Je ne réponds pas point par point.
"Jouer à touche-pipi, ça va un moment chéri". Mon impression, complètement décomplexée :
Citation:
Tu t’attaches à la définition de «fonction» qui t’arrange celle d’ENCODE, mais semble ignorer ce que j’entends et ce que d’autres entendent depuis le début par «Junk DNA». Par ailleurs tu peux me sortir autant de publications sur l’utilité de certaines séquences «non-codantes» (y compris donc celles transcrites en ARN) que tu veux, et ce n'est pas que ces publications sont inintéressantes, mais elles ne constituent pas une réfutation de la notion de «Junk DNA» chez l’homme (encore moins chez d’autres espèces). Ah moins bien sûr que tu puisses démontrer que toutes les publications réunis montrent que la majorité de l’ADN non-codant ou de l’ARN transcrit mais non-codant (c’est-à-dire ne codant pas de protéines) a un impact phénotypique utile à l’organisme.
Oui, je m'attache à celle d'ENCODE et pas à celle de Hans, ni de quelques évolutionnistes qui plantent la théorie comme épouvantail qui détruirait les données. Comme si les données devaient s'aligner à leur théorie, j'ai horreur de ça. Les données s'effaceront si elles se révèlent être du pipeau. Quand des données sont surprenantes ou semblent exagérées, aussi élégantes et opérationnelles que soient les élaborations théoriques, on prend les premières dans la courge et on avise au lieu de hurler contre les données. Au lieu de mentir comme tu le fais (si si, un peu, je t'ai lu dans 2 autres forums, contre des abrutis certes, où tu y exposais tes estimations pifométriques comme étant la réalité), de réinventer la l'histoire et la réalité des connaissances, leur manière d'avancer.
Je ne suis pas persuadé du tout que ce soit 80 % comme annoncé, j'en sais foutre rien, pourquoi pas moins... ou plus ? Mon point est que ce terme de junk adn est déjà en pièces depuis longtemps - tu dois être un des rares à y tenir comme à ses couilles. Tu sembles d'ailleurs assimiler séquences résiduelles à junk adn, comme si de l'existence de ce dernier nom dépendaient les premiers. C'est assez bizarre ce que tu fais.
- GRAUR & co disent que, traduit en français à ma manière, que "
les gens d'ENCODE méconnaissent la théorie de la fonction évolutionniste qui prédit que beaucoup d'ARN "codés" n'ont pas de fonction mais sont des résidus de l'évolution et vont disparaître sans conséquences dans le cytoplasme", je leur réponds qu'à leur tour, eux semblent omettre d'ajouter que c'est le lot d'une bonne partie des produits régulateurs lancés, qui vont rebondir et cogner
stochastiquement à une vitesse ahurissante (pour nous) à ce niveau moléculaire... et si, justement, c'est par la quantité de ces arn lancés que les probas de rencontres entre le récepteur ou objet ciblé et l'élément régulateur se faisait la synthèse ? Ils ne peuvent alors pas affirmer que ces éléments perdus sont la preuve de "non fonction".
- Graur et CO disent que "
ce junk adn sans fonctions, inutile, a été conservé car la sélection n'a pas prise sur lui", ils n'expliquent pas pourquoi certaines plantes ont si peu d'ADN non codant, justement - (ce qui pourrait aussi être objecté à ceux voulant voir une fonction dans le junk adn (*)). Si la théorie peut justifier l'ADN résiduel, sans fonctions, l'énormité d'ADN résiduel de certains organismes, elle ne sait pas expliquer la quasi absence de celui-ci ni sa variabilité.
(*) L'équipe d'ENCODE non plus, mais ils n'ont jamais eu cette prétention.
La théorie évolutionniste de l'ADN a passé ces 30 dernières années à hypothétiser, en fait à spéculer, sur le pourquoi de ce junk ADN SANS FONCTIONS, lui cherchant une explication évolutive... mais s'il a potentiellement des fonctions, au lieu de le rejeter bêtement, comme se ces données étaient anti-évolutionnistes, ils feraient mieux d'envisager que ce résidu ait pu se trouver des fonctions et participations. C'est ce qu'il semble, puisqu'une séquence codante ne code pas seule des protéines, mais participe de concert et avec d'autres gènes, et aussi maintenant
avec des séquences pseudogéniques (non codantes) parfois situées tout près voire très loin..
- Graur et Co batifolent autour du
sens d'informations, qui ne seraient pas des
données, qui ne seraient pas des
faits (un peu dans le genre). Je les laisse gesticuler. Leurs hypothèses - élaborées historiquement autour d'un > 90 % d'adn ne servant à rien, ne sont guère plus que des mots. Qui s'écroulent si ces régions participent, même un minimum, à la synthèse protéique. Ne t'en déplaise, même si les quantifications sont plus simples à faire avec des séquences de molécules à la suite, les théoriciens du génome sont encore moins au parfum de son évolution factuelle que pour le phénotype, fossiles en moins de surcroît.
- GRAUR & co accusent ENCODE
" d'ignorer un siècle de recherche et publications scientifiques sur l'évolution du génome"...
C'est une plaisanterie. En 1950, on parlait encore de la "théorie chromosomique" avec un gène-unité conceptuelle... C'est dire ce que peut valoir scientifiquement tout ce qui a précédé les années 50-60...
Les théorisations dont ils parlent ont en fait démarré aux alentours des années 70, où par décret le > 90 % du génome humain n'ayant pas de fonction, il fallait alors l'expliquer évolutivement parlant (% différent selon les espèces). Et on peut le dire sns complexes: ce terme et concept a été un boulet pour la recherche, qui a eu du mal à y pointer son nez.
Moi aussi je considérais cette région résiduelle comme inutile, moi aussi je trouvais très élégante et utilitaire l'idée que cet adn non codant, résiduel, pouvait par exemple servir à la protection statistique des parties vitales contre le irradiations-mutations, mais je ne réinvente pas l'histoire des sciences pour défendre ma paroisse et mon crédo contre les données qui s'accumulent. De même, si je trouve plutôt débile de croire que l'acupuncture, les chi et les chang, puissent servir grand chose en médecine, je prends tout de même dans la courge les données de publications sérieuses expliquant l'effet antalgique, local, des insertions d'aiguilles... les données, on ne les écarte pas d'un revers de mains.
- Région "
conservée ou non conservée", ce sont tes questionnements:
"Hans: [...] n'a pas forcément à être conservé pour avoir une fonction au sens évolutionniste, néanmoins en moyenne et cela de manière non-négligeable les séquences utiles tendent à être conservées et celles qui ne le sont pas non",
Raison pour laquelle les régions inutiles sont tout de même
"conservées" et pas éliminées...
Je dois dire que je m'en fous complètement, même si c'est rigolo: cette manière équivoque d'exposer le schmilblik, ça ne me parle pas. Parler de séquences allant de très conservées à peu conservées en relation à leur importance vitale, c'est à peine utile pour un non ultra-adaptationniste. C'est ta liberté de considérer ces concepts autour de "conservation" (= +/- sans changements) de l'adn tels des objets solides comme des paluches de Goliath, pas moi - il y a bien longtemps que j'ai pris des distances respectables avec les théoriciens de l'évolution. Trop de blagounettes, trop d'excessivite aigüe, trop d'orientations partisanes, trop de concepts-charabia chez une bonne partie de ces spécialistes.
Puisque des estimations chiffrées, basées sur une quantification des nucléotides variants et de répétitions, donnent une similitude énorme entre humain et chimpanzé, allez mettons > 96 % en moyenne, sur les régions géniques
comme intergéniques, ces régions non codantes (ton junk ADN) sont donc, en moyenne, assez conservées... ne partent pas dans n'importe quel sens. Peu importe si c'est dû à leur peu d'ancienneté: les détails ne t'apprendront pas grand chose sur leur utilité phénotypique.
- Fonction utile au phénotype dis-tu ?
Quand tu inventeras le détecteur de séquences à fonction utile au phénotype (à prise secteur 220 volts si possible), tu reviendras claironner tes certitudes religieuses. D'ici là, malgré ce que Graur propose sur fonction (évolutionniste), dont il n'a réellement rien de concret à part des théorisations indirectes, la médecine et génétique fonctionnent tout de même sans ta machine pas encore inventée : quand sont détectés de
nouveaux objets régulateurs, par millions, c-à-dire des objets connus pour leur action de régulation de l'expression, codés par des séquences (20 à 60 % du génome, et non pas 3 à 5 % comme on le croyait), cela suffit pour proposer qu'il y a fonction régulatrice amplifiée dans ces régions "junk". Même si la dite fonction n'est pas encore élucidée, leur zone d'action est pour une bonne partie connue. Et quand on découvre que le 50% des maladies génétiques sont liées à des séquences de régions "Junk", on peut extrapoler que le 50 % de l'expression génétique serait sous contrôle des régions junk. On connaît les gènes surtout via des pathologies, c'est pourquoi ces 50 % ont une importance statistique capitale pour l'expression, pas seulement pour la médecine. Quand de surcroît on passe, vu le premier compte rendu basé sur 1 % du génome, de 3 à 20, 40, 60 % de zone régulatrice (séquences intergéniques fabriquant des objets et arn divers régulateurs), on prend dans la courge la donnée, susceptible d'être révisée, au lieu de bêtement hurler que cela ne démontre rien.
Selon la théorie des Graur et compagnie et leurs objections:
-
"Une séquence aurait une fonction, si et seulement si, lorsqu'elle est détruite, elle affecte le phénotype". Super, mais ils ont alors 3 siècles de travaux à effectuer devant eux, région par région, séquence par séquence, organisme par organisme, pour démontrer leur théorie. En commençant déjà par les régions codantes... car même là, il est des régions qui n'affecteront pas sensiblement le phénotype lorsque supprimées.
- Graur et Co avancent l'objection - une des rares qu'ils puissent proposer - sur
"ces souris auxquelles a été expérimentalement retiré 1 % de leur junk ADN" (non pas une énorme proportion comme tu le prétends dans d'autres forums, Pinocchio !)
Depuis quand une petite altération serait toujours visible chez les souris ? C'est toi qui rêves, l'ami. Si une altération donne p.e. une forme de dérèglement mental, ou autre pépin métabolique, carence etc. chez la souris, pas forcément très accusé, voire une augmentation de x potentialité pathologique, tumorale, ou autre, les observateurs de cette souris
ne verront rien. Aucun changement... !!!Les nigauds, croyants en la pertinence démonstrative de ce genre d'expériences et concluant à aucun changement (=> junk adn inutile donc), n'ont peut-être pas bien saisi les étroites limites de diagnostic et détection que la médecine vétérinaire permet pour les souris, ni au fonctionnement probabiliste - de par le nbre d'objets synthétisés/lancés par l'adn, pour assumer une fonction.
Une fonction métabolique que, mettons 100 séquences dans l'ADN contrôlent, peut très bien être effectuée +/- bien sans changements détectables, par 98 ou 95 séquences, ou encore moins... Et je dirais c'est +/- pareil , mais dans une moindre mesure car il est des gènes extrêmement vitaux et
sine qua non, pour les séquences codantes.
- Quand Graur, Hans et consorts sortent le "test de l'oignon", (mais Dan Graur l'a-t-il fait ?) là c'est le gong qui a sonné: le cirque a installé ses mâts, ne reste plus qu'à acheter des cacahuètes.
Faut ouvrir ses écoutilles au lieu de les fermer. Au mieux on s'intéresse à des éléments d'avenir, au pire on a été naïf.
C'est quand même fou ces gesticulations que tu fais - comme si c'était vital pour la ToE - lorsqu'on parle de fonctions étendues sur une plus vaste proportion d'ADN, éléments nouveaux à la clef...
alors que tu n'as jamais bougé un doigt contre ceux qui, depuis 40 ans, décrétaient que cette région ne codant pas (de protéines) donc pas de fonctions (donc "Junk") !