l'ensemble de «l'ADN => ARNm (dont la suite peut réguler X)», je l'ignore mais ici je rappelle simplement que ENCODE ne fournis pas de réponse non plus à ce jour à cette question! Néanmoins si je dois faire un pari je tendrais à penser que la majeure partie de cet «l'ADN => ARNm (dont la suite peut réguler X)» est bien inutile donc Junk DNA, même si tu peux faire le pari inverse c'est cool en espérant qu'un jour on puisse définitivement tranchée la question!

Archie Cash a écrit:
Si tu envisages que de possibles fonctions pourraient être découvertes un jour au sein de l'ADN poubelle, est-ce à dire que cet ADN poubelle peut voir réduire sa proportion/génome à l'avenir?

Bien sûr mais je ne pense pas que la réduction sera aussi importante que tu sembles l'avoir suggérer dans un de tes précédents messages! Mais bon je répondrais pour la suite dès que j'aurais le temps mais d'avance merci de ne pas déformer mes propos ni de m'attribuer des propos méprisant à ton encontre alors que j'ai l'impression que c'est bien toi qui me prend pour un connard!

EDIT: Note je n'ai pas envie de ma fâcher pour rien mais une dernière fois et j'insiste jamais je ne t'ai pris pour un connard jamais! Sérieusement je te demande de me croire car même si je te reconnais certains travers tout comme je m'en reconnais moi-même, un sacré paquet en ce qui me concerne, je te respecte et je sais que tu as des connaissances pointus en biologie de l'évolution et en génétique! Bref je ne te prends pas pour un connard et ne cherche pas à t'emmerder! Merci d'en prendre note aller salut!


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MessagePosté: 05 Sep 2013, 22:48 
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Salut Hans,

Béh pourquoi tu ne veux pas le prendre pour un connard ? Puisque c'est un connard ! Tu vas nous le fâcher là.

Oui, tu vas le vexer à continuer à éviter de le prendre pour un connard. Et il va te démontrer que c'est un connard afin que tu comprennes que c'est ce qu'il veut que tu reconnaisses. Les connards sont ainsi.

Non vraiment, Hans, je ne te comprends pas. Tu ne vois pas qu'il t'emmerde avec "google est mon ami", qu'il chipote sur des trucs à la mord moi le noeud pour la frime. Qu'est-ce qu'il y connaît ce connard à la biochimie et à l'évolution ? Hein non mais allo quoi ? Vu qu'il est photographe de nus (enfin d'identité surtout). Nan sérieux, le projet ENCODE y a encore deux semaines y croyait que c'était un film d'espionnage, tu vois le niveau quoi...

T'as l'air tout embêté mon bon Hans, ça transpire dans ton dernier post, et ce connard le sens bien, c'est comme les clebs y renifle la trouille, y te lâchera plus, file lui ce qu'il veut, traite le de CONNARD, y retournera à la niche faire du polaroide codant !


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 Sujet du message: Re: Petit dodo = viré un mois
MessagePosté: 05 Sep 2013, 23:05 
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Archie Cash a écrit:
Tu réfutes ces propos ou pas ? Si tu ne les réfute pas, quelle est alors la proportion de Junk ADN dans le génome?

N'étant pas spécialiste je vais m'abstenir de réfuter mais me contenter d'un pavé dans la marre, pavé dans la marre qui n'est pas de mon cru mais qui justement vaut le détour.

Sean R. Eddy a écrit:
If the C-value paradox was more or less resolved long ago, why bring it up again?
Recently, the ENCODE project has concluded that 80% of the human genome is reproducibly transcribed, bound to proteins, or has its chromatin specifically modified. In widespread publicity around the project, some ENCODE leaders claimed that this biochemical activity disproves junk DNA. If there is an alternative hypothesis, it must provide an alternative explanation for the data: for the C-value paradox, for mutational load, and for how a large fraction of eukaryotic genomes is composed of neutrally drifting transposon-derived sequence. ENCODE hasn’t done this, and most of ENCODE’s data don’t bear directly on the question. Transposon-derived sequence is generally expected to be biochemically active by ENCODE’s definitions — lots of transposon sequences are inserted into transcribed genic regions, mobile transposons are transcribed and regulated, and genomic suppression of transposon activity requires DNA-binding and chromatin modification.
The question that the “junk DNA” concept addresses is not whether these sequences are biochemically “active”, but whether they’re there primarily because they’re useful for the organism. Sequence conservation analyses, including ENCODE’s, consistently indicate that only around 5-20% of the human genome is under detectable selective pressure. Some additional fraction of sequences has probably evolved new human-specific regulatory functions that are not conserved with other closely related species, but ENCODE’s publicized interpretation would require that such nonconserved regulatory sequences account for 80-95% of the genome, far outnumbering evolutionary conserved regulatory sequences. Given the C-value paradox, mutational load, and themassive impact of transposons, the data remain consistent with the view that the nonconserved 80%-95% of the human genome is mostly composed of nonfunctional decaying transposons: “junk”.

Article publié dans «Current Biology»

Ok je te rassure je sais déjà qu'une séquence d'ADN n'a pas forcément à être conservé pour avoir une fonction au sens évolutionniste, néanmoins en moyenne et cela de manière non-négligeable les séquences utiles tendent à être conservées et celles qui ne le sont pas non, car bien évidemment bon nombre de «fonctions» peuvent être altérer par des mutations (pas toutes bien sûr nous avons déjà discuté de celles n'ayant aucun impact sur les séquences fonctionnelles), les séquences sans utilités pour l'organisme à l'inverse tendent à en accumuler davantage puisque la dite séquence n'a aucune utilité. Mais bon d'un autre côté une séquence conservé n'est elle non-plus pas forcément utile à l'organisme c'est ce qu'avait noté le biologiste T. Ryan Gregory.

Mais bon ici l'interprétation voulant que la grosse part du génome, y compris dit l'ADN non-codant mais retranscrit en ARN, soit néanmoins pas ou peu conservée ça laisse quand même assez dubitatif non? Moi ça me laisse penser qu'il est tout à fait possible et même probable que la majorité de notre génome soit non-fonctionnelle c'est-à-dire ici sans utilité pour l'organisme, c'est-à-dire ne régulant pas l'expression des gènes, n'entrant pas en jeu dans diverses caractéristiques phénotypiques utiles à l'organisme. Dans quelle proportion exactement je l'ignore, je suppute plus de 50%, donc ça ferait plus de 50% d'ADN-poubelle, ce serait déjà pas mal du tout non? Mais encore une fois je ne tranche pas définitivement la question mais j'espère que nous aurons des réponse probantes le plus rapidement possible! Mais rassure-toi si je me plante tu auras droit de me ridiculiser et si tu te plantais je n'aurais aucune envie de te ridiculiser!

Jean Foutre Premier a écrit:
Salut Hans, Béh pourquoi tu ne veux pas le prendre pour un connard ? Puisque c'est un connard ! Tu vas nous le fâcher là. Oui, tu vas le vexer à continuer à éviter de le prendre pour un connard. Et il va te démontrer que c'est un connard afin que tu comprennes que c'est ce qu'il veut que tu reconnaisse. Les connards sont ainsi.

Ah donc ça l'énerverait que je ne le traite pas de connard? Ah ben merde alors je vais continuer à ne pas le prendre pour un connard et en étant sincère en plus, sachant que je ne parviens pas à le prendre pour un véritable connard (je sais je suis pas bien moi) j'espère qu'il ne va péter les plombs pour cela! :D

Jean Foutre Premier a écrit:
Non vraiment, Hans, je ne te comprends pas. Tu ne vois pas qu'il t'emmerde avec "google est mon ami", qu'il chipote sur des trucs à la mord moi le noeud pour la frime. Qu'est-ce qu'il y connaît ce connard à la biochimie et à l'évolution ? Hein non mais allo quoi ? Vu qu'il est photographe de nus (enfin d'identité surtout). Nan sérieux, le projet ENCODE y a encore deux semaines y croyait que c'était un film d'espionnage, tu vois le niveau quoi... T'as l'air tout embêté mon bon Hans, ça transpire dans ton dernier post, et ce connard le sens bien, c'est comme les clebs y renifle la trouille, y te lâchera plus, file lui ce qu'il veut, traite le de CONNARD, y retournera à la niche faire du polaroide codant!

J'ai mieux qu'il expose ici ces photos de nus ou alors qu'il me les envoie par MP, si elles sont belle je le traiterais de connard lubrique et si elle sont moches je le traiterais de connard vicieux et si ce sont des hommes je le traiterais de connasse de folle! C'est aussi simple que cela! :mrgreen:


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MessagePosté: 05 Sep 2013, 23:14 
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Je n'ai aucune connaissance pointue en rien mon grand. Je ne sais même pas ce qu'est un gène. J'ai cru le savoir un jour mais je ne le sais plus. Je préfère même l'oublier, cela prépare à mieux prendre dans la courge cette compréhension plus systémique de l'expression génétique qui s'annonce. Je ne te parle ici que par une approche simple et séquentielle de l'ADN, sans aucun détail superflu - il vaut mieux pas, car plein de choses sont à revoir en profondeur. J'aime la précision mais pas les complications inutiles. Pour dire qu'une séquence génomique ou un caractère peut être utilisé différemment au cours du temps, je n'ai pas besoin de dico ni de Gould-Eldredge, ni de spandrels ni d'exa ni de cooptation... all right ? Je laisse ça aux guindés de bars à Champagne, que je ne fréquente jamais.

Ce que tu prétends être "une déformation de tes propos" est une démonstration sans équivoque que l'idée stricte de fonction biochimique n'était pas claire dans ton esprit, puisque par la manière dont on l'a synthétisé ici, la fonction de l'ADN transcrit en ARN n'est que la transcription, peu importe le devenir de cet ARN qui ira nager et cogner ailleurs dans le jus cellulaire. Or tu persévères à vouloir traiter différemment la fonction de cet ADN selon ce que fait par la suite l'ARN transcrit (selon critères régulation ou pas régulation, utilité, "évolutifs") : "Je pense et je sais que certaines séquences sont utiles, fonctionnelles c'est-à-dire régulent des gènes ont des conséquences phénotypiques utiles à l'organisme."...
Mais fonction n'est pas synonyme d'utile, ni de vital, ni même de détectable sur le phénotype. Un objet génétique peut participer à la formation du grand tout (la cellule/organisme disons) sans que son effet, sa participation à la construction, ne soit détectable ni bien comprise sur le phénotype (métaphore: toutes les molécules d'eau participent à la formation du lac) et c'est un peu l'idée que donnent à réfléchir ces relativement nlles données d'ENCODE: les variations entre organismes seraient plus dues à des altérations/régulations systémiques des niveaux d'expression génétique.

Les découpages classiques, ceux pratiqués dans cette page, sont à réviser. Si ENCODE n'a pas tort lorsqu'elle affirme que 75 % du génome est transcrit, cela signifie potentiellement (*) que le, mettons 1 à 3 %, de gènes codant des protéines participent à l'élaboration du grand tout mais ne sont pas nécessairement l'agent principal. Il n'y en a peut-être pas, justement, d'agent principal mais une participation énorme de nombreux régulateurs, interrupteurs, etc. bouts de séquences disposés en des endroits particuliers, qui agissent. Ces 75 % ne sont pas rien, c'est nettement plus que ce qui était supposé jusqu'à il y a peu.

Tout cela, et ce n'est qu'un petit échantillon, fracture les découpages qui nous ont été insérés jusqu'ici dans le crâne, et fracture ta notion de junk ADN - que tu ne peux plus ni situer, ni localiser, ni quantifier en%.

(*) pas basé sur rien ni des spéculations, mais sur des critères expérimentaux solides, d'interactions/fonctions sur des cibles. On garde toujours la liberté et indépendance intellectuelle de considérer ces nlles données autrement, mettons que > 20 % a des fonctions sans l'ombre d'un doute et < 60 % de l'ADN serait transcrit sans réelle connaissance de l'action. Mais même ainsi découpé, cela remet en cause ton junk ADN, qui serait limité à des ADN inertes (ne codant rien), ne dépassant pas 20 % (c'est très différent de ce qui était enseigné jusqu'ici)... Je me demande comment, si le schmilblik est systémique, comment on pourrait écarter une participation de x séquence ayant une fonction détectée, aussi minime soit-elle...

Citation:
Mais je pense également que d'autres séquences d'ADN transcrit en ARNm n'ont pas d'utilité, sans conséquence phénotypique, bref inutile bref de «l’ADN poubelle».

J'ai besoin d'estimation chiffrée en % pour la comparer au dogma de l'ADN poubelle, voir si tu le fais s'écrouler toi-même ou pas. Même si je pense moi aussi qu'il existe des parties sans utilité, tu as besoin d'estimations pour que ton Junk ADN ne soit pas un ectoplasme. Il ressemble à un spectre, là: tu sais qu'il existe mais ne sais ni où ni en quelle proportion.

Des scientifiques que tu lis ont pourtant eu le courage de le chiffrer et d'annoncer leurs estimations. Ca ne te tente pas d'aller chercher leurs estimations et les mettre ci-dessous ?

A propos, concernant ton intervention ci-dessus, pendant que je rédigeais la mienne: je me fous royalement des paramètres dits "évolutifs" ici. Pas que l'évolution m'indiffère mais car lorsqu'on décompte ou tente de comprendre le fonctionnement des tissus et organes, on n'a pas nécessairement besoin de parasitages des évolutionnistes entrés en religion, ni de concepts évolutifs complexes et à mettre en idéation et sur papier. Même si la maxime dit que "Rien en biologie n'a de sens sans l'évolution", je m'en fous complètement :D du moment que cela reste un charabia copié-collé sans éléments de ton cru. Je te le dis juste pour t'éviter de perdre ton temps, comme avec l'affaire Théorie hiérarchique de Gould...

_________________
"Je veux qu'on me prenne pour un con car j'en suis un, qu'on me parle simplement pour que je capte bien car je suis idiot: si on me regarde et qu'on me parle sans égards, c'est déjà me considérer à peu près normal et pas uniquement comme un handicapé physique ou un déficient mental."


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MessagePosté: 05 Sep 2013, 23:59 
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Barbara a écrit:
Non vraiment, Hans, je ne te comprends pas. Tu ne vois pas qu'il t'emmerde avec "google est mon ami", qu'il chipote sur des trucs à la mord moi le noeud pour la frime. Qu'est-ce qu'il y connaît ce connard à la biochimie et à l'évolution ? Hein non mais allo quoi ? Vu qu'il est photographe de nus (enfin d'identité surtout). Nan sérieux, le projet ENCODE y a encore deux semaines y croyait que c'était un film d'espionnage, tu vois le niveau quoi...

C'est vrai en plus, sauf que jusqu'à hier soir je n'avais jamais entendu ce nom d'ENCODE.

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MessagePosté: 06 Sep 2013, 00:03 
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Archie Cash a écrit:
Ce que tu prétends être "une déformation de tes propos" est une démonstration sans équivoque que l'idée stricte de fonction biochimique n'était pas claire dans ton esprit, puisque par la manière dont on l'a synthétisé ici, la fonction de l'ADN transcrit en ARN n'est que s transcription, peu importe le devenir de cet ARN qui ira nager ailleurs. Or tu persévères à vouloir traiter différemment cet ADN selon ce que fait par la suite l'ARN transcrit (selon critères régulation ou pas régulation et utilité) : "Je pense et je sais que certaines séquences sont utiles, fonctionnelles c'est-à-dire régulent des gènes ont des conséquences phénotypiques utiles à l'organisme."...
Mais fonction n'est pas synonyme d'utile, ni de vital, ni même de détectable sur le phénotype.

Ah parce que maintenant tu oublie le fait que le mot «fonction» peut signifier quelque chose de sensiblement selon par qui il est employé, pour décrire quoi et dans quel contexte? Mais oui je persiste à traiter différemment un ADN dont l'ARN régule l'expression des gènes de celui dont l'ARN ne fout rien à part peut-être générer un léger coût métabolique supplémentaire j'ose espérer que tu ne vas pas là aussi qualifier cette distinction de quelque chose dont il faut s'en foutre car ça ne contribuerait pas à la présente discussion!

Archie Cash a écrit:
J'ai besoin d'estimation chiffrée en % pour la comparer au dogma de l'ADN poubelle, voir si tu le fais s'écrouler toi-même ou pas. Même si je pense moi aussi qu'il existe des parties sans utilité, tu as besoin d'estimations pour que ton Junk ADN ne soit pas un ectoplasme. Il ressemble à un spectre-là: tu sais qu'il existe mais ne sais ni où ni en quelle proportion.

Mais toi non plus tu n'en sais rien mais tu affirme que 60% d'ADN transcrit sans connaissance de l'action, suffit à le remettre en cause? Question à deux roupies et si on parvenait à en connaitre l'action et que celle-ci était juste du «bruit» des ARN sans utilités sans conséquence phénotypique autre qu'un surcoût métabolique, ça remettrait toujours en cause la notion de «Junk DNA»? Si oui je sens qu'on bloque effectivement sur de la sémantique.

Archie Cash a écrit:
Des scientifiques que tu lis ont pourtant eu le courage de le chiffrer et d'annoncer leurs estimations. Ca ne te tente pas d'aller chercher leurs estimations et les mettre ci-dessous?

Et toi l'as-tu déjà fait? C'est le 20% d'ADN ne codant rien dont tu causais? Ou alors moins? N'hésite pas à le chiffrer, moi je suppute plus de 50% peut-être aux alentours de 80%, voilà pour mes supputations!

Archie Cash a écrit:
A propos, concernant ton intervention ci-dessus, pendant que je rédigeais la mienne: je me fous royalement des paramètres dits "évolutifs" ici.

Attends voir tu t'en fous de quoi? Tu t'en fous parce que selon toi ces paramètre évolutif, ici non-conservation des séquences supposées utiles par certains, on s'en fout parce....on s'en fout? M'en veux pas mais là j'ai vraiment l'impression que Jean Foutre Premier ne blaguait pas, j'ai l'impression que tu zappes un élément valable gratuitement en disant simplement que c'est du «parasitage d’évolutionnistes entrés en religion» et qu'on s'en fout de ce dernier!


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MessagePosté: 06 Sep 2013, 00:17 
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Inscription: 25 Jan 2005, 00:24
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Citation:
Ah parce que maintenant tu oublie le fait que le mot «fonction» peut signifier quelque chose de sensiblement selon par qui il est employé, pour décrire quoi et dans quel contexte? Mais oui je persiste à traiter différemment un ADN dont l'ARN régule l'expression des gènes de celui dont l'ARN ne fout rien à part peut-être générer un léger coût métabolique supplémentaire j'ose espérer que tu ne vas pas là aussi qualifier cette distinction de quelque chose dont il faut s'en foutre car ça ne contribuerait pas à la présente discussion!
:fr: La discussion et exemple en question concerne 3 "sortes" d'ADN [- dont le terme fonction est biochimique, car c'est celui des gars d'ENCODE (comme dans leur publication), et il n'est pas question d'autre chose. Que toi et ton équipe leur avez reproché (ce terme de fonction, en omettant qu'il était suivi de biochimique)] : ceux transcrivant des ARN (dont le destin de ces derniers peut être différent, crever en cours de route, participer à l'élaboration d'une enzyme, bubon, lapsus régulateur, colonne vertébrale, ou autre destinée... )
LA FONCTION DE CES 3 ADN est une seule ici: la transcription d'ARN...
Ces 3 ADN sont des séquences qui ne font pas autre chose et sont kif-kif (dans la manière simplifiée de l'exposé). Mais tu peux continuer à jouer à l'imbécile...

Citation:
Et toi l'as-tu déjà fait? C'est le 20% d'ADN ne codant rien dont tu causais? Ou alors moins? N'hésite pas à le chiffrer, moi je suppute plus de 50% peut-être aux alentours de 80%, voilà pour mes supputations!
Nan, moi comme déjà dit j'admets avec plaisir et très affectueusement la notion de ADN non codant, mais je m'en contrefous de la notion "Junk ADN". Ne me demande pas non plus de chiffrer le nombre de serpents morts à cause de leurs pattes, même si je te le demandais, je m'en fous aussi.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/14616058

Pseudogenes: are they "junk" or functional DNA?
Pseudogenes have been defined as nonfunctional sequences of genomic DNA originally derived from functional genes. It is therefore assumed that all pseudogene mutations are selectively neutral and have equal probability to become fixed in the population. Rather, pseudogenes that have been suitably investigated often exhibit functional roles, such as gene expression, gene regulation, generation of genetic (antibody, antigenic, and other) diversity. Pseudogenes are involved in gene conversion or recombination with functional genes. Pseudogenes exhibit evolutionary conservation of gene sequence, reduced nucleotide variability, excess synonymous over nonsynonymous nucleotide polymorphism, and other features that are expected in genes or DNA sequences that have functional roles. We first review the Drosophila literature and then extend the discussion to the various functional features identified in the pseudogenes of other organisms. A pseudogene that has arisen by duplication or retroposition may, at first, not be subject to natural selection if the source gene remains functional. Mutant alleles that incorporate new functions may, nevertheless, be favored by natural selection and will have enhanced probability of becoming fixed in the population. We agree with the proposal that pseudogenes be considered as potogenes, i.e., DNA sequences with a potentiality for becoming new genes.


Citation:
plus de 50% peut-être aux alentours de 80%, voilà pour mes supputations!
Ca c'est ADN ne codant rien + ADN traduit en ARN ne servant à rien, juste ? OK, merci d'avoir daigné proposer des estimations, tu vois je ne mords pas.
Mais alors, si ce junk ADN les englobe, comment expliquer l'implication de séquences non codantes dans des maladies génétiques par exemple ?
:mrgreen: Serait-on moins malade si on nous extirpait ce junk ADN ? Ca a déjà été tenté ne serait-ce que pour réduire le coût métabolique du noyau et faire des économies ?

http://www.clinchem.org/content/56/10/1518.full

The Role of Noncoding “Junk DNA” in Cardiovascular Disease
The complete sequencing of the human genome has revealed many mysteries on how aberrations in gene structure and regulation contribute to disease. One of the most unforeseen and potentially revolutionary findings since the complete annotation of the human genome is the complexity of noncoding DNA. What was once considered “junk DNA” now holds the keys to many novel gene regulatory mechanisms, and genetic variation within these regions likely accounts for a major portion of disease susceptibility. Until recently, the biochemical mechanisms linking noncoding DNA, which does not encode any proteins, to the pathogenesis of disease were largely unknown, but there has been a torrent of new information in this field that has the prospect of changing how we diagnose and treat patients.
An interesting example of how noncoding DNA can regulate gene expression and increase cardiovascular disease risk was recently reported by Visel et al. in Nature (1). Many previous studies have identified a strong association between a genetic locus on 9p21 with cardiovascular disease outcomes, but the cause for this association was unknown. In some populations, as many as 25% of individuals harbor the risk allele, which increases cardiovascular risk as much as 3-fold. The report by Visel et al. (1) suggests that a distal noncoding DNA element located in 9p21 controls vascular gene expression and may account for its association with cardiovascular disease. Mice with an orthologous deletion of a 70-kbp segment in chromosome 4, which corresponds to the 9p21 region in humans, had increased weight gain and mortality on a high-fat diet. Deletion of this region also caused the selective loss of expression of 2 adjacent genes that lie approximately 100 kbp outside of the deletion. The 2 genes affected by the deletion are the cyclin-dependent kinase inhibitor genes Cdkn2a2 (cyclin-dependent kinase inhibitor 2A) and Cdkn2b (cyclin-dependent kinase inhibitor 2B), which showed decreased expression in vascular tissue as well as in other tissues. The deletion was not found to affect the expression of any other neighboring genes. In accordance with the previously described role for Cdkn2a/b in cell division, decreased expression of these genes led to unchecked cell proliferation. Primary aortic smooth muscle cells and embryonic fibroblasts from homozygous mice with the 70-kbp deletion showed a 2- to 3-fold higher proliferation rate in cell culture, with no signs of senescence, even after many cell passages. The mice with the deletion also showed a marked increase in tumor cell development from several different cell types.


Citation:
Mais toi non plus tu n'en sais rien mais tu affirme que 60% d'ADN transcrit sans connaissance de l'action, suffit à le remettre en cause? Question à deux roupies et si on parvenait à en connaitre l'action et que celle-ci était juste du «bruit» des ARN sans utilités sans conséquence phénotypique autre qu'un surcoût métabolique, ça remettrait toujours en cause la notion de «Junk DNA»? Si oui je sens qu'on bloque effectivement sur de la sémantique.

a) Si on se limite à fonction biochimique de l'ADN, cela le remet en cause en effet.
b) Si on va plus loin, la problématique de la fonction biochimique de l'ARN traduit, se pose alors la question de savoir comment avait été déterminé que ces ARN-là n'avaient pas de fonction ?

Si la réponse est approximativement : "Car on ne leur avait pas trouvé de fonction biochimique" (*), dans ce cas c'est la confirmation du bien-fondé de l'approche biochimique de a), et cela bousille le junk ADN. Car en acceptant qu'un truc est junk car il n'a pas de fonction biochimique connue, on doit accepter qu'il ne le soit plus si on lui trouve une fonction biochimique, non ?

http://www.lncrnablog.com/the-intertwin ... ding-rnas/

The Intertwining of Transposable Elements and Non-Coding RNAs
Growing evidence shows a close association of transposable elements (TE) with non-coding RNAs (ncRNA), and a significant number of small ncRNAs originate from TEs. Further, ncRNAs linked with TE sequences participate in a wide-range of regulatory functions. Alu elements in particular are critical players in gene regulation and molecular pathways. Alu sequences embedded in both long non-coding RNAs (lncRNA) and mRNAs form the basis of targeted mRNA decay via short imperfect base-pairing. Imperfect pairing is prominent in most ncRNA/target RNA interactions and found throughout all biological kingdoms. The piRNA-Piwi complex is multifunctional, but plays a major role in protection against invasion by transposons. This is an RNA-based genetic immune system similar to the one found in prokaryotes, the CRISPR system. Thousands of long intergenic non-coding RNAs (lincRNAs) are associated with endogenous retrovirus LTR transposable elements in human cells. These TEs can provide regulatory signals for lincRNA genes. A surprisingly large number of long circular ncRNAs have been discovered in human fibroblasts. These serve as “sponges” for miRNAs. Alu sequences, encoded in introns that flank exons are proposed to participate in RNA circularization via Alu/Alu base-pairing. Diseases are increasingly found to have a TE/ncRNA etiology. A single point mutation in a SINE/Alu sequence in a human long non-coding RNA leads to brainstem atrophy and death. On the other hand, genomic clusters of repeat sequences as well as lncRNAs function in epigenetic regulation. Some clusters are unstable, which can lead to formation of diseases such as facioscapulohumeral muscular dystrophy. The future may hold more surprises regarding diseases associated with ncRNAs andTEs.


:D Des publis sur interactions entre ARN non codants, ADN inerte, et expression ou régulation génétique, pathologies, etc. ne venant pas d'ENCODE, ça explose depuis 2 ou 3 ans... On dirait que la médecine et l’ingénierie génétique s'intéresse de près au "Junk ADN"... Vu l'intérêt pour l'évolution, peut-être se pencher un peu sur ces publis génomicomédicales examinant sans complexes les exagérations d'ENCODE ne serait pas un mal: après tout, rien n'explique mieux qu'une forme de phocomélie l'apparition brusque des nageoires pectorales des baleines.

Accordons-nous quelques jours de repos pour digérer tout ça. Sauf si tu me traites de connard comme je le mérite, je reviendrai avec un bombardement massif de publications sur l'impact dans le phénotype de ce "Junk ADN" ne servant à rien...
Curieux phénomène: les pages sur l'action du Junk ADN devraient être blanches comme le lait, pourtant elles sont pleines à craquer et surchargent les sites web de génomique.
Allez, A + Hans, et amitiés sincères.

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MessagePosté: 06 Sep 2013, 11:00 
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Inscription: 15 Juin 2007, 16:30
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Saint Popol a écrit:
Si la réponse est approximativement : "Car on ne leur avait pas trouvé de fonction biochimique" (*), dans ce cas c'est la confirmation du bien-fondé de l'approche biochimique de a), et cela bousille le junk ADN. Car en acceptant qu'un truc est junk car il n'a pas de fonction biochimique connue, on doit accepter qu'il ne le soit plus si on lui trouve une fonction biochimique, non ?

Et tu t’en tiens toujours ici à ta définition de «fonction biologique = ADN transcrit en ARN» c’est bien cela? Si c’est le cas non je ne serais même pas aussi catégorique pour l’ADN non-retranscrit si par hasard une partie, même infime de ce dernier avait une utilité, une «fonction» (pas biochimique mais en terme de conséquence phénotypique utile) via je ne sais quel mécanisme alors ce ne serait pas du «junk» si à l’inverse une séquence ADN est retranscrit en ARN mais que cet ARN n’a aucune conséquence, ne régule pas l’expression de gènes, n’a pas d’impact sur les protéines, n’a aucune conséquence phénotypiques, alors cette séquence est du «Junk DNA».

Tu t’attaches à la définition de «fonction» qui t’arrange celle d’ENCODE, mais semble ignorer ce que j’entends et ce que d’autres entendent depuis le début par «Junk DNA». Par ailleurs tu peux me sortir autant de publications sur l’utilité de certaines séquences «non-codantes» (y compris donc celles transcrites en ARN) que tu veux, et ce n'est pas que ces publications sont inintéressantes, mais elles ne constituent pas une réfutation de la notion de «Junk DNA» chez l’homme (encore moins chez d’autres espèces). Ah moins bien sûr que tu puisses démontrer que toutes les publications réunis montrent que la majorité de l’ADN non-codant ou de l’ARN transcrit mais non-codant (c’est-à-dire ne codant pas de protéines) a un impact phénotypique utile à l’organisme.

Saint Popol a écrit:
Accordons-nous quelques jours de repos pour digérer tout ça. Sauf si tu me traites de connard comme je le mérite, je reviendrai avec un bombardement massif de publications sur l'impact dans le phénotype de ce "Junk ADN" ne servant à rien...

Ce serait totalement stérile j’espère que tu as conscience de cela, à moins encore une fois que ton bombardement massif démontre que la majorité de l’ADN non-codant ou simplement la majorité de l’ARN non-codant, ait bel et bien un impact phénotypique et/ou une utilité pour l’organisme. Parce que si tu me bombarde de 200 publications mais que substantiellement les régions utiles détectées dans celles-ci ne représentent en tout et pour tout que 1% de l’ADN non-codant, ben tu n’auras rien démontré ou si peu mais pas de quoi enterrer la notion de «Junk DNA» même pas en rêve! De plus j’aimerai quand même savoir pourquoi la majorité de cet ADN non-codant, mais transcrit en ARN, n’est pas conservé alors qu’une autre partie l’est, d’ailleurs ce serait intéressant de savoir si concrètement les séquences utiles détecter concernent avant tout les régions conservées là ça pourrait devenir intéressant!

Saint Popol a écrit:
Curieux phénomène: les pages sur l'action du Junk ADN devraient être blanches comme le lait, pourtant elles sont pleines à craquer et surchargent les sites web de génomique.
Allez, A + Hans, et amitiés sincères.

Et elles n’ont pas fini de se remplir! Aller merci pour ces échanges et ces belle empoignades, tu as aussi mes amitiés sincères et A+!


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MessagePosté: 06 Sep 2013, 18:08 
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Quand un de mes amis avait annoncé vouloir se marier, je lui avais dit qu'il allait faire une connerie car sa fiancée n'était qu'une grosse conne. Il l'aimait, alors il m'a répondu que "Même si elle avait 99 % de connerie et 1 % de cervelle, elle n'était pas qu'une gosse conne". J'avais trouvé l'argument complètement con, alors je me suis dit que mon pote était complètement con. Ils se sont donc mariés, et la grosse conne est devenue en quelque sorte ma belle-soeur. Je m'étais trompé: Ils sont heureux ! Elle a maigri depuis, vachement jolie sans sa surcharge pondérale, mais c'est quand même une connasse. Pour moi, elle restera toujours une grosse conne.

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MessagePosté: 09 Sep 2013, 05:43 
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Inscription: 25 Jan 2005, 00:24
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:D Je ne réponds pas point par point. "Jouer à touche-pipi, ça va un moment chéri".

Mon impression, complètement décomplexée :
Citation:
Tu t’attaches à la définition de «fonction» qui t’arrange celle d’ENCODE, mais semble ignorer ce que j’entends et ce que d’autres entendent depuis le début par «Junk DNA». Par ailleurs tu peux me sortir autant de publications sur l’utilité de certaines séquences «non-codantes» (y compris donc celles transcrites en ARN) que tu veux, et ce n'est pas que ces publications sont inintéressantes, mais elles ne constituent pas une réfutation de la notion de «Junk DNA» chez l’homme (encore moins chez d’autres espèces). Ah moins bien sûr que tu puisses démontrer que toutes les publications réunis montrent que la majorité de l’ADN non-codant ou de l’ARN transcrit mais non-codant (c’est-à-dire ne codant pas de protéines) a un impact phénotypique utile à l’organisme.

Oui, je m'attache à celle d'ENCODE et pas à celle de Hans, ni de quelques évolutionnistes qui plantent la théorie comme épouvantail qui détruirait les données. Comme si les données devaient s'aligner à leur théorie, j'ai horreur de ça. Les données s'effaceront si elles se révèlent être du pipeau. Quand des données sont surprenantes ou semblent exagérées, aussi élégantes et opérationnelles que soient les élaborations théoriques, on prend les premières dans la courge et on avise au lieu de hurler contre les données. Au lieu de mentir comme tu le fais (si si, un peu, je t'ai lu dans 2 autres forums, contre des abrutis certes, où tu y exposais tes estimations pifométriques comme étant la réalité), de réinventer la l'histoire et la réalité des connaissances, leur manière d'avancer.
Je ne suis pas persuadé du tout que ce soit 80 % comme annoncé, j'en sais foutre rien, pourquoi pas moins... ou plus ? Mon point est que ce terme de junk adn est déjà en pièces depuis longtemps - tu dois être un des rares à y tenir comme à ses couilles. Tu sembles d'ailleurs assimiler séquences résiduelles à junk adn, comme si de l'existence de ce dernier nom dépendaient les premiers. C'est assez bizarre ce que tu fais.

- GRAUR & co disent que, traduit en français à ma manière, que "les gens d'ENCODE méconnaissent la théorie de la fonction évolutionniste qui prédit que beaucoup d'ARN "codés" n'ont pas de fonction mais sont des résidus de l'évolution et vont disparaître sans conséquences dans le cytoplasme", je leur réponds qu'à leur tour, eux semblent omettre d'ajouter que c'est le lot d'une bonne partie des produits régulateurs lancés, qui vont rebondir et cogner stochastiquement à une vitesse ahurissante (pour nous) à ce niveau moléculaire... et si, justement, c'est par la quantité de ces arn lancés que les probas de rencontres entre le récepteur ou objet ciblé et l'élément régulateur se faisait la synthèse ? Ils ne peuvent alors pas affirmer que ces éléments perdus sont la preuve de "non fonction".

- Graur et CO disent que "ce junk adn sans fonctions, inutile, a été conservé car la sélection n'a pas prise sur lui", ils n'expliquent pas pourquoi certaines plantes ont si peu d'ADN non codant, justement - (ce qui pourrait aussi être objecté à ceux voulant voir une fonction dans le junk adn (*)). Si la théorie peut justifier l'ADN résiduel, sans fonctions, l'énormité d'ADN résiduel de certains organismes, elle ne sait pas expliquer la quasi absence de celui-ci ni sa variabilité.
(*) L'équipe d'ENCODE non plus, mais ils n'ont jamais eu cette prétention.
La théorie évolutionniste de l'ADN a passé ces 30 dernières années à hypothétiser, en fait à spéculer, sur le pourquoi de ce junk ADN SANS FONCTIONS, lui cherchant une explication évolutive... mais s'il a potentiellement des fonctions, au lieu de le rejeter bêtement, comme se ces données étaient anti-évolutionnistes, ils feraient mieux d'envisager que ce résidu ait pu se trouver des fonctions et participations. C'est ce qu'il semble, puisqu'une séquence codante ne code pas seule des protéines, mais participe de concert et avec d'autres gènes, et aussi maintenant avec des séquences pseudogéniques (non codantes) parfois situées tout près voire très loin..

- Graur et Co batifolent autour du sens d'informations, qui ne seraient pas des données, qui ne seraient pas des faits (un peu dans le genre). Je les laisse gesticuler. Leurs hypothèses - élaborées historiquement autour d'un > 90 % d'adn ne servant à rien, ne sont guère plus que des mots. Qui s'écroulent si ces régions participent, même un minimum, à la synthèse protéique. Ne t'en déplaise, même si les quantifications sont plus simples à faire avec des séquences de molécules à la suite, les théoriciens du génome sont encore moins au parfum de son évolution factuelle que pour le phénotype, fossiles en moins de surcroît.

- GRAUR & co accusent ENCODE " d'ignorer un siècle de recherche et publications scientifiques sur l'évolution du génome"...
C'est une plaisanterie. En 1950, on parlait encore de la "théorie chromosomique" avec un gène-unité conceptuelle... C'est dire ce que peut valoir scientifiquement tout ce qui a précédé les années 50-60...
Les théorisations dont ils parlent ont en fait démarré aux alentours des années 70, où par décret le > 90 % du génome humain n'ayant pas de fonction, il fallait alors l'expliquer évolutivement parlant (% différent selon les espèces). Et on peut le dire sns complexes: ce terme et concept a été un boulet pour la recherche, qui a eu du mal à y pointer son nez.
Moi aussi je considérais cette région résiduelle comme inutile, moi aussi je trouvais très élégante et utilitaire l'idée que cet adn non codant, résiduel, pouvait par exemple servir à la protection statistique des parties vitales contre le irradiations-mutations, mais je ne réinvente pas l'histoire des sciences pour défendre ma paroisse et mon crédo contre les données qui s'accumulent. De même, si je trouve plutôt débile de croire que l'acupuncture, les chi et les chang, puissent servir grand chose en médecine, je prends tout de même dans la courge les données de publications sérieuses expliquant l'effet antalgique, local, des insertions d'aiguilles... les données, on ne les écarte pas d'un revers de mains.

- Région "conservée ou non conservée", ce sont tes questionnements: "Hans: [...] n'a pas forcément à être conservé pour avoir une fonction au sens évolutionniste, néanmoins en moyenne et cela de manière non-négligeable les séquences utiles tendent à être conservées et celles qui ne le sont pas non",

Raison pour laquelle les régions inutiles sont tout de même "conservées" et pas éliminées... :mrgreen:
Je dois dire que je m'en fous complètement, même si c'est rigolo: cette manière équivoque d'exposer le schmilblik, ça ne me parle pas. Parler de séquences allant de très conservées à peu conservées en relation à leur importance vitale, c'est à peine utile pour un non ultra-adaptationniste. C'est ta liberté de considérer ces concepts autour de "conservation" (= +/- sans changements) de l'adn tels des objets solides comme des paluches de Goliath, pas moi - il y a bien longtemps que j'ai pris des distances respectables avec les théoriciens de l'évolution. Trop de blagounettes, trop d'excessivite aigüe, trop d'orientations partisanes, trop de concepts-charabia chez une bonne partie de ces spécialistes.
Puisque des estimations chiffrées, basées sur une quantification des nucléotides variants et de répétitions, donnent une similitude énorme entre humain et chimpanzé, allez mettons > 96 % en moyenne, sur les régions géniques comme intergéniques, ces régions non codantes (ton junk ADN) sont donc, en moyenne, assez conservées... ne partent pas dans n'importe quel sens. Peu importe si c'est dû à leur peu d'ancienneté: les détails ne t'apprendront pas grand chose sur leur utilité phénotypique.

- Fonction utile au phénotype dis-tu ?
Quand tu inventeras le détecteur de séquences à fonction utile au phénotype (à prise secteur 220 volts si possible), tu reviendras claironner tes certitudes religieuses. D'ici là, malgré ce que Graur propose sur fonction (évolutionniste), dont il n'a réellement rien de concret à part des théorisations indirectes, la médecine et génétique fonctionnent tout de même sans ta machine pas encore inventée : quand sont détectés de nouveaux objets régulateurs, par millions, c-à-dire des objets connus pour leur action de régulation de l'expression, codés par des séquences (20 à 60 % du génome, et non pas 3 à 5 % comme on le croyait), cela suffit pour proposer qu'il y a fonction régulatrice amplifiée dans ces régions "junk". Même si la dite fonction n'est pas encore élucidée, leur zone d'action est pour une bonne partie connue. Et quand on découvre que le 50% des maladies génétiques sont liées à des séquences de régions "Junk", on peut extrapoler que le 50 % de l'expression génétique serait sous contrôle des régions junk. On connaît les gènes surtout via des pathologies, c'est pourquoi ces 50 % ont une importance statistique capitale pour l'expression, pas seulement pour la médecine. Quand de surcroît on passe, vu le premier compte rendu basé sur 1 % du génome, de 3 à 20, 40, 60 % de zone régulatrice (séquences intergéniques fabriquant des objets et arn divers régulateurs), on prend dans la courge la donnée, susceptible d'être révisée, au lieu de bêtement hurler que cela ne démontre rien.

Selon la théorie des Graur et compagnie et leurs objections:
- "Une séquence aurait une fonction, si et seulement si, lorsqu'elle est détruite, elle affecte le phénotype". Super, mais ils ont alors 3 siècles de travaux à effectuer devant eux, région par région, séquence par séquence, organisme par organisme, pour démontrer leur théorie. En commençant déjà par les régions codantes... car même là, il est des régions qui n'affecteront pas sensiblement le phénotype lorsque supprimées.

- Graur et Co avancent l'objection - une des rares qu'ils puissent proposer - sur "ces souris auxquelles a été expérimentalement retiré 1 % de leur junk ADN" (non pas une énorme proportion comme tu le prétends dans d'autres forums, Pinocchio !)
Depuis quand une petite altération serait toujours visible chez les souris ? C'est toi qui rêves, l'ami. Si une altération donne p.e. une forme de dérèglement mental, ou autre pépin métabolique, carence etc. chez la souris, pas forcément très accusé, voire une augmentation de x potentialité pathologique, tumorale, ou autre, les observateurs de cette souris ne verront rien. Aucun changement... !!!

Les nigauds, croyants en la pertinence démonstrative de ce genre d'expériences et concluant à aucun changement (=> junk adn inutile donc), n'ont peut-être pas bien saisi les étroites limites de diagnostic et détection que la médecine vétérinaire permet pour les souris, ni au fonctionnement probabiliste - de par le nbre d'objets synthétisés/lancés par l'adn, pour assumer une fonction.
Une fonction métabolique que, mettons 100 séquences dans l'ADN contrôlent, peut très bien être effectuée +/- bien sans changements détectables, par 98 ou 95 séquences, ou encore moins... Et je dirais c'est +/- pareil , mais dans une moindre mesure car il est des gènes extrêmement vitaux et sine qua non, pour les séquences codantes.

- Quand Graur, Hans et consorts sortent le "test de l'oignon", (mais Dan Graur l'a-t-il fait ?) là c'est le gong qui a sonné: le cirque a installé ses mâts, ne reste plus qu'à acheter des cacahuètes.

Faut ouvrir ses écoutilles au lieu de les fermer. Au mieux on s'intéresse à des éléments d'avenir, au pire on a été naïf.
:D C'est quand même fou ces gesticulations que tu fais - comme si c'était vital pour la ToE - lorsqu'on parle de fonctions étendues sur une plus vaste proportion d'ADN, éléments nouveaux à la clef... alors que tu n'as jamais bougé un doigt contre ceux qui, depuis 40 ans, décrétaient que cette région ne codant pas (de protéines) donc pas de fonctions (donc "Junk") !

_________________
"Je veux qu'on me prenne pour un con car j'en suis un, qu'on me parle simplement pour que je capte bien car je suis idiot: si on me regarde et qu'on me parle sans égards, c'est déjà me considérer à peu près normal et pas uniquement comme un handicapé physique ou un déficient mental."


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MessagePosté: 09 Sep 2013, 16:27 
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Archie Cash a écrit:
Je ne réponds pas point par point. "Jouer à touche-pipi, ça va un moment chéri".

Tu préfères jouer à touche-caca n'est-il pas? Mais bon aller je revient en vitesses sur certains points, j'espère juste que tu apporteras des précisions sur ce que tu as dis concernant le pourcentage d'ADN codant non-conservé qui serait le même que celui de l'ensemble de notre génome, donc le même que pour l'ADN non-codant, car c'est une objection potentiellement intéressante, si tu avais des sources ce serait génial!

Archie Cash a écrit:
Graur et CO disent que "ce junk adn sans fonctions, inutile, a été conservé car la sélection n'a pas prise sur lui", ils n'expliquent pas pourquoi certaines plantes ont si peu d'ADN non codant, justement - (ce qui pourrait aussi être objecté à ceux voulant voir une fonction dans le junk adn (*)). Si la théorie peut justifier l'ADN résiduel, sans fonctions, l'énormité d'ADN résiduel de certains organismes, elle ne sait pas expliquer la quasi absence de celui-ci ni sa variabilité.

C'est une bonne question à laquelle les Graur et compagnie se sont intéresser. Il suffit de voir les petites discussions qu'on générer l'analyse d'une plante pourvu de seulement 3% d'ADN non-codant. Une hypothèse proposée étant l'existence de facteurs génétique intrinsèques augmentant le nombre de délétions au sein de cette plante et d'autre espèces, donc une sorte de «biais mutationel» qui chez certaines espèces et ligneés favorisent un acroissement du génome chez d'autres comme chez cette plante une réducation du génome mais cela reste encore à vérifier! Pour d'autres organismes comme les oiseaux il me semble que T. Ryan Gregory propose que les organismes ayant des métabolismes très actifs ont tendance à avoir moins d'ADN non-codant, donc une bonne part de la partie inutile de l'ADN non-codant car celle-ci a un coût métabolique. C'est l'hypothèse qui est proposée ici, j'ignore si elle collerait également avec la plante mentionnées précédemment. Mais si l'excédent de "Junk DNA" a bien un coût métabolique alors on a peut-être déjà une théorie sur la variation de la quantité d'ADN résiduelle d'un organisme à une autre.

Archie Cash a écrit:
Les théorisations dont ils parlent ont en fait démarré aux alentours des années 70, où par décret le > 90 % du génome humain n'ayant pas de fonction, il fallait alors l'expliquer évolutivement parlant (% différent selon les espèces). Et on peut le dire sns complexes: ce terme et concept a été un boulet pour la recherche, qui a eu du mal à y pointer son nez.

Un simple terme suffirait à être un boulet à la recherche? Dès le début les chercheurs se doutaient que parmi ce paquet d'ADN non-codant devait se cacher divers fonction utiles à l'organisme et ils ont donc chercher et ils ont bien découvert des séquences utiles, découverts comment ces séquences l'étaient, qu'elles étaient leur fonction pour l'expression du génome et j'en passe.

Archie Cash a écrit:
Moi aussi je considérais cette région résiduelle comme inutile, moi aussi je trouvais très élégante et utilitaire l'idée que cet adn non codant, résiduel, pouvait par exemple servir à la protection statistique des parties vitales contre le irradiations-mutations, mais je ne réinvente pas l'histoire des sciences pour défendre ma paroisse et mon crédo contre les données qui s'accumulent.

Ne défend rien du tout le truc c'est que l'idée d'ADN inutile donc d'ADN poubelle n'est pas morte! Bon ok à la base tu es même d'accord puisque bon que certaines séquences, notamment d'origines virales, soient sans utilité aucune, on peut dire que ça tombe sous le sens. En revanche là où on diverge c'est sur la portion réellement inutile de notre génome, non? Ou alors tu préférerais que l'on opte pour un agnosticisme quasi-complet sur la proportion de notre génome réellement inutile de notre génome le temps que trois siècle plus-tard, on ait, comme tu le dis ici, analyser et tester toutes les séquences une par une non? Bon même en admettant cette dernière option ça n'entèrre pas encore cette idée tout au plus ça la met en suspens!

Archie Cash a écrit:
Je dois dire que je m'en fous complètement, même si c'est rigolo: cette manière équivoque d'exposer le schmilblik, ça ne me parle pas. Parler de séquences allant de très conservées à peu conservées en relation à leur importance vitale, c'est à peine utile pour un non ultra-adaptationniste. C'est ta liberté de considérer ces concepts autour de "conservation" (= +/- sans changements) de l'adn tels des objets solides comme des paluches de Goliath, pas moi - il y a bien longtemps que j'ai pris des distances respectables avec les théoriciens de l'évolution. Trop de blagounettes, trop d'excessivite aigüe, trop d'orientations partisanes, trop de concepts-charabia chez une bonne partie de ces spécialistes.

Bref tu ne veux pas tenir compte et/ou développer la question de la conservation ou non des séquences? Non je suis rassuré tu en tiens quand même un peu compte ci-dessous!

Archie Cash a écrit:
Puisque des estimations chiffrées, basées sur une quantification des nucléotides variants et de répétitions, donnent une similitude énorme entre humain et chimpanzé, allez mettons > 96 % en moyenne, sur les régions géniques comme intergéniques, ces régions non codantes (ton junk ADN) sont donc, en moyenne, assez conservées... ne partent pas dans n'importe quel sens. Peu importe si c'est dû à leur peu d'ancienneté: les détails ne t'apprendront pas grand chose sur leur utilité phénotypique.

Ok permet-moi de te demander des précisions supplémentaires car là tu semble amener une objection intéressante. Peux-tu m'amener par exemple une source étayant que les régions codantes ne sont pas davantage conservés que les autres depuis notre dernier ancêtre commun avec le chimpanzé? D'ailleurs cet argument n'a-t-il pas déjà été proposé par ceux qui critiques la pertinence de la notion de Junk DNA et/ou pensent que la majorité de notre génome est fonctionnel (au sens évolutionniste du terme)? Parce que si c'est le cas je veux bien enterrer l'argument de la non-conservation du génome. Mais juste un point sur lequel tu pourrais encore m'éclairer cette publication stipule grosso modo que la seule une minorité de notre génome de l'ordre de 10% à 15% serait conservé, serait-ce également valable pour l'ADN codant des protéines? Ce serait cool que tu précises ce point références à l'appuie très cool même je ne demande que cela!

Archie Cash a écrit:
D'ici là, malgré ce que Graur propose sur fonction (évolutionniste), dont il n'a réellement rien de concret à part des théorisations indirectes, la médecine et génétique fonctionnent tout de même sans ta machine pas encore inventée : quand sont détectés de nouveaux objets régulateurs, par millions, c-à-dire des objets connus pour leur action de régulation de l'expression, codés par des séquences (20 à 60 % du génome, et non pas 3 à 5 % comme on le croyait), cela suffit pour proposer qu'il y a fonction régulatrice amplifiée dans ces régions "junk". Même si la dite fonction n'est pas encore élucidée, leur zone d'action est pour une bonne partie connue. Et quand on découvre que le 50% des maladies génétiques sont liées à des séquences de régions "Junk", on peut extrapoler que le 50 % de l'expression génétique serait sous contrôle des régions junk.

Pourquoi entretiens-tu cette équivalence et donc cette confusion entre ADN non-codant (c'est-à-dire ne codant pas de protéine) et "Junk DNA" alors que tu sais pertinemment que les Graur et compagnie ne font pas pareille équivalence? Une fois cette mise au point faite cela veux dire que 50% des maladies génétiques sont attribuables aux séquences non-codantes constituant elles-mies plus de 90% du génome c'est bien cela? Fort bien aucun problème, je ne le refuse pas et je ne pense pas que les Graur et compagnie le refusent, mais ça ne nous dit que la majorité de ces 90% sont fonctionnels en fait on pourrait presque penser le contraire car alors combien de pourcentage de ces 90% contrôleraient réellement l'expression génétique?

Archie Cash a écrit:
On connaît les gènes surtout via des pathologies, c'est pourquoi ces 50 % ont une importance statistique capitale pour l'expression, pas seulement pour la médecine. Quand de surcroît on passe, vu le premier compte rendu basé sur 1 % du génome, de 3 à 20, 40, 60 % de zone régulatrice (séquences intergéniques fabriquant des objets et arn divers régulateurs), on prend dans la courge la donnée, susceptible d'être révisée, au lieu de bêtement hurler que cela ne démontre rien.

Attends-voir de quoi cause-t-on concrètement de 60% d'ADN non-codant régulant le génome? À ma connaissance nous n'avons pas pareils chiffres aujourd'hui ou alors tu veux simplement dire que 50% à 60% de l'expression génétique vient des séquences non-codante? Là aucun problème mais ça ne nous dit pas combien du pourcentage des séquences non-codantes, sont réellement fonctionnels. Note je ne hurle pas que cela ne démontre rien, je dis simplement que la découverte de séquences régulatrices importantes dans l'ADN non-codant ne représente pas à ce jour une démonstration que la majorité de cette ADN non-codant est réellement fonctionnel au sens évolutionniste du terme!

Archie Cash a écrit:
Super, mais ils ont alors 3 siècles de travaux à effectuer devant eux, région par région, séquence par séquence, organisme par organisme, pour démontrer leur théorie.

Bien sûr espérons que quelques générations plus tard la question soit définitivement résolue le problème c'est que notre génération est hélas condamner à deviner via des méthodes plus incertaines et indirect, quitte à ce qu'il n'y ait donc pas de certitudes.

Archie Cash a écrit:
En commençant déjà par les régions codantes... car même là, il est des régions qui n'affecteront pas sensiblement le phénotype lorsque supprimées.

Je pense que Dan Graur est déjà au courant au regard d'une de ces récentes présentations Powerpoint la présentation PowerPoint disponible via le lien suivant!

Image

Archie Cash a écrit:
Alors que tu n'as jamais bougé un doigt contre ceux qui, depuis 40 ans, décrétaient que cette région ne codant pas (de protéines) donc pas de fonctions (donc "Junk")!

Je suis absolument navré de ne pas avoir accomplit entièrement mon devoir sacré de délation! Mais juste une question c'est qui que je dois dénoncer? Car parmi les Graur et compagnie que j'ai cité tous admettent qu'une partie de l'ADN ne codant pas de protéines, est fonctionnel, donc tous admettent que l'équivalence entre ADN non-codant et ADN poubelle est fausse. Donc je ne piges pas ta question, je ne vois pas pourquoi tu me l'adresse vu que je n'ai moi-même pas fait cette équivalence. Mais si tu as une liste de noms à proposer vas-y ne te retient pas!

Pour le reste moi aussi je n'ai plus envi de jouer à touche-pipi ou à touche-caca, aussi je te laisse démonter ou non les assertions du PowerPoint de Dan Graur, ou encore démonter ou non les miennes sur le ton décomplexé que tu voudras, en revanche encore une fois ce serait super sympa d'amener des précisions et des sources sur la portion d'ADN codant non-conservé car ça m'intéresse vraiment! Je m'achèterai un grand carton de Popcorn salé pour l'occasion ainsi qu'un immense soda, puis je digèrerai tout cela quand j'aurai le temps, trop fatigué et le moral bien trop laminé depuis deux semaines maintenant, pour creuser tout ce sujet plus en profondeur ou encore m'énerver pour des vétilles et j'en passe. Bref je creuserai tout cela quand j'aurais pu me reposer au moins deux semaines où en dehors des mes moments avec ma famille mes seuls activités seront de m'envoyer des bière avec des potes entre deux nanars au cinéma!


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MessagePosté: 10 Sep 2013, 19:06 
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Citation:
Ne défend rien du tout le truc c'est que l'idée d'ADN inutile donc d'ADN poubelle n'est pas morte!

:D Super ! On économisera des chrysanthèmes et des frais d'enterrement.

Je vais laisser le bruit de fond pour une autre fois, c'est moins inspirant.
Hans a écrit:
Archie Cash a écrit:
Puisque des estimations chiffrées, basées sur une quantification des nucléotides variants et de répétitions, donnent une similitude énorme entre humain et chimpanzé, allez mettons > 96 % en moyenne, sur les régions géniques comme intergéniques, ces régions non codantes (ton junk ADN) sont donc, en moyenne, assez conservées... ne partent pas dans n'importe quel sens. Peu importe si c'est dû à leur peu d'ancienneté: les détails ne t'apprendront pas grand chose sur leur utilité phénotypique.

Ok permet-moi de te demander des précisions supplémentaires car là tu semble amener une objection intéressante. Peux-tu m'amener par exemple une source étayant que les régions codantes ne sont pas davantage conservés que les autres depuis notre dernier ancêtre commun avec le chimpanzé ? D'ailleurs cet argument n'a-t-il pas déjà été proposé par ceux qui critiques la pertinence de la notion de Junk DNA et/ou pensent que la majorité de notre génome est fonctionnel (au sens évolutionniste du terme)? Parce que si c'est le cas je veux bien enterrer l'argument de la non-conservation du génome. Mais juste un point sur lequel tu pourrais encore m'éclairer cette publication stipule grosso modo que la seule une minorité de notre génome de l'ordre de 10% à 15% serait conservé, serait-ce également valable pour l'ADN codant des protéines? Ce serait cool que tu précises ce point références à l'appuie très cool même je ne demande que cela!

Si tu prends et ce que je te raconte, et les notions, et les articles que tu trouves, en vitesse, par-dessus les épaules, et les recraches ici sans un minimum de réflexion derrière, cela n'amènera rien de très pertinent. De plus, je ne suis ni prof ni ton prof mais tu me mets - par tes questions - quasiment dans cette position que je n'ai jamais souhaitée. Enfin bon.

Citation:
[...] par ceux qui critiques la pertinence de la notion de Junk DNA et/ou pensent que la majorité de notre génome est fonctionnel (au sens évolutionniste du terme)?

J'ignore ce que prétendent ces gens, cela ne me concerne pas : Je ne pense ni que la majorité de notre génome soit fonctionnel, ni que la majorité soit non fonctionnel. Je ne pense pas ainsi, je ne fonctionne pas par ces dichotomies fonctionnel/non fonctionnel. Je pense qu'une partie relativement petite de notre génome a un rôle et participation assez direct dans la synthèse protéique et qu'une autre - peut-être une assez grande partie - a un rôle moins direct, plus diffus, graduel et probabiliste, plus régulateur aussi, mais participant aussi et en coalition, à cette synthèse du grand tout orgasmique et cellulosique... euh pardon, organique et cellulaire. Le dernier terrain étant plus vaste et pas moins complexe à défricher que le premier, et, surtout, les chercheurs ne s'y intéressent de très près que depuis assez peu. :D Mais je ne fonctionne plus par dichotomies depuis longtemps, même pas pour beurrer ma tartine.

Citation:
"seule une minorité de notre génome de l'ordre de 10% à 15% serait conservé"

Pareil. "Conservé" ou "pas conservé" ? Cette phrase ne me parle pas. S'exprimer ainsi c'est de la flemmardise. Cette phrase ne veut en fait pas dire grand chose.
Conservé est une notion avec les étroits signifiants d'"ancienneté/fondamental/homologie" relative - tu le sais déjà ou du moins tu devrais le savoir ; ce n'est pas une notion absolue et elle est bourrée de contre-indications si on joue avec elle comme d'un bilboquet. Elle implique une sorte "graduation", à nuancer avec les variations ultérieures/divergences :
Un exemple de gènes très très très conservés, car communs et (même interchangeables) entre vertébrés et arthropodes, impliqués dans le développement d'architectures fondamentales (donc anciens) sont les gènes de polarité, segmentation et (domaines) homéotiques, dont les fameux Hox dont l'évolution commence à être mieux déchiffrée. Mais rien ne sert de dire ils sont "conservés", cela n'amènera aucune relation ni indication sur leur expression. Ils sont "conservés" ne sert à rien "sur leur utilité phénotypique", à rien si on ne précise pas qu'il est 13 Hox chez la mouche mais X4 chez les vertébrés. Très très conservés et interchangeables, ne sert guère plus si on ne précise pas qu'entre HoxB6-souris et correspondance "antennapedia" chez la mouche, 4 aminoacides sur 60 différencient leur domaine d'action, marquant leurs divergences. Très très très conservés/anciens, mais pourtant identiques entre primates, donc encore plus "conservés" entre primates ? Si on veut, mais c'est surtout moins modifiés entre ces derniers car cela pourrait être différent dans le détail. Très conservés ne sert de nouveau à pas grand chose vis-à-vis de l'expression, étant donné que même des gènes aussi capitaux peuvent être désactivés par mutation = rien sur le phénotype, et pourquoi pas réactivés au cours de l'évolution, voire avoir disparu. D'autres considérés très très conservés (et non pas très très très...) eux ou les protéines synthétisées, peuvent avoir récemment marqué des divergences, c'est le cas de FOXP2 dont la protéine codée présente une seule différence (une substitution) entre souris et chimpanzé, mais 3 différences entre chimpanzé et humain. Ici, on dirait très conservé, mais pourtant "moins" (ou plus divergent) entre chimp/humain qu'entre chimp/souris, pourtant plus distants phylogénétiquement.
Et on complique encore si on ajoute que des séquences d'ADN non codant, communes par exemple aux méduses et aux mammifères - dont l'Homme bien entendu - ont été identifiées. Ben quoi, elles sont conservées celles-ci; certes oui, mais faudrait-il induire ainsi leur utilité pour la synthèse des protéines, de par leur "très très très très longue conservation" ?

D'où l'utilité des subtiles distinctions entre ancienneté-similitude/homologie-distance/divergences, des signifiants réductibles à 2 termes consensuels si on y tient, mais tous sont relatifs, tous sont à graduer et interpréter via d'autres compléments. Ils ne reflètent pas grand chose en soi, tels quels, encore moins exprimés en mode binaire "oui/non" quant au schmilblik qui nous concerne ici, l'impact à élucider (par d'autres, hein.... :D et autrement que via des forums de discutaille si possible) dans l'expressivité/synthèse/régulation par les différentes séquences. Ce que tu appelles "utilité", mais terme qui ne me parle pas non plus.

Pour ce qui concerne les similitudes entre chimp/humain, entre les 95 % de similitude évaluées par d'anciennes méthodes portant seulement sur les gènes codants, et de plus récentes sur tout le génome "point by point", qui amènent la similitude à parfois > 99 %, je pense que 97 à 98 % sont de prudentes moyennes. Et effectivement, la proximité moyenne de 98 % est retrouvée aussi entre gènes non codants (de protéines). Les sources sont partout, elles se recoupent et s'auto-confortent à quelques % près dans les extrêmes, selon la méthode de comparaison et d'analyse des résultats.

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MessagePosté: 12 Sep 2013, 06:22 
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Salut Hans
Hans a écrit:
C'est une bonne question à laquelle les Graur et compagnie se sont intéresser. Il suffit de voir les petites discussions qu'on générer l'analyse d'une plante pourvu de seulement 3% d'ADN non-codant. Une hypothèse proposée étant l'existence de facteurs génétique intrinsèques augmentant le nombre de délétions au sein de cette plante et d'autre espèces, donc une sorte de «biais mutationel» qui chez certaines espèces et ligneés favorisent un accroissement du génome chez d'autres comme chez cette plante une réducation du génome mais cela reste encore à vérifier! Pour d'autres organismes comme les oiseaux il me semble que T. Ryan Gregory propose que les organismes ayant des métabolismes très actifs ont tendance à avoir moins d'ADN non-codant, donc une bonne part de la partie inutile de l'ADN non-codant car celle-ci a un coût métabolique. C'est l'hypothèse qui est proposée ici, j'ignore si elle collerait également avec la plante mentionnées précédemment. Mais si l'excédent de "Junk DNA" a bien un coût métabolique alors on a peut-être déjà une théorie sur la variation de la quantité d'ADN résiduelle d'un organisme à une autre.

Espérons que ces "facteurs génétiques intrinsèques augmentant le nombre de délétions" n'aient pas eu la mauvaise idée de se "déléter" eux-mêmes en premier et de disparaître tout de suite. :D

2 propositions-hypothèses mais aucun élément de démonstration nulle part. Ce n'est pas un reproche, c'est ainsi qu'avancent les sciences. Ca pourrait être un reproche lorsque ces deux-là, Graur et T. Ryan, sont les 2 porte-paroles (surtout Graur) volontaires, diabolisant le consortium Encode (qui, lui, a apporté des éléments et les publie) pour leurs diverses méthodes, pas moins scientifiques. Mais peu importe - c'est seulement un peu d'humour pas amusant que je fais, comme d'hab.

L'hypothèse concernant les oiseaux est plausible mais simpliste, je ne l'achèterais pas bien cher. Vu déjà que les duplications de séquences et de génomes est ou a été un processus fort pour l'innovation, vu le nombre de contre-exemples - notamment chez les petits mammifères, les plantes, etc. Pour réduire le coût métabolique des oiseaux, une manière très efficace qu'aurait pu adopter maman nature est de limiter ou abaisser leur température corporelle moyenne à celle des mammifères p.e., mais elle ne l'a pas fait. Cette hypothèse chez les oiseaux "pour cause d'économie d'énergie" semble inspirée de ce qu'il se passe chez les bactéries. Mais pour les eucaryotes multicellulaires la longueur de l'ADN ne semble pas un problème crucial, au contraire plutôt indispensable pour le gain aléatoire de nouveauté. Le coût énergétique paraît un problème négligeable par rapport aux bactéries, dont la vitesse des divisions est un enjeu primordial. Une longueur/cumulée excessive de l'ADN serait un boulet pour ces organismes, les mettant rapidement hors compétition.

J'ignore évidemment pourquoi les oiseaux ont relativement si peu de "junk ADN". :D Peut-être parce que celui-ci n'a pas d' "utilité" non plus chez les autres groupes, qui sait ? Mais ce n'est pas par inductions de cette sorte que ce sera déterminé.

Hans a écrit:
Citation:
Et on peut le dire sans complexes: ce terme et concept a été un boulet pour la recherche, qui a eu du mal à y pointer son nez.
Un simple terme suffirait à être un boulet à la recherche? Dès le début les chercheurs se doutaient que parmi ce paquet d'ADN non-codant devait se cacher divers fonction utiles à l'organisme et ils ont donc chercher et ils ont bien découvert des séquences utiles, découverts comment ces séquences l'étaient, qu'elles étaient leur fonction pour l'expression du génome et j'en passe.
Oui, continue à répondre "Ah bon, il pleut ?" lorsque j'écris que mon parapluie est rouge... Ca ne me dérange même pas, je m'y suis habitué.

Ta proposition ici est une réinvention du monde comme le font les enfants, dépeint comme il leur plairait qu'il soit et qu'il ait été. Mais un terme et une compréhension (j'ai écrit concept, mais tu as omis de le relever, hein) du genre : "c'est une partie inutile, résiduelle, poubelle, le junk ADN" (un nom bien craché pour un concept bien explicite, en effet !), c'est amplement suffisant pour que les recherches soient majoritairement orientées ailleurs. Tu me parais bien naïf pour le coup.

Une partie des découvertes est fortuite, ou indirecte. On découvre un élément régulateur puis il se fait que son agent causal est localisé hors exons. Point. Inutile d'envisager - même si c'est parfois le cas -, que la zone de recherche fut explicitement le junk ADN. Les mécènes, les directeurs de recherche, les chercheurs eux-mêmes, ont des scrupules à investir du pognon pour des recherches dans un lieu traditionnellement appelé "poubelle", considéré inutile par quasiment tous les spécialistes jusque récemment, et c'est assez compréhensible qu'ils préfèrent investir et chercher ailleurs que dans la poubelle.
On ferait tous facilement pareil, non ? Tu ferais volontiers des recherches sur les tétons des dinosaures, toi ? Pas moi...
Au cas où, c'est peut-être utile de rappeler que pas mal de chercheurs ne cherchent pas seulement parce que sous contrat, mais avec l'ambition de trouver kekechose.

Combien de recherches ont été lancées sur des méthodes, molécules et psychothérapies, pour guérir de l'homosexualité depuis que celle-ci n'est plus considérée comme une maladie par la bible de la psychiatrie ? Il n'y en avait peut-être pas beaucoup avant, mais il n'en faut pas plus que ça pour orienter les recherches dans un sens ou les désengager ailleurs. Bien entendu, il y aura toujours quelques loufs qui entreprendront des recherches visant à soigner les gays.

Citation:
Attends-voir de quoi cause-t-on concrètement de 60% d'ADN non-codant régulant le génome? À ma connaissance nous n'avons pas pareils chiffres aujourd'hui ou alors tu veux simplement dire que 50% à 60% de l'expression génétique vient des séquences non-codante? Là aucun problème mais ça ne nous dit pas combien du pourcentage des séquences non-codantes, sont réellement fonctionnels. Note je ne hurle pas que cela ne démontre rien, je dis simplement que la découverte de séquences régulatrices importantes dans l'ADN non-codant ne représente pas à ce jour une démonstration que la majorité de cette ADN non-codant est réellement fonctionnel au sens évolutionniste du terme!

Il n'y aura peut-être jamais de quantification chiffrée de cette sorte.

Image

Imagine que ce chandelier suspendu soit l'ADN et ses diverses fonctions; que les ampoules soient les gènes codants, que le reste soit disséminé parmi les non ampoules du candélabre. Tu pourras compter les ampoules, les perles, les bricoles, les peser, etc. Mais comment pourrait-on quantifier en % la part d'importance et la participation des uns par rapport aux autres, entre bougies, support, cordelettes, pour la formation du puzzle candélabre ?
Chais pas, mais je doute qu'une tentative pour le candélabre soit bien convaincante. Les sciences ont une étroite limite dans la quantification. Due à la rigueur de son exigence ? J'en sais rien, mais qui ne correspond ni aux choses floues, subjectives, émotionnelles, ni aux découpages symboliques que notre psychisme est capable de forger.

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MessagePosté: 12 Sep 2013, 12:38 
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Salut Archie Cash

Je reviens en vitesse sur deux ou trois points sans hélas les développer énormément, j'aurais voulu développer davantage certains autres tes propos forts intéressants d'ailleurs, mais je manque de temps et d'énergie.

Archie Cash a écrit:
L'hypothèse concernant les oiseaux est plausible mais simpliste, je ne l'achèterais pas bien cher. Vu déjà que les duplications de séquences et de génomes est ou a été un processus fort pour l'innovation, vu le nombre de contre-exemples - notamment chez les petits mammifères, les plantes, etc.

Certes d'ailleurs il me semble que T. Ryan Gregory lui-même opte, comme beaucoup d'autres chercheurs pour un certain pluralisme c'est-à-dire que différents facteurs peuvent impacter la taille du génome des organismes. Affaire à suivre!

Archie Cash a écrit:
Oui, continue à répondre "Ah bon, il pleut ?" lorsque j'écris que mon parapluie est rouge... Ca ne me dérange même pas, je m'y suis habitué. Ta proposition ici est une réinvention du monde comme le font les enfants, dépeint comme il leur plairait qu'il soit et qu'il ait été.

Image

Archie Cash a écrit:
Mais un terme et une compréhension (j'ai écrit concept, mais tu as omis de le relever, hein) du genre : "c'est une partie inutile, résiduelle, poubelle, le junk ADN" (un nom bien craché pour un concept bien explicite, en effet !), c'est amplement suffisant pour que les recherches soient majoritairement orientées ailleurs. Tu me parais bien naïf pour le coup.

Là je pige mieux car dire que mes précédents propos témoignent d'une naïveté je veux bien mais dire que mes mêmes propos consisteraient carrément à réinventer le monde là j'ai quand même l'impression que c'est exagérer la portées de mes propos! Mais soit si je te comprends bien le généticien Susumu Ohno aurait malgré lui, nuit à la recherche sur des portions entière du génome simplement en popularisant le concept de «Junk DNA»? D'avance ne m'en veux pas si je caricature tes propos ce n'est pas volontaire c'est juste ce que je comprends sincèrement et sans mauvaise foi aucune de tes présents propos. Maintenant si tu veux nuancer n'hésite pas parce que j'aurais mal compris n'hésite pas. Toujours est-il au cas où j'aurai pigé, je signale que dans l'extrait que tu cites, celui où j'aurais refait le monde, j'avais simplement en tête les diverses références scientifiques des années 1970 à 1990 complilé par T. Ryan Gregory sur l'ADN non-codant et ses possibles fonctions, note également cette publication de 1994 déjà sur la question. Bien évidemment je suis peut-être encore naïf et T. Ryan Gregory serait lui aussi naïf ou pire de mauvaise foi, je n'en sais rien, mais sincèrement peux-tu démontrer que le concept de «Junk DNA» a réellement nuit à la recherche et/ou a réellement représenté un boulet? Remarque moi je ne peux pas démontrer le contraire, je me demande même si on peut objectivement démontrer quoi que ce soit sur cette question mais donc oui je n'ai pas l'impression que le concept de Susumu Ohno ait eu un impact négatif comme tu le sembles le dire ici et cela sans intention de réinventer le monde hein encore une fois si tu as une démonstration du contraire je ne m'en plaindrais pas!

Archie Cash a écrit:
On ferait tous facilement pareil, non ? Tu ferais volontiers des recherches sur les tétons des dinosaures, toi ? Pas moi...

«Heu... Encore une fois, comment êtes-vous sûr que ce ne sont que des femelles? L’un de vous se promène dans le parc et soulève les jupes des dinosaures?» Ian Malcolm, Jurassic Park, 1993

Archie Cash a écrit:
Imagine que ce chandelier suspendu soit l'ADN et ses diverses fonctions; que les ampoules soient les gènes codants, que le reste soit perdu parmi les non bougies du candélabre. Comment pourrait-on quantifier la part de fonctions et l'importance des uns par rapport aux autres, entre bougies, support, cordelettes, etc. ? Chais pas, mais je doute qu'une tentative pour le candélabre soit bien convaincante. Les sciences ont une étroite limite dans la quantification, due à la rigueur de son exigence ? J'en sais rien, mais qui ne correspond ni aux choses floues, subjectives, émotionnelles, ni aux découpages que notre psychisme est, lui, capable de forger.

Je penses que j'ai pigé ce qeu tu veux dire, en fait je l'avait déjà pigé que tu as proposé l'hypothèse voulant que les multiples ARN apparemment sans fonction pourraient de manière stochastique interagir avec des proétines en modifier l'activité, etc, etc (par stochastique ça veut dire que sur les multiples ARN seuls certains «tirer au sort», donc rencontreraient des protéines, mais donc il en faudrait beaucoup pour que les protéines aient une chance d'en croiser), bref et qu'à ce moment la frontière entre «fonctionnel» et «non-fonctionnel» est floue pas catégorique du tout, bref qu'on ne ne sait pas! Ca me séduit assez je dois dire, sincèrement, ça reste compatible avec l'idée d'un génome nullement optimale avec quelques séquences dont on pourrait se passer mais dans quelles proporition on l'ignore donc considérant le rôle plus ou moins diffus et indirect que peut avoir une partie non-négligeable du génome. Bref je garde ta présente proposition au chaud en te remerciant de l'avoir partagé ici!

Dernière chose pour ton précédent message sur la question des séquences d'ADN conservés et non-conservés, nous sommes d'accord mais donc j'ai encore du mal à me faire une idée de cette question concernant les séquences conservé depuis notre dernier ancêtre commun avec le chimpanzé, car j'avais lu autre part que justement les séquences codantes seraient en moyenne davantage conservés que le reste du génome avec certes malgré tout également des séquences dites non-codantes fortement conservées elles aussi. Mais bon pas la peine que tu reviennes ici sur cette question je la creuserai moi-même davantage dès que j'aurais le temps! Aller merci pour tes présentes réponses et salut!


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MessagePosté: 12 Sep 2013, 14:28 
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Hans a écrit:
Dernière chose pour ton précédent message sur la question des séquences d'ADN conservés et non-conservés, nous sommes d'accord mais donc j'ai encore du mal à me faire une idée de cette question concernant les séquences conservé depuis notre dernier ancêtre commun avec le chimpanzé, car j'avais lu autre part que justement les séquences codantes seraient en moyenne davantage conservés que le reste du génome avec certes malgré tout également des séquences dites non-codantes fortement conservées elles aussi. Mais bon pas la peine que tu reviennes ici sur cette question je la creuserai moi-même davantage dès que j'aurais le temps! Aller merci pour tes présentes réponses et salut!

Pas mal de séquences/gènes très très conservés (anciens) sont connus sur les gènes codants, bien évidemment. La majorité je pense, c'est assez logique. Ils sont parfois estimés à > 600 Mo d'années. A même été reconstituée l'évolution de certains groupes de gènes hautement conservés, car ils ont été suffisamment conservés justement: 13 Hox (comme les mouches) chez le proche "ancêtre" prochordé, puis multiplication *2*2 (52 Hox), puis - 8 Hox, donnant 44 chez l'ancêtre vertébré, puis perte ultérieure de 5 donnant 39 Hox chez souris, etc. Tout cela reste hypothétique mais assez précis, en revanche la notion de "conservation" allant de "très très très à peu", reste évasive car ce sont des considérations relatives. Pour ce qui me concerne, je serais bien incapable de citer autre chose que quelques gènes hautement conservés, tous codants. Ben tiens ! 40 ans de "junk ADN"... ça laisse des séquelles. :D

J'ai lu des chiffres allant de 4 % à bien plus, jusqu'à > 20 %, pour les gènes/séquences highly conserved chez l'homme. Ces différences ne m'étonnent pas du tout, puisque la notion de conservation n'est pas issue de mesure ni d'observation mais une considération indirecte, forgée/extrapolée de divers indices-éléments (voir 2 messages plus haut), dont certains ne sont à leur tour pas non plus des observations :D : l'ancienneté d'un gène p.e. peut être estimée, parfois assez précisément, mais est extrapolée de divers indicateurs. Elles n'est pas mesurée, elle n'est pas une observation. C'est pareil pour la notion de "conservation": elle représente plusieurs vectorielles, à leur tour elles-mêmes des extrapolations, dont l'homologie... L'homologie elle-même n'est pas non plus une observation. Les observations ici seraient a) des séquences similaires chez plusieurs taxons, éventuellement b) des conséquences similaires chez les phénotypes de divers groupes, etc.
Conséquences expérimentales sur phénotype + similitudes d'une séquence sont des observations, dont on peut extrapoler/déduire, à l'aide d'autres indications, que les organes/séquences sont homologues (ou pourquoi pas analogues, ayant résulté en similitudes de par les diverses facéties de l'évolution). Mais ni l'homologie ni la conservation, ni l'ancienneté (on ne parle pas de mesure C14) d'un caractère/séquence ne sont le résultat d'observations.

J'ai lu ici ou là, que "Le 90 à 95 % du DNA humain ne sert à rien car la conservation de l'ADN est de 4 %"... Et comme ce genre d'objections, peu importe le chiffre fourni, sont à mes yeux irrecevables, j'ai tenté de développer - maladroitement car en me relisant je m'y serais pris autrement - la portée épistémologique (*) de la notion de "conservation" que tu avais aussi proposée. Mettant en avant le focus que je développe un peu ici: on ne peut pas réfuter ce qui semble être issu d'observations (les données) par une notion, aussi utilitaire et fondée qu'elle soit, qui elle est un concept issu d'un ensemble de déductions. Ca ne nous apprendra rien et ne réfutera rien sur l' "utilité" de x séquence pour le phénotype.

(*) épistémologiqueuse, donc une explication sous ma plume sera évidemment un charabia, car ne trouvant pas et ne connaissant pas les termes précis, je me sers donc de proches synonymes comme ils me viennent. Pas grave, l'important est de relever qu'objecter "conservé" (déduction) à ce qui ressemble à des données (observation) est déjà une faute technique, en plus de ne rien démontrer.

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"Je veux qu'on me prenne pour un con car j'en suis un, qu'on me parle simplement pour que je capte bien car je suis idiot: si on me regarde et qu'on me parle sans égards, c'est déjà me considérer à peu près normal et pas uniquement comme un handicapé physique ou un déficient mental."


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MessagePosté: 18 Sep 2013, 14:48 
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Salut à tous, salut Hans,
Hans a écrit:
Bien évidemment je suis peut-être encore naïf et T. Ryan Gregory serait lui aussi naïf ou pire de mauvaise foi, je n'en sais rien, mais sincèrement peux-tu démontrer que le concept de «Junk DNA» a réellement nuit à la recherche et/ou a réellement représenté un boulet? Remarque moi je ne peux pas démontrer le contraire, je me demande même si on peut objectivement démontrer quoi que ce soit sur cette question mais donc oui je n'ai pas l'impression que le concept de Susumu Ohno ait eu un impact négatif comme tu le sembles le dire ici et cela sans intention de réinventer le monde hein encore une fois si tu as une démonstration du contraire je ne m'en plaindrais pas!

Susumu Ohno n'a pas inventé le concept d'ADN inutile. L'idée le précédait depuis longtemps, puisqu'on ne connaissait aucune fonction à > 95 % et que de l'ADN résiduel est cohérent avec la théorie de l'évolution. Si on doit à Ohno seulement le terme de "Junk DNA", ce n'est donc pas à lui spécialement que devrait être "reproché l'éventuel impact" (= la moindre recherche dans cette zone non codante) mais plutôt à ceux qui ont précédé et suivi, théorisé et/ou maintenu dogmatiquement que la région non codante n'a pas de fonctions, car résiduelle (junk). Tous ceux qui ont suivi sans remuer une oreille ? Y a foule au portillon ! .

Des preuves comme au tribunal, je n'en ai pas.
J'ignore aussi dans quelle mesure l'idée de résidu inutile ou le mot Junk posé dessus, a été plus capital que l'autre pour le quasi néant qu'a été la recherche scientifique dans cette vaste région génomique. Je laisse ces quantifications à qui n'en veut.

Mais tu as toi-même fourni une très bonne documentation démontrant le peu d'études à ce sujet, pour autant qu'on considère que Ryan Gregory ait voulu réunir un bon nombre de recherches durant des décennies, voire une certaine exhaustivité: les liens de Gregory sont un désert de Gobi (une moyenne pifométrique de 1 à 10 publis/an) si tu le compares à n'importe quelle année entre 1988 et 2003, où la production mondiale de publications scientifiques et techniques va, en moyenne, de 400'000 à 600'000 (ça c'est pour celles "couvertes par le Science Citation Index (SCI) et le Social Sciences Citation Index (SSCI) (source wiki)". Tu peux doubler le chiffre si tu comptes les non SCI-SSCI, lequel chiffre tu divises par ton estimation de la proportion de recherche médicale, pharmaco, ingéniérie et bioévolution autour de la génétique. Divise par 40 ou par 200, peu importe. On tombera de toutes manières sur des estimations loin du désert de Gobi.

Je rappelle qu'il y a plus d'une trentaine d'années et jusqu'à récemment (1), des gars comme Dawkins et plein d'autres répétaient comme un perroquet que "Le junk adn sans fonctions est une prédiction de la ToE", rien que ça... en même temps que des découvertes de régulateurs hors exons se publiaient... mais rien que l'impact médiatique de Dawkins en vulgarisation + celui d'autres ayant plus d'importance chez les scientifiques et les étudiants, suffit pour que cette vaste région (> 90 %, estimations de l'époque) soit + négligée que d'autres par la recherche.

Un article, par l'exemple des transposons : http://www.nature.com/scitable/topicpag ... k-dna-1211

<< Transposable elements (TEs), also known as "jumping genes" or transposons, are sequences of DNA that move (or jump) from one location in the genome to another. Maize geneticist Barbara McClintock discovered TEs in the 1940s, and for decades thereafter, most scientists dismissed transposons as useless or "junk" DNA. McClintock, however, was among the first researchers to suggest that these mysterious mobile elements of the genome might play some kind of regulatory role, determining which genes are turned on and when this activation takes place (McClintock, 1965).

At about the same time that McClintock performed her groundbreaking research, scientists Roy Britten and Eric Davidson further speculated that TEs not only play a role in regulating gene expression, but also in generating different cell types and different biological structures, based on where in the genome they insert themselves (Britten & Davidson, 1969). Britten and Davidson hypothesized that this might partially explain why a multicellular organism has many different types of cells, tissues, and organs, even though all of its cells share the same genome. Consider your own body as an example: You have dozens of different cell types, even though the majority of cells in your body have exactly the same DNA. If every single gene was expressed in every single one of your cells all the time, you would be one huge undifferentiated blob of matter!

The early speculations of both McClintock and Britten and Davidson were largely dismissed by the scientific community. Only recently have biologists begun to entertain the possibility that this so-called "junk" DNA might not be junk after all. In fact, scientists now believe that TEs make up more than 40% of the human genome (Smit, 1999). It is also widely believed that TEs might carry out some biological function, most likely a regulatory one—just as McClintock and Britten and Davidson speculated. Like all scientific hypotheses, however, data from multiple experiments were required to convince the scientific community of this possibility."


Bref, Graur et Gregory peuvent prétendre et répéter à qui de droit que "des fonctions dans le junk DNA étaient déjà connues et/ou supposées ; que cette notion de Junk n'a pas ralenti la recherche ou que sais-je (le prétendent-ils ?, j'en sais rien) ; qu'Encode n'a rien découvert d'important mais uniquement cartographié des régions... que ci ou ça, fonctions patati et patata"... : les mensonges du diable ont toujours une part de vérité.
Si vraiment les données d'Encode (sur notre espèce !) ne percutaient pas leurs théories sur le Junk ADN (en général), il n'aurait pas ainsi hurlé contre ENCODE dans sa publication désormais légendaire, allons. Il n'aurait pas non plus hurlé que "Si ENCODE a raison, alors l'évolution est fausse". :mrgreen:

Citation:
Bien évidemment je suis peut-être encore naïf et T. Ryan Gregory serait lui aussi naïf ou pire de mauvaise foi
Je pense - mais sans pouvoir le prouver - que Gregory (et Graur) est de mauvaise foi (pour le sujet en question/Encode et dans sa communication), car il a quelque chose à défendre ; c'est finalement sa vie de chercheur en "évolution de la taille de l'Adn" qui est remise en question. En quelque sorte, il craint qu'ENCODE n'ait pas tort.
(*) biologist specializing in genome size evolution, ça ne s'invente pas sa spécialité bien pointue, très/trop pointue, vertigineusement pointue. Ca fout le vertige toutes ces pointes.

Citation:
[...] Bref je garde ta présente proposition au chaud en te remerciant de l'avoir partagé ici!

De rien Hans, c'est un hobby et un plaisir d'échanger. Sinon, j'aurais déjà vendu mon mot de passe et mon avatar sur e-bay, pour le prix d'un paquet de chewing-gums.


(1) le dogmatisme dans la ToE ne concerne pas que les créationnistes. Les scientifiques théoriciens gradualistes ultra-adaptationnistes sont des dogmaticiens. Inspirés de leur intuition et convictions forgées depuis longtemps, ils font - pour les plus excessifs - la sourde oreille aux nombreuses avancées et découvertes EVO-DEVO. On ne peut pas les appeler autrement que dogmaticiens.

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MessagePosté: 18 Sep 2013, 17:13 
Neo
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Inscription: 15 Juin 2007, 16:30
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Salut Archie Cash

Merci pour tes présentes réponses! Et donc pour attaque le Beefsteak j’ignore si la liste proposée par Gregory est exhaustive et je pense que nous ne pouvons donc au final que spéculer sur l’impact réel qu’aurait eu la notion de «Junk DNA» sur la recherche en matière d’ADN non-codant, si l’impact a été important ou à l’inverse négligeable en comparaison notamment des avancées techniques ayant également pu contribué aux diverses et récentes découvertes pour un part de l’ADN non-codant. Mais quelle part en tout, là encore je n’en sais rien. Sur ce point je ne rejette pas en bloc tes impressions, mais disons simplement que je ne suis pas convaincu, encore que la citation de Richard Dawkins est poilante car venant d’un ultra-darwinien comme lui j’aurais pensée qu’il aurait défendu dès le début que la majorité de notre génome est pour la majeure partie fonctionnel c’est-à-dire façonné par la sélection naturelle.

Quand à Gregory, bon ne penses-tu pas qu’on pourrait au moins lui laisser le bénéfice du doute sur sa bonne foi, parce que bon il soulève quand même de bonne questions dans ses travaux me semble-t-il, et puis même si ENCODE avait raison (mais raison sur quoi au juste, voir ci-dessous) ça n’enlèverait en rien la pertinence des question que soulève ses travaux sur la taille des génome de divers organismes autre que nous autres les êtres humains. Mais tient je reviens sur l’article que tu cites ici à savoir l’historique autour des Transposons comme tu le devines ici Gregory n’est guère d’accord avec cette manière de présenter la chose mais en même temps ne montre non-plus pas le démonstration du contraire, et donc comment suis-je sensé me faire une opinion sur la question? L’article affirme que la théorie de Barbara McClintock a été largement rejetée par la communauté scientifique? Ca veut dire par la majorité des généticiens de l’époque? Mais donc on peut envisager les deux propositions suivantes.

1. La majorité des chercheurs de l’époque (généticiens, bio-évolutionnistes) considéraient l’ensemble des Transposons comme non-fonctionnels, et rejetaient l’idée même que certains des dits puisse avoir une fonction?

2. La majorité des chercheurs considéraient qu’une partie de Transposons pouvaient être fonctionnels mais se montraient néanmoins dubitatifs face à la proposition de Barbara McClintock?

Et on peut ajouter d’autres proposition sur ce point, personnellement j’ignore vraiment ce qu’il en était et je me demande si on peut vraiment le savoir sauf peut-être à fouiller pendant des mois voir des années les archives scientifiques à ces sujet chose qu'on prendrait le temps de faire que si l'on était grassement payé pour le faire! Encore que je suis d’accord pour dire que certains scientifiques sont véritablement dogmatiques, pas besoin de me convaincre je suis en phase avec toi mais ici sur cette question précise à savoir y avait-il réellement un dogmatisme étouffant avec une majorité de chercheurs fermés à l’idée que l’ADN non-codant puisse être fonctionnel au point d’en affecter gravement la recherche? Ben je ne suis pas convaincu c’est possible mais peut-être n’était-ce pas le cas.

Enfin concernant le truc voulant que si ENCODE a raison donc la Théorie de l’Évolution est fausse», je ne le pige pas non-plus et cela pour plus d’une raison. Premièrement ENCODE aurait raison sur quoi? Comme tu l’avais souligné toi-même, on dirait que Graur attribue à la publication de ENCODE une définition du mot «fonction» qui n’était pas la sienne mais celle des divers mauvais reports médiatiques. Car la publication de ENCODE ne stipule pas que 80% de notre génome est fonctionnel au sens évolutionniste du terme, chose qu’ont rappelé par la suite des auteurs de la publication du projet ENCODE eux-mêmes. Bref rétrospectivement je ne vois pas où se situe le problème. Maintenant si je reprends ta propre proposition voulant que la majorité de notre génome ait un rôle très diffus sans dichotomie nette entre fonctionnel et non-fonctionnel, ben rien d’incompatible avec la Théorie de l’Évolution, ça ne veut même pas dire que notre génome est optimale, loin de là, même si ça ne veut pas dire non-plus que l’on pourrait se passer de la majorité de notre génome donc du génome humain pas même du génome des multiples autres espèces!

Pour le reste sur la conservation du génome, je pige à présent assez bien ce que tu veux dire mais donc je devrais, quand j’aurais à nouveau du temps libre à ne plus savoir qu’en foutre, c’est-à-dire pas avant longtemps, prendre davantage de temps à relire diverses publications sur les divergences Hommes-Chimpanzés. J’espère également gagner à l’Euromillion vendredi prochain et là je pourrais m’acheter plein de temps libre on peut rêver poils au nez!

Aller mencore merci pour ces échanges ça m’a également fait plaisir aller salut!


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MessagePosté: 18 Sep 2013, 17:44 
Défioliant
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Inscription: 25 Jan 2005, 00:24
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Citation:
Gregory n’est guère d’accord avec cette manière de présenter la chose

Tu m'étonnes...
J'adore sa manière de réfuter: un copier-coller d'une introduction en soulignant en gras ce qui lui paraît dogmatique.
Et ce type répond comme un parfait trou de balle à un intervenant :
Gregory: "The supposed history is completely false."
(il dit qu'elle est fausse, mais ne juge même pas utile de fournir une seule virgule à ce sujet)

Puis ensuite, lorsqu'un intervenant ajoute, un peu sarcastique:
"False – how so? Your links to quotes-out-of-context are useless. Pretend that I’m an undergrad Bio 1 student reading this stuff and that I really want to understand your criticism. Seriously. And remember, the article is about TEs and their function(s) and what scientists know (or don’t know) about that, not the whole junk DNA debate or whatever it is that you seem so embroiled in, so please don’t confuse the issues. You risk coming across like all those evolutionary biologists do in Flock of Dodos (i.e., as a dodo). TE Junkie still perplexed by your over-the-top criticism"

Gregory répond:
"Accusation that the quotes are out of context implies that a) you have read the papers referenced, and b) you interpret them differently. We can make it simpler than establishing that, however. Simply show me examples from the period in question where people dismissed the possibility of function in “junk” DNA."

Ce type est un trouduc et je l'ignorais. Tu aurais mieux fait de cacher la page de lui que tu as linkée...
:evil: La question est de nier/réfuter que les recherches ont été très majoritairement orientées vers les régions codantes, les autres régions plus négligées durant des décennies. Or il ne le nie pas frontalement, il n'ose pas, tout simplement sinon il faudrait quantifier et cela ne l'arrange pas du tout. Il se sert donc d'une petite astuce rhétorique indirecte, et demande à l'interlocuteur: "where people dismissed the possibility of function in “junk” DNA"... c'est quand même un petit peu un pauvre type, hein, qui visiblement a un morceau à défendre.

Il n'y aurait pas vraiment à chercher durant des mois pour trouver des opinions, et rien que des opinions sans trace de preuve directe, si tu prenais en considération l'opinion de très nombreux chercheurs, anciens, qui ont vécu de près cette période de l'histoire... et non uniquement celle d'un Gregory qui a une cause à défendre, visiblement. Des gens qui s'expriment à ce sujet sur des pages web éparpillées dont je t'ai linké une assez exemplaire. Ca devrait foisonner dans toutes les langues: des traces d'opinions similaires à la mienne sur internet, des opinions sur un secret de polichinelle à fouiner avec ouverture d'esprit et non pas uniquement chez Graur et Gregory, les 2 gars qui ont justement une "cause" différente à défendre, leur carrière étant directement impliquée.
Voici un discours de la découvreuse des transposons elle-même, lors de son prix Nobel en 1983:
Barbara McClintock's speech at the Nobel Banquet, December 10, 1983

http://www.nobelprize.org/nobel_prizes/ ... peech.html

Tu y liras de sa propre bouche que la recherche scientifique l'a dismissed and ignored... :D Évidemment, même si c'est un cas historiquement célèbre de découverte "dismissed and ignored", tu n'es pas obligé de la croire.
Vaut mieux croire Gregory lorsqu'il affirme son credo anhistorique sans aucun argument, n'est-ce pas ?

Voyons pour les quelques données, utilitaires pour quantifier un peu (si tu connais une meilleure approche, fais-moi signe):

- si la région non codante (de protéines) en gros c'était > 90/95 % de l'ADN, communément appelée "Junk DNA", car on va s'éviter les petits ajouts ultérieurs sur garbage distingué de junk par les théoriciens.
et
- si la recherche scientifique n'avait nullement tenu compte de rien d'autre qu'une recherche systématique séquence par séquence, indépendamment de toute autre considération... tu devrais retrouver un ratio équivalent à 20:1.

Ce n'est pas le cas. Au lieu d'un proche 20:1, le ratio optimiste de 1:40 de publis au bénéfice des régions codantes est celui que j'ai estimé (il dépasse 1:400 en mode pessimiste). Tu multiplies alors 1/40 par 1/20 et tu te retrouves avec une estimation optimiste mais encore plus sévère sur la disproportion et orientation qu'a prise la recherche, privilégiant les régions codantes au détriment des régions considérées junk. Ca ne te prouvera pas pourquoi, mais tu ne peux pas dire, certainement pas, que les régions ont été équivalentes du point de vue nombre de recherches.
Et la raison tu ne l'ignores pas vu le nombre de traces, vu que l'esprit humain fonctionne majoritairement ainsi.

Citation:
Quand à Gregory, bon ne penses-tu pas qu’on pourrait au moins lui laisser le bénéfice du doute sur sa bonne foi

Il n'a pas besoin de ma bénédiction. Toi non plus. Vous pouvez vous marier devant le maire.
Il est de bonne foi si tu veux, mais plus concerné que quiconque et certainement pas de bonne foi dans le lien que tu as fourni. Il défend son pain quotidien et quasiment toute sa vie de théoricien-chercheur.

Ma position tu la connais je l'ai déjà exposée: je ne doute pas une seconde qu'une énorme part d'ADN résiduel se soit accumulé dans notre génome, mais considérer/affirmer qu'il n'ait pas de participation (allant de résiduelle/négligeable/indiscernable à récupérée/accusée/détectable/) à la synthèse du puzzle, est dogmatique. Le mot Junk DNA est par conséquent aussi merdique qu'inutile (même si les Graur et co ont nuancé leur position), aussi poubellisable scientifiquement que poisson, invertébré ou coelentéré.
Quand bien même il reste de larges zones de séquences absolument inutiles parmi les résidus de l'évolution, le terme junk adn est un boulet déjà trop grignoté, trop esquinté (il était déjà trop a-scientifique lors de sa création), pour perdurer. J'aime bien foutre les vieux trucs équivoques à la poubelle, même s'ils ont des restes valides. Place aux jeunes et aux termes précis, les boulets à la poubelle.

Citation:
Enfin concernant le truc voulant que si ENCODE a raison donc [la Théorie de] l’Évolution est fausse», je ne le pige pas non-plus et cela pour plus d’une raison.

Je ne pige pas bien (ses hurlements) non plus, mais c'est ce qu'il aurait hurlé (evolution is wrong) lors d'une conférence de presse. Il faudrait demander à Graur pourquoi il s'est exprimé ainsi, ou lire le compte-rendu. Probablement à cause, principalement, de la phrase sur "80 % a des fonctions" dans l'introduction de l'article commun d'ENCODE, publié sur Sciences. Ajouté au reste. Le reste étant que, peut-être, Graur a une vision plus mécaniste et moins diffusion/probabiliste que d'autres sur la synthèse/régulation du puzzle.

Citation:
"One of the things that Graur said was that if ENCODE is right then evolution is wrong. "
Now this may be a bit of an exaggeration, but not by much. [...]
(A Moran reportant les dires de Graur)


http://sandwalk.blogspot.ch/2013/07/wha ... icago.html

Citation:
Bref rétrospectivement je ne vois pas où se situe le problème. Maintenant si je reprends ta propre proposition voulant que la majorité de notre génome ait un rôle très diffus sans dichotomie nette entre fonctionnel et non-fonctionnel, ben rien d’incompatible avec la Théorie de l’Évolution, ça ne veut même pas dire que notre génome est optimale, loin de là, même si ça ne veut pas dire non-plus que l’on pourrait se passer de la majorité de notre génome donc du génome humain pas même du génome des multiples autres espèces!

Tu ne vois pas ou tu ne vois plus ? Il y a peu de temps, tu participais pourtant au même buzz en reprenant leurs propres arguments, ici comme ailleurs. Mais bon.

Au cas où, je te rappelle que ce n'est pas moi qui hurle contre ENCODE. Ce sont principalement Graur et Gregory qui ont fait le buzz. Ils ont hurlé justement à cause - et entre autres - du mot fonction, qu'ils ont redéfini (de leur point de vue à eux, plutôt adaptationniste/sélectif, et même pas du point de vue évolutionniste, hein... m'excuse de le préciser, l'évolution ne leur appartient pas, pas plus que le mot "fonction".). Si maintenant tu dis qu'ils n'auraient pas dû hurler, et je suis d'accord avec cela depuis la première page de ce topic, il faut s'adresser à eux, à ceux qui ont hurlé.
Hurlé tellement fort qu'on les a entendus jusque dans ce forum... :D

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MessagePosté: 18 Sep 2013, 20:51 
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Citation:
Ca veut dire par la majorité des généticiens de l’époque? Mais donc on peut envisager les deux propositions suivantes.
1. La majorité des chercheurs de l’époque (généticiens, bio-évolutionnistes) considéraient l’ensemble des Transposons comme non-fonctionnels, et rejetaient l’idée même que certains des dits puisse avoir une fonction?
2. La majorité des chercheurs considéraient qu’une partie de Transposons pouvaient être fonctionnels mais se montraient néanmoins dubitatifs face à la proposition de Barbara McClintock?

Areuh ?

Essaye ainsi, c'est pas moins Hans-Grégorien :
Ca veut dire "par la majorité des généticiens de l’époque?" Mais donc on peut envisager les deux propositions suivantes.
1. La majorité des chercheurs de l’époque (généticiens, bio-évolutionnistes) considéraient les chevaux à ailes d'aigle comme des chimères inexistantes, et rejetaient l’idée même qu'ils puissent exister sur terre ?
2. La majorité des chercheurs considéraient que les chevaux à ailes d'aigle pouvaient peut-être exister mais se montraient néanmoins dubitatifs à envisager des recherches ?

Citation:
j’ignore si la liste proposée par Gregory est exhaustive et je pense que nous ne pouvons donc au final que spéculer sur l’impact réel qu’aurait eu la notion de «Junk DNA» sur la recherche en matière d’ADN non-codant, si l’impact a été important ou à l’inverse négligeable en comparaison notamment des avancées techniques ayant également pu contribué aux diverses et récentes découvertes pour un part de l’ADN non-codant. Mais quelle part en tout, là encore je n’en sais rien. Sur ce point je ne rejette pas en bloc tes impressions, mais disons simplement que je ne suis pas convaincu

Tu ne serais pas convaincu, comme d'autres nient la surpopulation humaine même si on les mettait avec toute leur famille dans un 2 pièces à Osaka... Et tant mieux d'ailleurs, preuve de l'épaisseur de l'engrammage, variable selon l'impact sentimental de la source et la chronologie des lectures: pour déboulonner une première opinion forgée par 4 boulons huilés d'allégeance en sucre, il faudra 16 à 30 boulons à l'huile de foie de morue.

:mrgreen: Croaaaa-moi alors...
les recherches dans la partie junk ADN les plus fructueuses en résultats sont peut-être celles le considérant inerte, junk, ne servant à rien, indépendant de toute pression sélective: cette partie qui est principalement utilisée en recherches de paternité, origines, parentés fines en phylogénétique, etc. Ces recherches (minimes comparativement aux autres sur les régions codantes) ne sont pas utilitaires ici puisque les chercheurs le considéraient junk...
Ce qui durant 50 à 60 ans était considéré comme pouvant avoir des fonctions régulatrices est la toute petite fraction connue à l'époque codant des arn. Je pense qu'environ, voire moins de 1 % était une estimation à l'époque. Actuellement, ça s'est démultiplié. On considère même que, par le repliement de l'ADN, des régulateurs et switchs très distants peuvent agir sur n'importe quel locus. Mais la notion junk étant floue, elle incluait tout ce qui ne code pas de protéines; et tes amis Gregory (et Graur peut-être, je l'ignore) maintiennent encore cette ambiguïté pour prétendre "que la notion de junk adn n'a pas freiné quoi que ce soit". Mon cul !
Tu es un peu engrammé par l'opinion impliquée de ces 2 zigotos il me semble, qui ont peut-être raison sur les 80 % comme exagération, qui sait ?, mais qui défendent leur pain en brandissant épouvantails et révisionnisme, les données d'Encode mordant largement une zone qu'ils ont prétendue "inutile" depuis fort longtemps. Ca les irrite, ils ne hurlent pas pour rien et ne révisent pas (Gregory le tente) l'histoire des sciences pour rien: il y a eu comparativement assez peu de recherches visant la partie considérée inutile, sans fonctions, ne codant aucun arn ni rien. Croire le contraire, c'est être con comme une bite, il suffit de fouiner hors zone junk (=> hors sites web de Graur & Co). Croire que les chercheurs, sponsors, mécènes, décideurs, responsables de recherche, équipes et labos auraient orienté équitablement et symétriquement des recherches indistinctement sur
a) des séquences connues codantes
versus
b) une zone indicible et floue, englobant diverses sortes de machins mais réputée poubelle, inutile, baptisée junk et/ou garbage, sans fonctions car prédit par la ToE... c'est comme croire au Père Noël. Les chercheurs ne sont pas tous débiles, ni surhumains, ni masochistes, ni désintéressés par des résultats potentiels, ni moins enclins que les autres à privilégier les terrains les moins contraignants, donnés comme fertiles.

_________________
"Je veux qu'on me prenne pour un con car j'en suis un, qu'on me parle simplement pour que je capte bien car je suis idiot: si on me regarde et qu'on me parle sans égards, c'est déjà me considérer à peu près normal et pas uniquement comme un handicapé physique ou un déficient mental."


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MessagePosté: 19 Sep 2013, 00:24 
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Non sérieux Archie Cash je suis ouvert à toute comparaisons poilante, mais comparer l’hypothèse de l’utilité de l’ADN codant dans les années 1960 à 1980 à la proposition de l’existence de Pégases, c’est quand même un peu un épouvantail non? Ah moins bien sûr que des recherches sur l’existence des Pégases aient été lancé comme l’avait fait Barbara McClintock pour les Transposons mais donc on attend encore le Prix Nobel! :mrgreen:

Pour le reste je vais faire simple et ne plus croire personne ni Gregory, ni Graur ni toi, enfin pas encore et même si je garde toujours bien au chaud ta proposition initiale concernant le rôle plus ou moins diffus que pourrait avoir peut-être, la majorité de l’ADN non-codant, hypothèse qui me séduit toujours autant. Non je veux simplement essayer tant bien que mal de synthétiser ce que tu m’explique ici de manière, c’est mon impression, quelque peu agacée.

1. Ok donc à l’époque disons des années 1960 à 1990 la plupart des recherches concernaient avant tout l’ADN codant, on s’y focalisait énormément plus que sur le reste et cela pour des raisons que je n'ignores pas vu le nombre de traces.

Je suppose que la raison que je n’ignore pas c’est que l’on considérait l’ADN non-codant non-fonctionnel? C’est cela? Mais attends tu soulèves un autre point qui mérite éclaircissement!

2. «Ce qui durant 50 à 60 ans était considéré comme pouvant avoir des fonctions régulatrices est la toute petite fraction connue à l'époque codant des arn. Je pense qu'environ, voire moins de 1 % était une estimation à l'époque.»

Et tu fais bien de le rappeler! Mais donc pourquoi n’avions-nous à l’époque que cette petite fraction connue? Parce que personne ne cherchait car les considérant d’office comme inutiles? Ou parce que les techniques de l’époque ne permettaient pas d’en détecter davantage? Dit autrement on cherchait moins dans ces zones du génome car on ne savait pas encore comment véritablement chercher? Parce que bon si la plupart des tentatives de l’époque aboutissait dans l’écrasante majorité des cas à des résultats nuls ne pouvant donner que comme résultat des publications «ennuyeuses» avec en toile de fond les fameux «biais de publication», je vois pourquoi les chercheurs privilégiaient les séquences codantes aux autres et cela même si pas fermés à l’idée de l’existence de séquences codantes. Il faut dire que Barbara McClintock a eu en 1983 le Prix Nobel pour ses travaux peut-être également grâce à sa persévérance dans ses recherches face aux difficultés techniques? Au fait je me demande si les réticences initiales à ses théories n’étaient pas parfois liées à un certain sexisme mais bon là c’est une hypothèse gratuite cela va sans dire!

Mais ne t’énerve pas hein, ce n’est pas parce que je me montre sceptique face à tes propos que je te cherche c’est juste que maintenant que tu m’as très justement rappelé de ne pas croire d’office tout ce qu’écrivent Dan Graur et T. Ryan Gregory ce n’est pas pour croire tout ce que tu dis ici et cela même tes dires sont plausibles et pas cons du tout. Surtout que ce que j’ai dit ci-dessus nuance ta proposition mais ne l’exclue pas les deux propositions peuvent même être complémentaires et se rejoindre même si ça nuance l’idée que les recherche aient pu être orienté avant tout vers l’ADN codant simplement parce qu’il fut proposé que l’ADN non-codant est du junk. Mieux si on a fait cette équivalence initiale entre ADN non-codant est Junk, ce n’est justement pas parce qu’à l’époque les techniques ne parvenaient simplement pas à en détecter «l’activité» et donc «l’utilité»? Bah là rien qui n’exclue ton hypothèse peut-être techniques peu-avancée et théorie du junk s’auto-alimentaient en feedback qui sait? C’était mon enculage de mouche de la nuit de rien et merci!

Bref soit content tu as fait d’un croyant un agnostique, ce n’est pas encore un athée, donc peu mieux faire mais tu aurais tort de voir cela comme un échec au contraire soit-en fier!

Aller encore merci pour tes présents échanges! :wink:


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MessagePosté: 19 Sep 2013, 08:25 
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Archie Cash a écrit:
Croire que les chercheurs, sponsors, mécènes, décideurs, responsables de recherche, équipes et labos auraient orienté équitablement et symétriquement des recherches indistinctement sur
a) des séquences connues codantes
versus
b) une zone indicible et floue, englobant diverses sortes de machins mais réputée poubelle, inutile, baptisée junk et/ou garbage, sans fonctions car prédit par la ToE... c'est comme croire au Père Noël. Les chercheurs ne sont pas tous débiles, ni surhumains, ni masochistes, ni désintéressés par des résultats potentiels, ni moins enclins que les autres à privilégier les terrains les moins contraignants, donnés comme fertiles.

Ben nous sommes d'accord et c'est même d'une logique imparable c'est limite si ce n'est pas du «Captain Obvious» à savoir qu'on va prioritairement chercher là où on a de très bonnes chances et cela sans trop de difficultés de trouver des trucs intéressants. Quoi tu pensais que j'étais con comme une bite? Oui c'est bien le cas je suis con comme une bite et même con comme un poil de bite mais aussi incroyable que cela puisse paraître ce truc est également une évidence pour ma petite personne! En revanche je suis hélas suffisamment con pour faire la différence entre «Ah non ces 90% c’est du junk, donc du caca donc on ne cherche pas point barrre» et «ben il y a probablement des trucs intéressants avec ces 90%, mais on sait pas trop comment les trouver et puis ça prendra trop de temps et on nous met la pression pour que l'on trouve quelque chose rapidement, aller allons plutôt vers les 2% codants ça ira plus vite avec quasi-certitude de trouver quelque chose»! Propositions non-exclusives hein, mais instinctivement et non plus sans preuve de type Tribunal j'inclinerais à penser que c'est avant tout la seconde proposition qui a énorémement joué! En effet c'est à mettre en lien avec le fameux «publish or perish» dont on a souvent reproché les effets délétères sur la recherche. Car si le chercheur doit beaucoup publier pour avoir des financements et assurer sa carrière alors il va tout faire pour avoir de la matière à publier quitte à laisser de côté les recherche s'annonçant d'avance trop longues et sans certitudes de résultats notamment peut-être dans ce cas-ci en raison de techniques pas encore suffisamment au point! Mais attends je tiens à être de bonne foi, la question qui se pose serait donc est-ce que c'est l’idée de région non-codantes non-fonctionnelles qui expliquerait en grande parti pourquoi on n’aurait alors pas investi davantage de temps et d’argent dans ces portions non-codantes du génomes? Ou alors est-ce tout d'abord parce qu'on y trouvait rien ou pas grand chose et/ou qu'on ne savait pas comment trouver alors qu'on avait encore plein de chose à trouver dans le région codantes ou là on pouvait rapidement et facilement? Bah d'ici là j'ai l'impression qu'on va tourner en rond et que tu vas de nouveau te fâcher pourtant faut pas c'est quand même pas comme si on refaisait réellement le monde!

Dernier point concernant Barbara McClintock, je ne remet pas en cause sa parole mais donc le rejet de ses travaux par ses pairs étaient-ils vraiment attribuable à l'idée que l'ADN non-codant est non-fonctionnel? Sur la page Wikipédia consacrée à Barbara McClintock on peut lire la proposition référencée suivante: «McClintock's discovery challenged the concept of the genome as a static set of instructions passed between generations». Ce qui rejoint ce que j'avais déjà pu lire sur les avancées de la biologie moléculaire au milieu du vingtième siècle, à savoir qu'avant cette période on percevait le génome comme quelque chose de rigide et de statique, l'idée de transposons s'opposant à elle-seule à cette conceputalisation du génome et c'est ça me semble-t-il qui a fait l'objet de rejets dogmatiques, Barbara McClintock semble avoir été l'une des première à avoir remis en cause cette conception du génome, chose qui a donc mal passé au début, le fait que c'est une femme n'a peut-être pas aidé à faire passé ses travaux au sein de la communauté scientifique. Ensuite arrive justement de nouvelles techniques et la découverte de la fluidité de notre génome confirmant les travaux de Barbara McClintock avec au final en 1983 un Prix Nobel qui me semble effectivemment amplement mérité et cela seulement onze ans parès que Susumu Ohno ait formulé le fameux terme «junk DNA»! Mais donc je ne rejette pas tes propositions peut-être as-tu d'autres lien sur Barbara McClintock incriminant la notion de «junk DNA», disons simplement que pour l'instant au regard ce que j'ai lu jusqu'ici je n'ai pas l'impression que ce soit cette dernière notion de «junk DNA» qui est responsable du rejet parfois sectaire auquel a pu être confronté Barbara McClintock!


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MessagePosté: 19 Sep 2013, 17:08 
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Hans, tu te fais un petit cinéma marrant avec ton agnosticisme et je ne sais quelles idéations entre rigidité de l'ADN, difficultés techniques, Barbara McClintock, tout cela car Graur t'a engrammé sur autre chose. J'approuve que tu ne croies personne sur parole, ni moi ni personne, c'est une excellente résolution pour se dé(pro)grammer.

Pourtant la "réalité" de ce qu'il s'est passé durant 50 ans est, bien que complexe, assez flagrante et indiscutable. Les difficultés que tu spécules (lesquelles ?) sont plus rapidement surmontées lorsque l'on se concentre, qu'on accorde plus d'intérêt à quelque chose, que l'on ne le considère pas comme majoritairement inutile ou simplement résiduel, inerte ou sans fonctions car la théorie le prédirait... et que le contraire nous inconforte ou nous encombre. Tout cela est lié, que ce soient ces transposons ou toute idée proche-épigénétique.
A ce titre, l'exemple de Barbara McClintock est exemplaire car "ses transposons furent considérés inutiles (avant même que le mot junk ne soit posé sur les séquences non codantes/"inutiles :D ) car ils furent crus sans fonction aucune" . [...] "Ils furent durant longtemps considérés comme une classe particulière (de "Junk") avec la seule capacité de se déplacer (de transposer), malgré que les preuves de fonction s'accumulaient".
... et d'après d'autres indicateurs dont Barbara elle-même: elle, ses collègues (et son travail) furent boudés par une bonne partie de la communauté scientifique, rarement invités où que ce soit, etc.

Mais tu peux tortiller des fesses autant que tu veux, cela ne devrait pas t'empêcher d'utiliser Google pour trouver des textes bien fichus reportant partie de cette période récente (on y est encore dedans, suffit de lire ta difficulté à admettre l'évidence):

A Brief History of the Status of Transposable Elements: From Junk DNA to Major Players in Evolution
http://www.genetics.org/content/186/4/1085.full

Citation:
Non sérieux Archie Cash je suis ouvert à toute comparaisons poilante, mais comparer l’hypothèse de l’utilité de l’ADN codant dans les années 1960 à 1980 à la proposition de l’existence de Pégases, c’est quand même un peu un épouvantail non? Ah moins bien sûr que des recherches sur l’existence des Pégases aient été lancé comme l’avait fait Barbara McClintock pour les Transposons mais donc on attend encore le Prix Nobel!

Vi, c'est vrai. J'ai proposé un exemple trop caricatural. Remplace le pégase par l'ours ou le renard de l'Antarctique p.e., nettement moins impossibles, et ça ira mieux. Ou autre exemple de ton choix.

Mé non, tu n'es pas con du tout. Par contre je ne vais pas entrer dans ton dernier point qui concerne ce qui s'est passé dans la tête des gens:
Citation:
En revanche je suis hélas suffisamment con pour faire la différence entre «Ah non ces 90% c’est du junk, donc du caca donc on ne cherche pas point barrre» et «ben il y a probablement des trucs intéressants avec ces 90%, mais on sait pas trop comment les trouver et puis ça prendra trop de temps et on nous met la pression pour que l'on trouve quelque chose rapidement, aller allons plutôt vers les 2% codants ça ira plus vite avec quasi-certitude de trouver quelque chose»!

autre option: "ben, y a peut-être kekechose dans cette région non codante, mais je me marie l'an prochain, donc j'ai autre chose à foutre". etc.

Mon point n'est pas de connaître ni investiguer sur les pensées fines dans la tête des gens, ni quels agents ont entraîné leurs prises de décisions. Ca ne me regarde pas, et on ne le saura jamais.
Mon point est que, malgré que des gens aient supposé que des fonctions puissent exister kekepart hors des séquences codantes et/ou régulatrices connues, ce qui fut le cas et quelques fonctions furent trouvées, la recherche a été majoritairement orientée ailleurs (amplement vérifiable, estimation quantifiable avec plus de précision que ci-dessus si on a du temps à perdre), car l'idée dominante - très largement dominante - est que cette région est inutile (amplement vérifiable aussi). Une citation exemplaire, Richard Dawkins en 1976:
"The amount of DNA in organisms is more than is strictly necessary for building them: A large fraction of the DNA is never translated into protein. From the point of view of the individual organism this seems paradoxical. If the "purpose" of DNA is to supervise the building of bodies, it is surprising to find a large quantity of DNA which does no such thing. Biologists are racking their brains trying to think what useful task this apparently surplus DNA is doing. But from the point of view of the selfish genes themselves, there is no paradox. The true "purpose" of DNA is to survive, no more and no less. The simplest way to explain the surplus DNA is to suppose that it is a parasite, or at best a harmless but useless passenger. (The Selfish Gene, p. 47)"

Je n'accable personne, ni Dawkins ni quiconque, car c'est humain.

En revanche, ce que fait Gregory Ryan sur sa/ses pages dédiées à la question est de "réfuter" les gens, IDéistes ou pas, qui prétendent que l'idée de junk ADN a :
1) entraîné un délaissement très majoritaire de la recherche sur cette zone, et orientation ailleurs
par des exemples de :
A) recherches sur le Junk DNA et par B) des citations de gens qui ont envisagé que cette zone pouvait avoir des fonctions régulatrices...

C'est ce que j'ai noté dans ses pages. Or ni A ni B ne réfutent le point 1.

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MessagePosté: 20 Sep 2013, 13:44 
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Archie Cash a écrit:
Mais tu peux tortiller des fesses autant que tu veux, cela ne devrait pas t'empêcher d'utiliser Google pour trouver des textes bien fichus reportant partie de cette période récente (on y est encore dedans, suffit de lire ta difficulté à admettre l'évidence):

Très bon texte celui que tu postes ici, sincèrement. Mais juste histoire d'être claire c'est quoi l'évidence que j'ai de la difficulté à admettre? Le fait que certains transposons participent à la régulation du génome, aient des conséquences phénotypiques, etc, etc....? Non parce que ça je l'admet sans aucun problème et ça fait même longtemps que je suis au courant! Où alors c'est que j'ai du mal à admettre que la recherche aurait été bloqué par qu'on considérait ces séquences comme non-fonctionnels? Ben oui ça j'ai du mal à l'admettre, enfin tout du moins sous cette forme simple et simpliste (et d'ailleurs je ne pense pas que tu adhère toi-même à une conclusion aussi simple) parce que bon je cite deux extraite de la présente publication que tu met en lien:

Christian Biémont a écrit:
Despite the observations of McClintock (1950) that in maize some genetic factors [e.g., the Activator (Ac)/Dissociator (Ds)] that can control the cell color of kernels were able to change their locations within and between chromosomes and could control the expression of some genes [see Fedoroff (1994) for a biography of B. McClintock], and the demonstrated presence of mobile DNA elements in bacteria (Shapiro 1969), the possibility that TEs could influence genetic polymorphism, and therefore genetic diversity, was, for the most part, ignored. Some researchers did not even believe that these unconventional DNA insertions actually moved or moved with significant frequency and so thought that they could not possibly contribute to genetic diversity. This was because they always found the same TE insertion in the particular mutant in which they were interested. Such a result was, however, to be expected, given the screening process that scientists were using to isolate their mutant.

[...]

This idea of a possible genomic function of some TE insertions was initially rejected, mostly because no fixed TE insertions had been identified in chromosomes. However, this was mainly due to the in situ hybridization technique used, which tended to detect large insertions rather than smaller ones, such as the solo LTRs of retrotransposons that were later shown to be associated with gene regulation.

Note c'est un exemple de technique utilisé qui justement n'était pas adéquate pour détecter les dites fonctions de certains Transposons simplement parce que ne détectant pas les Transposons impliqués dans ces fonctions. Voir aussi qu'au départ certains ne pensaient même pas que pareils éléments mobiles puissent existé, tout du moins pas à fréquence importante, parce que certains considéraient encore le génome comme étant statique et rigide peut-être? Bref ça m'a l'air plus compliqué qu'un simple rejet sur la base d'un simple postulat voulant que ces séquences soient inutiles. Mais attention je n'affirme pas que Barbara McClintock n'a pas été confronté au sectarisme de bon nombre de ses collègues, mais je pense donc que c'était pour des raisons plus diverses que celles d'un postulat et/ou croyance unique, c'est tout! Maintenant rassure toi je te rejoisn pour dire que le extraits de T. Ryan Gregory ne réfute pas cette dernière idée, en fait encore une fois je me demande si l'on peut réellement et objectivement déterminer la part ou non de cette idée dans le Schmilblick dont on discute ici depuis un moment! Mais bon je ne veux pas m'emballer pour rien aussi je te demande pas de jeter cette idée à la poubelle, moi-même je ne le fait pas mais je n'en suis simplement pas autant convaincu que toi pas de quoi se prendre la tête pour ces détails! :wink:


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MessagePosté: 20 Sep 2013, 18:42 
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Connais-tu l'histoire débile du capitaine Shadock ? C'est à peu près ceci:
" Capitaine, il y a un peu de brouillard, réduisons la vitesse de 20 noeuds. "
- Quoi, y a un iceberg ? Vite, marche arrière toute et jetons l'ancre !!!, répond le capitaine.

Capitaine Shadock a écrit:
Où alors c'est que j'ai du mal à admettre que la recherche aurait été bloqué par qu'on considérait ces séquences comme non-fonctionnels? Ben oui ça j'ai du mal à l'admettre, enfin tout du moins sous cette forme simple et simpliste (et d'ailleurs je ne pense pas que tu adhère toi-même à une conclusion aussi simple) parce que bon je cite deux extraite de la présente publication que tu met en lien.

Tu résumes ce que j'ai exprimé par "recherche sur junk ADN bloquée"...
Mais où ai-je écrit "bloqué" ? Nulle part. En relation à recherche sur région codante/junk, j'ai parlé ici et là de "orientation" ici, "focalisé sur" là, "négligé" là, "concentrée" sur, "favorisé", etc. Et toi tu réduis cela à "bloqué"...

Citation:
et d'ailleurs je ne pense pas que tu adhère toi-même à une conclusion aussi simple

En effet, et si tu concluais par un nez rouge sur un gland, pareil. Je ne suis pas encore sénile et me souviens de ce que j'ai écrit et pas écrit. Allez, on va en rester là cher ami, ça s'impose vraiment.

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MessagePosté: 20 Sep 2013, 18:59 
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No problemo et autant pour moi, et même j'ai effectivement caricaturé tes propos maxi mea cupla sincèrement! Je pense de toute manière que je suis tombé d'accord sur l'essentiel malgré quelques poils de culs qui dépassent CF Jean-Claude de «Caméra Café»!

Et sinon encore merci pour ces échanges notamment pour ton hypothèse sur le rôle diffus et probabiliste que pourrait avoir une part très importante de l'ADN non-codant notamment la grosse partie transcrit en ARN c'est une hypothèse élégante!


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MessagePosté: 22 Sep 2013, 02:16 
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Hans a écrit:
Le fait que certains transposons participent à la régulation du génome, aient des conséquences phénotypiques, etc, etc....? Non parce que ça je l'admet sans aucun problème et ça fait même longtemps que je suis au courant!
Chouette.
Et théoriquement, tous les transposons peuvent, ça dépend du contexte... c'est comme les gènes codants, qui selon la spécialisation de la cellule, sa localisation et le moment, ne seront pas tous appelés à coder, et certains jamais.

Maintenant, je t'avoue un truc: m'en fous pas mal de la discussion secondaire et maintenant close sur l'impact du terme/idée Junk DNA dans la recherche depuis 1/2 s., il y a plus intéressant: as-tu conscience que > 40 % de l'ADN humain sont des transposons et produits dérivés ?
T'as toujours pas la sensation que rien qu'avec Barbara McClincloche et ses transtrucchouettes, sans besoin qu'ENCODE y mette ses grosses papattes, le Junk ADN tel qu'il était vu (> 95%...) est plus que grignoté, là ?

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MessagePosté: 22 Sep 2013, 10:40 
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Archie Cash a écrit:
Chouette. Et théoriquement, tous les transposons peuvent, ça dépend du contexte... c'est comme les gènes codants, qui selon la spécialisation de la cellule, sa localisation et le moment, ne seront pas tous appelés à coder, et certains jamais. Maintenant, je t'avoue un truc: m'en fous pas mal de la discussion secondaire et maintenant close sur l'impact du terme/idée Junk DNA dans la recherche depuis 1/2 s., il y a plus intéressant: as-tu conscience que > 40 % de l'ADN humain sont des transposons et produits dérivés? T'as toujours pas la sensation que rien qu'avec Barbara McClincloche et ses transtrucchouettes, sans besoin qu'ENCODE y mette ses grosses papattes, le Junk ADN tel qu'il était vu (> 95%...) est plus que grignoté, là ?

Non pas à ce stade grignoté dans une certaine mesure oui, mais «plus que grignoté» ça pour l'instant on ne peut guère l'affirmer peut-être que le grignotage est important peut-être qu'à l'inverse il est minime car il est également avéré me semble-t-il que bon nombre de transposons sont inutiles, voir même pour certains faiblement délétères. Maintenant au regard de nos précédents échanges je me garde bien de balancer toute proportion, ni même toute dichotomie simpliste entre «transposons fonctionnels» et «transposons non-fonctionnels» bref on ne sait pas enfin tout du moins pas encore! Note qu'importe la proportion supposé de transposons utiles celle-ci variant peut-être même considérablement d'un organisme à l'autre, cela n'enlève rien à l'apport de Barbara McClintock et à l'existence de Transposons utiles!


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MessagePosté: 22 Sep 2013, 12:34 
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Oui, et as-tu fait la même réflexion sur l'utilité des gènes codants ?
Sont-ils tous utiles car ils codent tous constamment, en tout lieu et à tout moment ?

Faiblement délétère ? Même carrément délétères, pas de honte à le dire. Mais n'est-ce pas là un effet prêté à une action ? Alors que le concept de Junk ADN se réfère à ce qui n'a aucune fonction7action.

Citation:
Barbara McClintock et à l'existence de Transposons utiles!

Toujours tes petits tics.
Il me semble que Barbara a plaidé l'existence de l' impact ou rôle des transposons sur l'expression. Pas tant d'utiles ou inutiles.

C'est pas très judicieux de parler d'utile dans cette discussion sur junk ADN, je te l'ai déjà proposé, car des gènes-codants peuvent aussi être délétères.

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MessagePosté: 22 Sep 2013, 12:49 
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Archie Cash a écrit:
Oui, et as-tu fait la même réflexion sur l'utilité des gènes codants?
Sont-ils tous utiles car ils codent tous constamment, en tout lieu et à tout moment?

Oui c'est juste la question mérite de se poser mais justement en parlant de Transposons et de gènes codant j'avais trouvé cette étude. En gros toute proportion gardé car rappelons-nous qu'il n'y a environ que 2% d'ADN codant, les transposons semblent n'affecter que dans une moindre mesure les séquences codantes. Donc on peut supposer que les séquences codantes sont davantage sensibles et donc peut-être, en moyenne davantage fonctionnels que ne l'est le reste du génome à ces insertions. Bien évidemment ce n'est pas là une démonstration définitive peut-être as-tu une interprétation alternative crédible à proposer!

Archie Cash a écrit:
Faiblement délétère ? Même carrément délétères, pas de honte à le dire. Mais n'est-ce pas là un effet prêté à une action?

Oui dans ce cas-ci effectivement. Je pense notamment à certains rétrovirus endogènes impliqué dans certaines prédisposition à des cancers. On peut supposer que certains insertions perturbent plus ou moins certains gènes et/ou séquences régulatrices sans pour autant entièrement le endommager!


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MessagePosté: 22 Sep 2013, 12:54 
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Citation:
"n'affecter que dans une moindre mesure les séquences codantes"

et, ligne suivante:
Citation:
"Prédispositions pour les cancers"

Mais dis-moi, la couleur changeante du maïs ou une influence sur les prédispositions au cancer, ne sont-ce pas des actions sur l'organisme ? Pas moins visibles qu'un lobe d'oreilles ?

_________________
"Je veux qu'on me prenne pour un con car j'en suis un, qu'on me parle simplement pour que je capte bien car je suis idiot: si on me regarde et qu'on me parle sans égards, c'est déjà me considérer à peu près normal et pas uniquement comme un handicapé physique ou un déficient mental."


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MessagePosté: 22 Sep 2013, 13:03 
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Archie Cash a écrit:
Mais dis-moi, la couleur changeante du maïs ou une influence sur les prédispositions au cancer, ne sont-ce pas des actions sur l'organisme ? Pas moins visibles qu'un lobe d'oreilles?

Ben oui où ais-je dis le contraire? En gros nous avons certains transposons qui ont des actions sur l'organisme, en bien parfois en mal, d'autres probablement sans conséquence aucune. Tu as compris autre chose?

Archie Cash a écrit:
Il me semble que Barbara a plaidé l'existence de l'impact ou rôle des transposons sur l'expression. Pas tant d'utiles ou inutiles.

Oui j'aurais dû précisé qu'un impacte sur l'organisme n'est pas forcément utile, mais bon à moins d'être un ultra-darwinien pour qui toute caractéristique phénotypique est utile je pense que c'était une évidence ici mais bon n'hésite pas à souligner d'autres points qui ne te paraissent pas assez clairs et précis!


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