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 Sujet du message: La génétique, dépassée ?
MessagePosté: 19 Sep 2005, 11:51 
Défioliant
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Salut,

Pour un peu rebondir sur tout ce qui a été dit, en particulier avec l'impayable et amusant Cloclo, je voudrais quand même tenter d'y voir un peu plus clair dans ces petites choses qui apparaîssent pour beaucoup si évidentes.

Voilà, pour ceux que cela intéresse, je souhaite lancer le débat en posant dans la mare les réflexions de Kupiec et Sonigo pour qui la génétique aujourd'hui est en fait vidée de sa substance explicative et de sa superbe puisqu'elle en est réduite à décrire sans expliquer en fait quoique ce soit. En un mot, la génétique c'est toc pour grossir le trait ! Et voilà que l'"information" et le "code" semblent être balancé à la poubelle.

Etant moi même un cancre absolu, (d'ailleurs ai-je vraiment compris ce que j'ai lu ?) je souhaiterai avoir un peu votre éclairage là-dessus.

Qu'est ce qui autorise l'auteur à se lancer dans cette voie ? Cela vous semble-t-il pertinent ou déplacé ?

Comment faudrait-il s'y prendre pour se faire une idée la plus correcte possible sur le sujet ?


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MessagePosté: 19 Sep 2005, 19:14 
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Pfffffuiiiiiiit !

Bon si on jouait aux cartes ? La belote ou le tarot ?


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MessagePosté: 19 Sep 2005, 19:15 
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Salut Jean Foutre Premier ricaneuse.
je sais pas grand chose sur tes deux chercheurs Kupiec et Sonigo, ma je te dis que leur noms ça ressemble à des noms de clowns dans un cirque.

J'ai consulté google pour lire qui ils sont, leur truc est semble-t-il de remplacer gène égoïste par cellules égoïstes. Bof.
c'est de la surenchère pour tenter une célébrité populaire comme celle qu'a obtenu Dawkins avec son gène égoïste. l'un comme l'autre ne sont que raisonnements pas vraiment biologiques, qui donnent une volonté intelligente au gène ou à la cellule.
leur importance est toute relative et n'aura pas plus de conséquence scientifique que le gène égoïste, et dans 10 ans ce sera passé dans l'histoire qui l'aura oublié.
Une cellule intelligente en compétition avec les autres au sein d'un organisme multicellulaire ? il faut en rigoler un peu car c'est pas sérieux sérieux.

Leur "thèse" est aussi importante que la très récente découverte que j'ai faite récemment sur la totipotentialité des cellules de monères. C'est vrai, c'est moi qui ai découvert ça comme un grand, mais au moins c'est une découverte pas une théorie. cette découverte ça m'est venu un matin au réveil.

par contre quand tu dis que " la génétique aujourd'hui est en fait vidée de sa substance explicative ", je suis sceptique quand même !
intéresse-toi à l'occase pour ce qui se fait dans un labo médical ou de technologies génétiques, tu verras bien s'ils font des travaux pratiques concrets ou pas avec les connaissances génétiques actuelles. Ils produisent avec ces substances explicatives viciées, et pas qu'un peu. Ca se chiffre en milliards de dollards.


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MessagePosté: 19 Sep 2005, 19:41 
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Salut gino !

C'est vrai que ça fait un peu bozzo le clown ! Néanmoins, moi je ne dis rien, je reprends juste grossièrement ce que je l'ai lu dans un de leur bouquin ("Ni dieu, ni gène").

En revanche, ce que tu dis semble partagé par Axel Kahn (ne pas confondre avec gengis) :

http://www.futura-sciences.com/sciences ... 91/page/2/

Enfin pour ceux qui veulent lire un peu la synthèse de la démarche de Kupiec :

http://www.futura-sciences.com/comprendre/d/dossier83-1.php

Et plus combatif,

http://www.futura-sciences.com/comprendre/d/dossier61-1.php

Bref, tout ça pour dire que pendant 10 ans, et dans 10 ans, on aura un ClocloBis pour venir nous bassiner avec la "cellule égoïste" qui fait miam miam. Donc, si certains s'en sentent le courage (en ces temps de désertions caractérisées...), autant faire la liste, maintenant, des objections (votre honneur !) que l'on pourrait adresser aux futurs posteurs monomaniaques...

Bon en même temps hein, la belote c'est plus marrant !

Maintenant réflexion toute personnelle :

Va falloir penser à écrire un livre avec ta découverte gino, tu vois une raison toi pour rester en arrière, derrière une paillasse et se voir payer à coup de lance pierres alors que les sunlights sont, à tout prendre, bien plus satisfaisants ? :wink:


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MessagePosté: 19 Sep 2005, 19:54 
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Salut les rigolos !

:D Alors Gino, tu vas la breveter quand ta découverte ? Ouarf ouarf

Te laisse pas embobiner pas Gino, mon cher Jean Foutre Premier, le pôvre a aussi découvert que les archaeobactéries étaient totipotentes et que la pluie ça mouille, mais ça l'a pas rendu plus riche pour autant.

La meilleure découverte de notre ami Gino est le correcteur d'orthographe sur Word !


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MessagePosté: 19 Sep 2005, 19:56 
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Raftacouère, t'es qu'un sale putain de jaloux.

Enfin je te pardonne tes sarcasmes, t'as quand même marqué un but ce dimanche. on aperdu quand mâme, ma t'as eu ton quart d'heure de gloire.
putain de taré.

Espèce de raté !


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MessagePosté: 19 Sep 2005, 19:57 
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Ben moi aussi j'en ai plein les couilles des cellules totipotentes !

PS : Pour juste te reprendre un peu mon cher gino, je ne suis pas sûr que l'objet de leurs thèses dawkins ou kupiec, soit de donner une "intelligence" qui au "gène", qui à la "cellule"... Mais bon !


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MessagePosté: 19 Sep 2005, 20:26 
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Ouais, peutetre pas une intelligence mais une volonté. Il est chié webmoncul ! jaloux parce que je vais avoir peutetre le nobel grace à ma découverte. :D

Tes spermes plein les couilles ils sont céphalés Jean Foutre Premier ? ils ont une volonté alors...


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MessagePosté: 19 Sep 2005, 20:44 
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Ben c'est drôle ça ! Maintenant que tu le dis, comment appeller cette course infernale pour aller "niquer" l'ovule ? Remarque moi je les envois souvent dans les draps ou dans un kleenex ces cons là !

Oh bon sang ! Mais c'est biensûr ! Ils sont céphalés ! Putain je ne me masturberais plus jamais avec la même insouciance...

Dis tu crois que dans les draps, y niquent des acariens ? Oulla, j'ai peur d'un coup, j'aurais des gosses avec des pattes et mandibules alors ?


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MessagePosté: 17 Juil 2006, 19:51 
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Je reviens sur ta dernière remarque pour passer le temps. Elle m'a troublé et mis en émoi.

Citation:
Maintenant que tu le dis, comment appeller cette course infernale pour aller "niquer" l'ovule ? Remarque moi je les envois souvent dans les draps ou dans un kleenex ces cons là !


Je propose un débat sur la différence entre volonté cellulaire et mouvement cellulaire dirigé par une attraction chimique. Je parie quelques dollars que le spermatazoïde se dirige vers l'ovule par une attraction chimique quelconque. Par contre je demande à quelqu'un de confirmer car j'en sais guère plus.
Je sais seulement que le sperme va là-bas pour la même raison que les autres cellules : phobe ou phile selon le cas.

post scriptum : j'ai essayé de faire un post "à la manière de"... et je me suis trouvé idiot ! Pas si facile.


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 Sujet du message: yugoogle
MessagePosté: 27 Oct 2009, 21:20 
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Puisque j'y suis: le numero du mois de novembre de l'excellente revue de vulgarisation qu'est "Pour La Science" - numero deja en vente dans les kiosques, je crois (sur le net il l'est deja depuis quelques jours) - a pour theme "Hasard et incertitude". On y trouve quelques articles plutot interessants et assez bien ecrits, dont p.e. ceux de Kupiec (cite - plusieurs fois si je ne m'abuse - par votre modeste serviteur dans ce forum... mais j'sais plus ou) i.e. "L'ADN entre contraintes et hasard", de Heams i.e. "Du hasard dans l'expression des genes" et de Malaterre & Merlin i.e. "La part d'aleatoire dans l'evolution".


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 Sujet du message: Re: yugoogle
MessagePosté: 27 Oct 2009, 21:50 
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La dernière fois que j'ai causé de Kupiec, Archie Cash ou orangino (c'est kif kif) c'est un peu bidonné. :mrgreen:

http://www.rationalisme.org/forum_atheisme/viewtopic.php?f=44&t=416&hilit=kupiec


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 Sujet du message: Re: yugoogle
MessagePosté: 28 Oct 2009, 09:57 
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Soeur Emmanuelle a écrit:

Ah, en effet. T'avais deja cause de Kupiec bien avant bibi (et avant que je ne m'inscrive a ce forum de mes deux).

Une breve recherche avec le mot-clef "Kupiec" m'a donne de pietres resultats. J'etais persuade d'avoir cause ici un peu plus de Kupiec ainsi que de certains autres travaux portant sur l'aleatoirite en biologie moleculaire (faudrait que je fasse une recherche avec d'autres mots-clef pour en avoir le coeur net... mais ca m'fait chier d'le faire). Bizarre. Ou alors c'est pas ici que j'en ai cause. Me fais vieux. Bref.

Dans le lien interne indique par Soeur Emmanuelle, Orangino a écrit:
J'ai consulté google pour lire qui ils sont, leur truc est semble-t-il de remplacer gène égoïste par cellules égoïstes. Bof.

"Remplacer gène égoïste par cellules égoïstes"? Arf! Non, je crois pas, meme si certains ont effectivement souleve un doute a ce sujet (p.e. Axel Kahn). Il s'agit d'une alternative (discutable, du moins par certains aspects) - ou plutot d'une grosse greffe d'aleatoirite - a l'idee de "programme genetique" tel qu'il est generalement defini aujourd'hui. On pourrait resumer drastiquement la theorie proposee par Kupiec (et par quelques autres) en disant que l'organisation et le deploiement de l'information genetique ne se fait pas exclusivement - loin de la selon les auteurs - par "programmation genetique" (boite noire qui genere "recursivement" des structures selon un "plan" interne bien defini... mais difficilement accessible), mais egalement - et surtout selon les auteurs - par "interactions environnementales" (reseau de "boites" qui agit comme une population soumise aux contraintes "internes" ainsi qu'a celles de son milieu moleculaire, avec l'aleatoirite inherente a ce genre d'interactions (et a ce genre d'approche)). Il s'agit donc de substituer le fameux "dogme" de la biologie moleculaire - qui n'a pas que des defauts mais qui, par certains aspects, commence a etre quelque peu vieillot - par un "corpus" qui reflete mieux les donnees experimentales et observationnelles faites ces 30 dernieres annees, qui pourrait expliquer les gaps que le dogme ne semble pas pouvoir capturer et qui, enfin, pourrait depasser ce dogme (sans pour autant le jeter en bloc aux chiottes). Moi j'trouve ca plutot interessant (d'autant plus que cette approche n'est pas disjointe de ce qui se fait dans certains secteurs du monde des automates cellulaires et de la vie (biologie & chimie) artificielle). Mais pas abouti. Du tout. L'extension de cette theorie a la notion d'individu - faite par Kupiec - est, quant a elle, vraiment tres tres discutable. Mais elle ne manque pas d'un certain interet non plus sans qu'on y souscrive pour autant.

A+.


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 Sujet du message: Re: yugoogle
MessagePosté: 29 Oct 2009, 03:23 
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Méchante Jean Foutre Premier a écrit:
La dernière fois que j'ai causé de Kupiec, Révérend Archie Cash ou orangino (c'est kif kif) c'est un peu bidonné.

Oh, méchante Jean Foutre Premier. Pas bien tes insinuations, pas bien ! Les gens les prennent au premier degré et après on passe pour des demeurés. :mrgreen: De plus, je ne m'étais pas bidonné de Kupiec mais plutôt d'Orangino (cette fois-ci), sans méchanceté aucune car je trouve qu'il n'a pas tort de sourire sur la préface du livre en question, dont le contenu est sans doute tout autre. Je n'avais rien à dire sur Kupiec, car pas lu son bouquin.
Je pense actuellement, en lisant le court paragraphe d'Axel Kahn sur le bouquin Sonigo-Kupiec dans l'interview Futura-sciences, qu'il (A. Kahn) ne l'a pas lu non plus. Et qu'il se base plutôt sur la préface... ce que fait aussi son intervieweur. A moins que Kupiec n'ait remis les pendules à l'heure avec son second bouquin (voir plus bas) :
Pyne Duythr a écrit:
Puisque j'y suis: le numero du mois de novembre de l'excellente revue de vulgarisation qu'est "Pour La Science" - numero deja en vente dans les kiosques, je crois (sur le net il l'est deja depuis quelques jours) - a pour theme "Hasard et incertitude". On y trouve quelques articles plutot interessants et assez bien ecrits, dont p.e. ceux de Kupiec (cite - plusieurs fois si je ne m'abuse - par votre modeste serviteur dans ce forum... mais j'sais plus ou) i.e. "L'ADN entre contraintes et hasard", de Heams i.e. "Du hasard dans l'expression des genes" et de Malaterre & Merlin i.e. "La part d'aleatoire dans l'evolution".

Pas encore piqué, donc pas lu cette revue ; mais c'est notamment aux propositions théoriques de JJ Kupiec que je faisais récemment moi aussi allusion ici : viewtopic.php?f=60&t=2347&p=30339&hilit=al%C3%A9atoire#p30339

On parle pas mal de ce bonhomme ces derniers temps, dans le magazine "La Recherche" notamment, parmi d'autres - et toujours en se limitant au cadre moléculaire. Il n'est pas le seul à aller dans ce sens. Je n'ai pas lu son premier bouquin "Ni dieu ni gènes" qui fut cité il y a X mois dans ce forum et qui s'est très bien vendu, mais celui-ci plus récent sur la même ligne : "L'origine des individus" , qui est très intéressant.
La préface est elle aussi assez stérile, mais on y capte bien que Kupiec ne propose pas des "théories" pouvant faire ombrage aux idées bio-philosophiques de Kahn/Jacquard ("L'avenir n'est pas écrit") mais vont plutôt dans leur même sens, réfutant les << ultra-déterministes >>. Bref.

Pyne Duythr a écrit:
Moi j'trouve ca plutot interessant (d'autant plus que cette approche n'est pas disjointe de ce qui se fait dans certains secteurs du monde des automates cellulaires et de la vie (biologie & chimie) artificielle). Mais pas abouti. Du tout. L'extension de cette theorie a la notion d'individu - faite par Kupiec - est, quant a elle, vraiment tres tres discutable. Mais elle ne manque pas d'un certain interet non plus sans qu'on y souscrive pour autant.

Oui, moi aussi je trouve ça très intéressant, tout en gardant comme d'hab une distance de raison.

Je ne sais pas ce qu'en extrapole (= extension) ou en dit J-J Kupiec relativement à l'individu, mais vis à vis de la cellule et plus particulièrement des signaux spécifiques des régulateurs génétiques, ses idées sont très prometteuses en futures compréhensions. Je me limite à ce cadre-là.
Ce n'est même plus de l'ordre de l'hypothèse puisque le caractère aléatoire des interactions entre molécules est un fait avéré, amplement démontré (*). La subtilité étant qu'un processus probabiliste peut donner un événement "déterminé" assez prédictible, du moment que les probas se vérifient sur les grands nombres (ici = une grande quantité de molécules lancées).

M'enfin bon, si on cite les sources des trucs bien qu'on écrit parfois, ça enlève la joie de passer pour un type bien. Après, Hans il comprend que ce qu'on écrit c'est pas un truc intéressant mais un truc résumé d'un tiers, et il devient moins serviable. Faut jamais révéler ses sources Pyne Duythr, non non, pas bien. :evil: Faites chier les mecs !

(*) Juste une remarque: en fait, il semblerait que depuis les années 80, Kupiec avait déjà commencé à élaborer ses théories, qui ont été connues et considérées de manière plus que confidentielle. Si le premier bouquin co-écrit avec Sonigo s'est assez bien vendu, le second nettement moins. Heureusement que les revues mensuelles existent, et laissent les chercheurs s'exprimer. Et heureusement aussi qu'ils ont parfois un boulot.
Un petit calcul tout simple : il paraît que de nos jours, en francophonie qui se gargarise de lire pas mal, disons dans une bonne moyenne, un éditeur publie/fait imprimer/distribuer généralement 1500 exemplaires d'un premier livre - ce comme base raisonnable pour ne pas perdre trop de pognon en invendus. A 10 % pour l'auteur, ça donne 3000.- euros dans la poche de l'écrivain si tout est vendu. Il aura reçu une avance de 1500.- euros sur les ventes, de la part de l'éditeur...
Ca fait pas beaucoup. P'tain, les écrivains crèvent la dalle, à moins qu'ils aient un succès inespéré ou des lecteurs fidèles. Et je parle ici des romans. Les essais scientifiques, sociologiques ou autres - sauf si auteurs très connus - ont rarement plus de chances de dépasser les quelques milliers d'exemplaires.

ps. faudrait mettre ces discutailles internes en zone accessible, sur le topic approprié - ce qui redonnerait caution aux idées de Kupiec - Sonigo (le topic linké par Jean Foutre Premier où Kupiec est injustement un peu "maltraité"). Avec votre accord bien entendu.
Tous d'accord ? POM ! Adjugé.

_________________
"Je veux qu'on me prenne pour un con car j'en suis un, qu'on me parle simplement pour que je capte bien car je suis idiot: si on me regarde et qu'on me parle sans égards, c'est déjà me considérer à peu près normal et pas uniquement comme un handicapé physique ou un déficient mental."


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 Sujet du message: La génétique, dépassée ?
MessagePosté: 31 Oct 2009, 12:37 
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Reverend Archie Cash a écrit:
Ce n'est même plus de l'ordre de l'hypothèse [aka idees a la Kupiec] puisque le caractère aléatoire des interactions entre molécules est un fait avéré, amplement démontré

La "stochasticite genetique et moleculaire" a ete observee il y a fort longtemps deja. Cependant, la difference entre les modeles* ESG (aka a expression stochastique genetique) - comme ceux de Kupiec & al. - et les modeles BMP (aka relatifs a la biologie moleculaire programmiste) reside dans le fait que la stochasticite (ou aleatoirite, meme si ce dernier terme est ici trop general) est consideree comme un bruit de fond (p.e. "bruit ou instabilite developpemental/e" ou "bruit thermique") pour la BMP alors qu'il est devenu - au gre des observations et (cela va de pair) de l'affinement des outils (dont mathematiques: analyse de la robustesse, certains type d'equations de diffusion, etc.) & des techniques (p.e. cytometrie en flux) - le pilier des modeles ESG (la BMP n'etant alors vue, in fine, que comme un cas particulier ou limite de l'ESG).

*: j'utilise indistinctement les termes modele et theorie pour designer la meme chose, meme si j'ai tendance a privilegier le premier tant pour des raisons d'esthetique sonore que pour eviter les trop nombreuses mesinterpretations du second.

Citation:
La subtilité étant qu'un processus probabiliste peut donner un événement "déterminé" assez prédictible, du moment que les probas se vérifient sur les grands nombres (ici = une grande quantité de molécules lancées).

Les modeles (et les processus) probabilistes (en particulier stochastiques) ont pour but d'etre predictibles, et ils le sont lorsqu'ils sont bien foutus. Bref, stochasticite (ou probabilisation) =/=> impredictibilite. Mais cette predictibilite n'est pas due a la loi des grands nombres (y'en a en fait deux). Cette derniere affirme que, sous certaines conditions, lorsqu'on effectue un tirage aleatoire dans une serie de tres grande taille, les caracteristiques statistiques de l'echantillon tendent a adherer de plus en plus aux caracteristiques statistiques de la population au fur et a mesure de l'augmentation de la taille de l'echantillon (ou que la moyenne d'une suite de variables aleatoires et l'esperance de la moyenne convergent presque surement - c'est un terme precis - vers la meme constante). En d'autres termes - et dit de facon aussi abrupte que grossiere -, toutes les configurations finiront un jour ou l'autre par se produire (ce qui n'est d'ailleurs pas vrai dans un systeme physique - a fortiori biologique - reel, meme en considerant un intervalle de temps tres hypothetique borne seulement inferieurement). Cela n'a, a priori, que peu d'interet ici (mis a part le fait que, sous certaines conditions, un "echantillon" - ou un "sous-systeme" - peut etre considere comme "representatif" (voire "isomorphe") de l'ensemble duquel il a ete extrait [consequence de la loi faible (et forte) des grands nombres]). Par contre, la distribution de probabilites, la densite, la robustesse, etc., sont des objets qui permettent d'enoncer des predictions non-banales par rapport a un modele: realisation de tel pattern ou de telle configuration en un temps fini (et parfois defini), etc.. Enfin, le determinisme - quoi que cela veuille dire - ne s'oppose pas toujours au probabiliste (debat sterile dans lequel je refuse toutefois d'entrer: si cela interesse certains, ils pourront alors lire avec profit p.e [puisque ca cause surtout du sujet de ce fil de discussion] "Le hasard au coeur de la cellule: probabilites, determinisme, genetique" de Kupiec, Gandrillon, Morange, Heams, Silberstein et quelques autres). Mais il n'est effectivement pas une condition formelle necessaire a la predictibilite. Bref.

Citation:
Un petit calcul tout simple : il paraît que de nos jours, en francophonie qui se gargarise de lire pas mal, disons dans une bonne moyenne, un éditeur publie/fait imprimer/distribuer généralement 1500 exemplaires d'un premier livre - ce comme base raisonnable pour ne pas perdre trop de pognon en invendus. A 10 % pour l'auteur, ça donne 3000.- euros dans la poche de l'écrivain si tout est vendu. Il aura reçu une avance de 1500.- euros sur les ventes, de la part de l'éditeur... Ca fait pas beaucoup. P'tain, les écrivains crèvent la dalle, à moins qu'ils aient un succès inespéré ou des lecteurs fidèles. Et je parle ici des romans. Les essais scientifiques, sociologiques ou autres - sauf si auteurs très connus - ont rarement plus de chances de dépasser les quelques milliers d'exemplaires.

En effet. Mais "10% pour l'auteur", c'est tres tres au-dessus de ce que percoit reellement un auteur sur les ventes (a quelques exceptions pres, bien sur).

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MessagePosté: 31 Oct 2009, 16:19 
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Je viens de le prendre ce bouquin de kupiec sur "le hasard au coeur de la cellule". Je te dirais si il isole bien. Et sinon, je l'enverrais par la poste à reverend ça lui évitera de le faucher.


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MessagePosté: 01 Nov 2009, 05:29 
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Tu me permets deux petites critiques constructives sans te fâcher Pyne Duythr ? Je crois que tu as commis ci-dessous une petite inversion d'inattention (sans gravité, ça arrive) mais qui si on ne la corrige pas, change profondément cette affaire. Ce n'est pas bien grave, mais important tout de même du point de vue de l'histoire des idées/théories. Sinon, ça enlève à ces chercheurs leur gratification.

Pyne Duythr a écrit:
La "stochasticite genetique et moleculaire" a ete observee il y a fort longtemps deja. Cependant, la difference entre les modeles* ESG (aka a expression stochastique genetique) - comme ceux de Kupiec & al. - et les modeles BMP (aka relatifs a la biologie moleculaire programmiste) reside dans le fait que la stochasticite (ou aleatoirite, meme si ce dernier terme est ici trop general) est consideree comme un bruit de fond (p.e. "bruit ou instabilite developpemental/e" ou "bruit thermique") pour la BMP alors qu'il est devenu - au gre des observations et (cela va de pair) de l'affinement des outils (dont mathematiques: analyse de la robustesse, certains type d'equations de diffusion, etc.) & des techniques (p.e. cytometrie en flux) - le pilier des modeles ESG (la BMP n'etant alors vue, in fine, que comme un cas particulier ou limite de l'ESG).

Ce n'est pas tant "l'aléatoire (= stochastique, hasardeux, c'est synonyme) de la génétique et moléculaire" qui a été observée il y a fort longtemps, mais la variabilité au niveau de l'expression phénotypique. Et pour ce qui concerne cette affaire, dans le détail cela se réduit expérimentalement à la synthèse des protéines pour des cellules similaires (même spécialisation) in vitro/environnement identique. L'aléatoire étant justement l' << explication >> la plus moderne (et pourquoi pas "révolutionnaire") de cette variabilité déjà observée. C'est le cheval de bataille de ces chercheurs, leur "cause" principale, si l'on veut l'exprimer ainsi.

Si on remonte quelques années en arrière : Vu qu'à cette époque très récente, le "consensus" était plutôt au déterminisme moléculaire strict, c à dire la programmation inéluctable bien déterminée de cette synthèse (normal vu d'une part que la chimie est déterministe et vu que l'on observait l'expression au niveau des tissus : qui cadrait très bien ce déterminisme génétique ADN-protéines, même couché sur le papier...), les différences d'expressivité inattendues, étaient alors négligées ou considérées comme un "bruit" (pour reprendre les termes de Kupiec/Heams, etc.); donc comme une variabilité qui ne devait pas être, et qui était alors remballée comme "défaut" de fonctionnement de l'expression cellulaire.
C'est donc un assez profond changement de compréhension qui transforme ce "bruit", passant de variables de dysfonctionnement inattendues, en processus intrinsèque à la synthèse protéique.

Et j'ajoute que si pas mal de, disons "fondamentalistes" de la compréhension plutôt moléculairement déterministe/programmiste (BMP), ont encore un peu de peine à avaler ce nouveau morceau complémentaire, c'est avant tout car le déterminisme n'est pas un vain mot mais de toutes manières un passage obligé véhiculaire, polysémique ici, car in fine le fonctionnement cellulaire en dépend : les molécules produites doivent être majoritairement celles demandées, la survie et cohésion de l'organisme l'exige. C'est donc bien - en décomposant ces procédés par un peu de réductionnisme utilitaire (je reprends encore les termes locaux ESG/BMP, bien pratiques) :
On passe de BMP :
chimie déterministe => biochimie déterministe => génétique uniquement programmiste
= synthèse protéique accomplie telle que prévue.
à
ESG : chimie (toujours) déterministe => biochimie/génétique (très) partiellement programmiste + aléatoire / influence topologique/environnement cellulaire
= synthèse protéique accomplie telle que prévue (*).

(*) prévue dans les deux cas = ici prévue signifie que même si les mêmes gènes de cellules similaires et dans un même environnement, produisent des probabilités de différentes protéines (= ne fonctionnent pas pareil) , cette expression différée dépend (selon ESG) de la rencontre aléatoire des facteurs de transcription sur les bons gènes. Ce qui n'avait pas d'explication pour "la BMP", et qui donc la reléguait au rang de "bruit" ou de négligeable. Pourquoi négligeable ? Parce que d'une part l'organisme multicellulaire fonctionne, et parce qu'il a fallu attendre le perfectionnement de l'imagerie cellulaire et des marquages par fluorescence. Au niveau des tissus, on ne pouvait distinguer l'expressivité différente intercellules au niveau individuel.

L'ADN n'ayant que deux utilités fondamentales, se "répliquer à l'identique" et "matière première pour la synthèse des protéines"; la première est pour l'instant très bien formalisée par un déterminisme chimique bien encadré, la parité ou complémentarité obligatoire des bases; la seconde étant celle dont on parle ici : ces "nlles théories" sur l'aléatoire sont pour l'instant très fertiles vis à vis de la synthèse des protéines, c'est uniquement dans ce cadre-là bien circonscrit que je les perçois et considère. Ce qui n'exclut rien ni n'engage à rien pour d'ultérieurs développements à un autre niveau de l'organisme, l'avenir le dira.
Sans trop m'avancer sur ce qui a historiquement infléchi les idées en biologie moléculaire, - n'étant pas dans la tête des anciens pour la plupart clapsés - je dirais que c'est ce déterminisme si obligatoire de la parité des bases, indéniable, qui a "trompé" les théoriciens sur tous les autres processus biologiques liés à l'ADN. Étant donné que la compréhension encore partielle de la synthèse des protéines est chronologiquement ultérieure (et chimiquement plus complexe) à la réplication de l'ADN, c'est assez logique de le soupçonner.

Pour ton second long pavé, rien à ajouter hormis un point plus bas (sans vouloir te prendre la tête) , et si ce n'est un encouragement pour ces autres que ces processus et théories intéressent mais que les probas rebutent : même s'il s'agit de modèles à probas et aléatoire impliqués, elles sont très recommandables à lire et à fouiller car elles ont justement peu de maths ni de probas dans leurs explications ; ni ne nécessitent aucune connaissance approfondie en maths/probas pour les capter. Ce pour faire un peu de pub à Kupiec, Heams, etc. : Avis aux intéressés, aucun prérequis donc, de la bonne science biologique.
Ici un aperçu (chapitre d'introduction en entier, c'est un cadeau appréciable !) de ce livre cité plus haut : http://www.larevuedesressources.org/IMG ... -intro.pdf
On y retrouve cette même terminologie assez caractéristique, mais très facile à suivre et à capter.

Pyne Duythr a écrit:
Enfin, le determinisme - quoi que cela veuille dire - ne s'oppose pas toujours au probabiliste (debat sterile dans lequel je refuse toutefois d'entrer: si cela interesse certains, ils pourront alors lire avec profit p.e [puisque ca cause surtout du sujet de ce fil de discussion] "Le hasard au coeur de la cellule: probabilites, determinisme, genetique" de Kupiec, Gandrillon, Morange, Heams, Silberstein et quelques autres). Mais il n'est effectivement pas une condition formelle necessaire a la predictibilite. Bref.

Pour ce sujet qui nous concerne ici, il s'agit du "déterminisme de la synthèse des protéines". Cette programmation inéluctable à sens unique (qui même si modulée par d'autres gènes était considéré déterministe) qui est assez clairement opposé à cette nlle compréhension (*) où pour au final fabriquer une même enzyme ou autre molécule espérée, est compris grâce à l'insertion de cette stochastique moléculaire. Au final, la production principale reste la même, une sorte de déterminisme distal, mais ce sont deux visions différentes qui s'opposent. Le déterminisme seul serait bien pratique et fonctionnel, mais il n'explique malheureusement pas les "bugs".
(*) opposé du point de vue d'approches, mais complémentaire en fait puisqu'au final - avec les apports/influence/topologie de l'environnement cellulaire - la/les protéines sont produites correctement selon les deux approches.

Bien entendu, le déterminisme dans un sens plus large ou autre - là je n'entre pas en matière si c'est ce que tu suggères - il n'est pas nécessairement opposé au probabilisme, aucun souci si tu le penses. Faut simplement ne pas perdre de vue qu'ici ce sont bien deux compréhensions du même mécanisme qui s'opposent. Même si les termes déterminisme pour l'un, le premier, n'implique en rien qu'un événement aléatoire ne soit pas prédictible. C'est simplement le nom donné à cette première vision du fonctionnement cellulaire ; nom qui aurait pu être tout autre.
Pour ce qui concerne cette théorie, la prédictibilité de l'aléatoire est, justement, démontrée ne serait-ce par le bon fonctionnement de l'organisme via ses molécules synthétisées. Aléatoire à l'échelle des contacts moléculaires, mais prédictible à l'échelle des cellules ou tissus, donc de l'organisme.

Voilà. Pardon pour les redites avec ton post, mais je pense qu'avec le tien plus le mien, Hans qui avait exprimé ailleurs être intéressé par ces théories, sera plus au clair sur tout cela et incité à s'y pencher. J'avais craint qu'en lisant ton gros pavé sur les probas, celui qui est très dense, il ne prenne peur et ne croie que cette nlle vision de la bio soit un truc accessible seulement par des ultra-matheux à encéphale de 3000 cm3. Ce qui n'est pas le cas de ces théories (ni le mien non plus d'ailleurs). :wink:

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MessagePosté: 01 Nov 2009, 14:32 
Neo
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Eh bien merci pour ces résumés!

D'ailleurs le "modèle stochasticite" (où la stochasticite n'est donc pas considéré comme un simple "bruit de fond" mais au contraire une mamelle dans le développement des divers structures organiques) est à mettre en lien avec le "darwinisme cellulaire" proposé par Jean-Jacques Kupiec, non?! Ce denier point expliquant également comment cette stochasticite parvient néanmoins à aboutir à un organisme viable et fonctionnel, enfin tout du moins c'est ce qu'il me semble avoir retenu d'une de mes précédentes lectures de Jean-Jacques Kupiec!


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MessagePosté: 01 Nov 2009, 16:06 
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Oui mais ne t'emballe pas trop vite avec ces Kupiec & Co. Et garde surtout bien tes distances avec l'importance que cela a ou aura. La chimie et son déterminisme est cotée en bourse des sciences comme... science justement ! Et reste une valeur plus sûre que Kupiec. :mrgreen:
(je le fais en métaphore, mais je me comprends)

L'aléatoire de ces processus ne cache qu'un ensemble, un fourmillement de processus [déterministes, car chimiques] mal compris ou carrément ignorés. Cela veut dire tout simplement qu'au final, le déterminisme aura "gain de cause" avec le progrès et l'affinement des connaissances.
Et puis Kupiec & Co eux-mêmes ne sont pas dupes : dans la page que j'ai linkée, ils avouent texto eux-mêmes la "faille" de leur théorie (faille = ce qui la relativise) et proposent assez humblement ce qui marquera sa fin annoncée (sans doute après qu'elle se soit un peu plus répandue et ait été mieux intégrée) :
- l'aléatoire (biomoléculaire) en question ne vient pas d'un fondement de hasard "quantique" mais plutôt d'un hasard "brownien". Soit un hasard des plus classiques, dû (formulé différemment en prélude de mon post) à un ensemble de processus [déterministes justement, puisque chimiques], de causes " produisant un effet de stochasticité dans la cellule, comme c'est le cas des phénomènes liés à l'agitation brownienne des molécules (*)".

(*) Citation de "De la nécessité du hasard en biologie"

ps: même si tout cela est imbriqué et qu'on a abordé pas mal de trucs ces derniers jours, faut pas confondre l' ESG dont on parle ici et l'EVO-DEVO dont on parle sur un autre topic.

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MessagePosté: 01 Nov 2009, 22:33 
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Ok, je vais donc ressortir ma paire de pincettes géante et la remettre en service pour les lecture de Jean-Jacques Kupiec!

Bon sinon ça me fait penser qu'il va falloir que je me replonge dans des lectures consacré à la notion de hasard en physique, va aussi falloir que je revoie quelques notions de chimie!


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MessagePosté: 04 Déc 2009, 14:32 
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Archie Cash a écrit:
Tu me permets deux petites critiques constructives sans te fâcher Pyne Duythr ?

Pourquoi devrais-je me facher? Bordel!

Citation:
Je crois que tu as commis ci-dessous une petite inversion d'inattention (sans gravité, ça arrive) mais qui si on ne la corrige pas, change profondément cette affaire. Ce n'est pas bien grave, mais important tout de même du point de vue de l'histoire des idées/théories. Sinon, ça enlève à ces chercheurs leur gratification.

Pyne Duythr a écrit:
La "stochasticite genetique et moleculaire" a ete observee il y a fort longtemps deja. Cependant, la difference entre les modeles* ESG (aka a expression stochastique genetique) - comme ceux de Kupiec & al. - et les modeles BMP (aka relatifs a la biologie moleculaire programmiste) reside dans le fait que la stochasticite (ou aleatoirite, meme si ce dernier terme est ici trop general) est consideree comme un bruit de fond (p.e. "bruit ou instabilite developpemental/e" ou "bruit thermique") pour la BMP alors qu'il est devenu - au gre des observations et (cela va de pair) de l'affinement des outils (dont mathematiques: analyse de la robustesse, certains type d'equations de diffusion, etc.) & des techniques (p.e. cytometrie en flux) - le pilier des modeles ESG (la BMP n'etant alors vue, in fine, que comme un cas particulier ou limite de l'ESG).

Ce n'est pas tant "l'aléatoire (= stochastique, hasardeux, c'est synonyme)

(Ce n'est pas synonyme. Parfois - trop souvent a mon gout - on assimile effectivement stochasticite et aleatoirite soit par "appel du pied" parce que la stochasticite repose entre autres sur la notion de variable aleatoire (qui n'est en fait qu'une fonction definie sur l'eventail des eventualites), soit par effet "Cafe du Commerce" parce que l'on se satisfait d'une definition superficielle et/ou fourre-tout du hasard, suffisante dans un certain nombre des cas mais trompeuse dans tous les autres. Le hasard vrai, ca n'existe qu'en mathematiques et, peut-etre dans certaines manifestations de certains phenomenes naturels (p.e. desintegration beta). J'ai ecrit "peut-etre" car encore faudrait-il pouvoir le prouver (je fais en effet partie de ceux qui, jusqu'a preuve du contraire, ne croient pas a l'existence du hasard dans la nature). La stochasticite est un hasard faible, cad ici - comme tu l'as deja souligne quelque part, je crois - une propriete de type brownien (comme c'est d'ailleurs le cas de la plupart des modeles economiques ayant pignon sur rue... et ayant contribue aux recentes debacles des marches - et qui contribueront a la non-prevision des futures - dont on n'a malheureusement pas fini de subir les consequences; ce parallele n'est, a mon sens, pas gratuit; on aura peut-etre l'occasion d'en causer un jour ou l'autre). Comment definir le hasard vrai? C'est difficile. A ce jour, il existe quelques definitions equivalentes plutot satisfaisantes mais assez techniques et n'ayant pas vraiment leur place dans ce fil. On peut par contre definir le "hasard brownien" (parler de hasard en le collant a l'adjectif brownien m'herisse les poils du cul, mais c'est pour faire court) de facon presque imagee mais non moins correcte. Un processus stochastique est une fonction qui decrit l'evolution d'un phenomene que l'on n'a pu decrire qu'a travers une grammaire probabiliste. Un processus brownien est, quant a lui, l'objet qui permet de decrire l'evolution des probabilites de ladite grammaire. Celui-ci a toutefois tendance a attribuer beaucoup de regularite - peut-etre meme plus qu'il n'y en a reellement - au phenomene considere. En effet, les lunettes browniennes font voir le monde comme s'il etait compose d'oscillations autour de "positions" moyennes (quel que soit l'espace considere). Ainsi, les processus stochastiques/browniens semblent effectivement bien adaptes aux problemes d'expression genetique (cf. plus bas), mais on est loin, meme intuitivement, de l'idee de hasard (vrai). C'est pourquoi je prefere parler de stochasticite - car il s'agit de cela - et eviter le terme aleatoirite. Ok, je chipote. J'en reste donc la.)

Citation:
de la génétique et moléculaire" qui a été observée il y a fort longtemps, mais la variabilité au niveau de l'expression phénotypique.

La variabilite, bien entendu. Mais egalement - et c'est justement le sujet de ce fil - les comportements "aleatoires" supposes ou reels lies a celle-ci (cf. un peu plus bas, au § bruits, arf!).

Citation:
Et pour ce qui concerne cette affaire, dans le détail cela se réduit expérimentalement à la synthèse des protéines pour des cellules similaires (même spécialisation) in vitro/environnement identique. L'aléatoire étant justement l' << explication >> la plus moderne (et pourquoi pas "révolutionnaire") de cette variabilité déjà observée. C'est le cheval de bataille de ces chercheurs, leur "cause" principale, si l'on veut l'exprimer ainsi.

En effet.

Citation:
Si on remonte quelques années en arrière [,] les différences d'expressivité inattendues, étaient alors négligées ou considérées comme un "bruit" (pour reprendre les termes de Kupiec/Heams, etc.)

Kupiec n'est pas responsable du terme bruit: a ma connaissance - tres tenue en histoire de la biologie, je dois l'admettre humblement -, ce sont les biologistes du developpement qui ont parle en premier de "bruit (developpemental)" et d'"instabilite developpementale" dans les annees 50 au sujet du ou des processus biochimiques intracellulaires qui regissent le developpement d'un organisme. A vrai dire, la notion de bruit en biologie et en genetique n'est pas rare - loin s'en faut - puisqu'elle designe toute perturbation aleatoire (au sens de l'effet Cafe du Commerce) et imprevisible affectant n'importe quel phenomene biologique. Le merite de Kupiec - et de son equipe (qui a compte un physicien des particules dont l'apport n'est pas negligeable) - a ete d'avoir donne en quelque sorte un nom (une legitimite et un modele) a un de ces bruits en l'extrayant ainsi de son aura de mystere, voire de son silence (arf!), ou de son anonymat, c'est selon. C'etait d'ailleurs le sens du quote que tu accuses a tort d'etre peu "gratifiant" a l'encontre de Kupiec.

Citation:
[Bien que certains "fondamentalistes" de la BMP soient sceptiques envers l'ESG], le fonctionnement cellulaire [] dépend [du determinisme inherent a la BMP]: les molécules produites doivent être majoritairement celles demandées, la survie et cohésion de l'organisme l'exige. C'est donc bien - en décomposant ces procédés par un peu de réductionnisme utilitaire (je reprends encore les termes locaux ESG/BMP, bien pratiques) :
On passe de BMP :
chimie déterministe => biochimie déterministe => génétique uniquement programmiste
= synthèse protéique accomplie telle que prévue.
à
ESG : chimie (toujours) déterministe => biochimie/génétique (très) partiellement programmiste + aléatoire / influence topologique/environnement cellulaire
= synthèse protéique accomplie telle que prévue

Exact. Y'a pas gueguerre entre BMP e ESG. La deuxieme complete ou ajuste la premiere.

Citation:
Sans trop m'avancer sur ce qui a historiquement infléchi les idées en biologie moléculaire, - n'étant pas dans la tête des anciens pour la plupart clapsés - je dirais que c'est ce déterminisme si obligatoire de la parité des bases, indéniable, qui a "trompé" les théoriciens sur tous les autres processus biologiques liés à l'ADN. Étant donné que la compréhension encore partielle de la synthèse des protéines est chronologiquement ultérieure (et chimiquement plus complexe) à la réplication de l'ADN, c'est assez logique de le soupçonner.

Je suis a peu pres du meme avis.

Citation:
Pour ton second long pavé, rien à ajouter hormis un point plus bas (sans vouloir te prendre la tête) , et si ce n'est un encouragement pour ces autres que ces processus et théories intéressent mais que les probas rebutent : même s'il s'agit de modèles à probas et aléatoire impliqués, elles sont très recommandables à lire et à fouiller car elles ont justement peu de maths ni de probas dans leurs explications ; ni ne nécessitent aucune connaissance approfondie en maths/probas pour les capter. Ce pour faire un peu de pub à Kupiec, Heams, etc. : Avis aux intéressés, aucun prérequis donc, de la bonne science biologique.
Ici un aperçu (chapitre d'introduction en entier, c'est un cadeau appréciable !) de ce livre cité plus haut : http://www.larevuedesressources.org/IMG ... -intro.pdf
On y retrouve cette même terminologie assez caractéristique, mais très facile à suivre et à capter.

Il me parait difficile de piger les modeles kupieciens sans se salir un chouilla les mains avec des maths (un peu de probabilites et quelques fonctions & equations, in fine rien de transcendant, don't worry). Tout comme il me parait difficile de piger la plupart des articles (publies dans des revues scientifiques) sur ce sujet pour les memes raisons. A moins de rester en surface. Ca peut etre suffisant, bien sur. Enfin, tout depend de ce que l'on met sous le vocable piger.

Quoi qu'il en soit, va falloir vous y faire: la mathematisation de la biologie est en route (elle n'en est qu'a sa toute premiere enfance, apres un tres long et lent accouchement). Arf arf arf!

Citation:
Pyne Duythr a écrit:
Enfin, le determinisme - quoi que cela veuille dire - ne s'oppose pas toujours au probabiliste (debat sterile dans lequel je refuse toutefois d'entrer: si cela interesse certains, ils pourront alors lire avec profit p.e [puisque ca cause surtout du sujet de ce fil de discussion] "Le hasard au coeur de la cellule: probabilites, determinisme, genetique" de Kupiec, Gandrillon, Morange, Heams, Silberstein et quelques autres). Mais il n'est effectivement pas une condition formelle necessaire a la predictibilite. Bref.

Pour ce sujet qui nous concerne ici, il s'agit du "déterminisme de la synthèse des protéines". Cette programmation inéluctable à sens unique (qui même si modulée par d'autres gènes était considéré déterministe) qui est assez clairement opposé à cette nlle compréhension (*) où pour au final fabriquer une même enzyme ou autre molécule espérée, est compris grâce à l'insertion de cette stochastique moléculaire. Au final, la production principale reste la même, une sorte de déterminisme distal, mais ce sont deux visions différentes qui s'opposent. Le déterminisme seul serait bien pratique et fonctionnel, mais il n'explique malheureusement pas les "bugs".
(*) opposé du point de vue d'approches, mais complémentaire en fait puisqu'au final - avec les apports/influence/topologie de l'environnement cellulaire - la/les protéines sont produites correctement selon les deux approches.

Vi. L'ESG est en quelque sorte - et en gros - une approche darwinienne de la stereospecificite moleculaire.

Citation:
le déterminisme [] n'est pas nécessairement opposé au probabilisme, aucun souci si tu le penses.

Lorsqu'on se gargarise avec deterministe/non-deterministe, on oublie trop souvent que deterministe (quoi que cela veuille dire) n'implique pas (toujours) predictible. Bref, j'vais pas en faire un fromage.

Hans a écrit:
ça me fait penser qu'il va falloir que je me replonge dans des lectures consacré à la notion de hasard en physique, va aussi falloir que je revoie quelques notions de chimie!

Arf!

A propos des modeles kupieciens: quelques conferences en ligne ne feront sans doute de tort a personne. En voici deux:


A lire aussi (trois rapports de DEA sous la direction de Kupiec et de Laforge qui resument assez bien tout l'bazar):



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MessagePosté: 04 Déc 2009, 19:15 
Neo
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Inscription: 15 Juin 2007, 16:30
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Pyne Duythr a écrit:
Arf!

A propos des modeles kupieciens: quelques conferences en ligne ne feront sans doute de tort a personne. En voici deux:


A lire aussi (trois rapports de DEA sous la direction de Kupiec et de Laforge qui resument assez bien tout l'bazar):


Ah ben merci!

C'est mon cadeau de noël scientifique de cette année, bon faut encore que je finisse de lire et que je digère les documents que tu m'as déjà filé les dernières fois mais vu que ça m'intéresse et que j'ai vraiment envit de capter ces modèles théorique à la Kupiec je vais pas trop attendre non plus!

Pyne Duythr a écrit:
Il me parait difficile de piger les modeles kupieciens sans se salir un chouilla les mains avec des maths (un peu de probabilites et quelques fonctions & equations, in fine rien de transcendant, don't worry). Tout comme il me parait difficile de piger la plupart des articles (publies dans des revues scientifiques) sur ce sujet pour les memes raisons. A moins de rester en surface. Ca peut etre suffisant, bien sur. Enfin, tout depend de ce que l'on met sous le vocable piger.

Quoi qu'il en soit, va falloir vous y faire: la mathematisation de la biologie est en route (elle n'en est qu'a sa toute premiere enfance, apres un tres long et lent accouchement). Arf arf arf!

Ca promet en effet et dans le bon sens du terme bien sûr!

On compte d'ailleurs sur toi pour nous enseigner les nouvelles connaissances à venir en nous faisant notamment avaler la pillule mathématiques qu'on sera obliger d'avaler si on veut, tu feras un bon prof j'en suis sûr! :fr:

Image

:wink:


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MessagePosté: 04 Déc 2009, 19:19 
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Hans a écrit:
tu feras un bon prof j'en suis sûr! :fr:

Arf! Le seul truc que je serais capable d'enseigner, c'est la cuisine. Et mal. Mieux que rien, tu m'diras.


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MessagePosté: 04 Déc 2009, 19:37 
Défioliant
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Euh, y a des cours du soir et de soutien pour les moules dans mon genre ?

Je vais relire pour essayer de comprendre. J'ai déjà capté, sauf erreur de ma part, qu'il n'y a de "véritable" hasard qu'en mathématique mais pas, a priori dans l'univers "matériel", ce qui ne veut pas dire qu'on puisse en tirer une prédictibilité quelconque, et que c'est avec les maths qu'on va faire de la biologie maintenant ! Autant vous dire que je vais en chier...


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MessagePosté: 04 Déc 2009, 20:41 
Glorbs
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Inscription: 02 Fév 2005, 09:02
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@Pyne Duythr
Citation:
Il me parait difficile de piger les modeles kupieciens sans se salir un chouilla les mains avec des maths (un peu de probabilites et quelques fonctions & equations, in fine rien de transcendant, don't worry). Tout comme il me parait difficile de piger la plupart des articles (publies dans des revues scientifiques) sur ce sujet pour les memes raisons. A moins de rester en surface. Ca peut etre suffisant, bien sur. Enfin, tout depend de ce que l'on met sous le vocable piger.

Quoi qu'il en soit, va falloir vous y faire: la mathematisation de la biologie est en route (elle n'en est qu'a sa toute premiere enfance, apres un tres long et lent accouchement). Arf arf arf!

hein?
tu peux donner un modèle kupecien bien précis pour que je puisse juger sur pièces si c'est incompréhensible sans etre mathématicien? sinon il faut freiner d'exagérer sur des fantasmes.

mon ami mon ami, il va surtout falloir se faire à l'idée que la biologie et génétique future et présente peut encore moins se passer de bonnes notions fondamentales de biologie et génétique. seulement un nigaud prendra tes dires au premier degré. je lis déjà un bon nigaud deux messages plus haut.

des maths en biologie ça fat un bout de temps que ça existe. avec des notions de maths qui ne sont pas la propriété des mathématiciens. quand un biologiste ou un toubib même un epidemiologiste, a besoin d'aide supplémentaire pour vérifier ou élaborer des modèles plus complexes, il fait appel à l'aide des mathematiciens.

tout comme soeur emmanuel, je suis pas certain deja de comprendre tes distingos ni que ce soit pertinent de distinguer stocasticité d'aléatoire. concernant le sujet de la discussion qui est de ce que j'ai compris la synthèse des protéines et les parités moléculaires je ne vois aucune différence. ton explication en dessous que j'ai pas suivi tres attentivement ni possiblement bien compris ne me donne pas d'indication sur la différence qu'il y aurait à faire ici.

sinon, tu dis que le hasard n'existe pas. mais une nation non plus mon ami.

le hasard dans la plupart des discussions de sciences naturelles c'est bètement déjà l'imprévisibilité totale ou de conception de certains procédés ou explications, par cause d'une multitude innombrable d'actions en jeu. si on approfondissait avec un physicien ce que je suis incapable, il pourrait éventuellement expliquer qu'il y a même plus loin une sorte d'aléatoire intrinsèque au niveau le plus fondamental. mais meme sans ce dernier point que je ne suis pas l'état des connaissances quantiques, dire que l'aléatoire n'existe pas est pas futé.
Ca pourrait etre le cas comme ne pas etre (si les physiciens se mettent dans la discussion ils la meneraient surement ailleurs que "le hasard ça n'existe pas", je pense) mais il est une consideration indispensable dans cette discussion comme la notion de nation délimitée est aussi indispensable pour la politique nationale.


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MessagePosté: 04 Déc 2009, 21:26 
Défioliant
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Inscription: 25 Jan 2005, 00:24
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Gino a écrit:
sinon, tu dis que le hasard n'existe pas. mais une nation non plus mon ami.
le hasard dans la plupart des discussions de sciences naturelles c'est bètement déjà l'imprévisibilité totale ou de conception de certains procédés ou explications, par cause d'une multitude innombrable d'actions en jeu. si on approfondissait avec un physicien ce que je suis incapable, il pourrait éventuellement expliquer qu'il y a même plus loin une sorte d'aléatoire intrinsèque au niveau le plus fondamental. mais meme sans ce dernier point que je ne suis pas l'état des connaissances quantiques, dire que l'aléatoire n'existe pas est pas futé.
Ca pourrait etre le cas comme ne pas etre (si les physiciens se mettent dans la discussion ils la meneraient surement ailleurs que "le hasard ça n'existe pas", je pense) mais il est une consideration indispensable dans cette discussion comme la notion de nation délimitée est aussi indispensable pour la politique nationale.

On s'en fout !
Vous battez pas pour pareilles conneries. J'avais mis stochasticité comme synonyme de hasardeux pour épargner aux lecteurs d'ouvrir un dictionnaire, qui de toutes manières les donnera comme synonymes. Après, si pour les matheux "stochastiticé" n'est pas strictement synonyme de hasardeux, d'aléatoire ou de je ne sais quel autre terme genre coup de bol/pas de bol, on n'en a rien à cirer. Simplement, ce terme "stochastique" était sorti dans ce fil pour la première fois. C'est utile de rappeler ce qu'il signifie ici, et vu qu'il est plus compliqué à écrire... Evitons aux lecteurs de mettre leurs chaussons pour aller consulter un dico.
Ou alors, je veux bien aussi capter la différence fondamentale pour ce fil de discussions. Possible, pourquoi pas ?

Ceci dit Pyne Duythr, bien que ton speech sur la stochasticité soit sans aucun doute très docte, quand tu "corriges" un gars qui met Stochasticité/hasardeux/aléatoire" en synonymes, après que toi-même au post précédant le mien aies écrit, je te cite :
Citation:
"dans le fait que la stochasticite (ou aleatoirite, meme si ce dernier terme est ici trop general)"

... on est en droit de rester un peu hébété.
Si ce n'est pas de l'ergotage, quelle différence y a-t-il entre ergoter et chicaner, hein ?

M'enfin bon, OK. J'ai lu : << le hasard vrai n'existe qu'en mathématiques >>, et << peut-être dans certaines manifestations de phénomènes naturels >>... mais << tu fais partie de ceux qui n'y croient pas >> et cependant, tu écris aussi << Comment définir le hasard vrai? C'est difficile. >>
Bref, c'est très clair. Sans doute ce qu'on appelle la clarté mathématique.

Bah, moi je suis pragmatique cher Pyne Duythr : << hasard brownien >> dans ma phrase d'un post précédent est dérivé de mouvement brownien (ou mouvement stochastique). Je ne faisais que reprendre une formule différente en passant, de Kupiec lui-même, qui explique dans un texte qu'il est différent d'un "aléatoire quantique", qui serait inhérent à la nature/matière et indépendant de toute causalité moins fondamentale.
Kupiec le précise souvent lui-même : << Kupiec : J'emploie le mot " hasard " pour me faire comprendre, mais je devrais parler de mécanisme stochastique. Ici, " hasard " ne signifie pas absence de cause ou non reproductibilité. >>
Traduit autrement, ce hasard/mouvement brownien n'est que partiellement équivalent au hasard probabilisé d'un jet de dés, qui de toutes manières est déterminé par les paramètres physiques initiaux. Un hasard du jet de dés qui s'étudie par des probas, mais qui elles ne touchent pas les paramètres, mouvements, position ni forces dynamiques et physiques du lancer de dés.
C'est donc de ce premier hasard moléculaire qu''il est question dans ce topic, comme je le précisais, lequel est parfaitement synonyme d'aléatoire moléculaire (=> mouvement), vu qu'il s'agit grosso modo de particules en mouvement dans un fluide. Assez physique donc, et à distinguer de cet autre "hasard" plutôt synonyme de "probabilisation", qui se pratique très bien sur un papier ou avec une calculette, indépendamment de tout paramètre naturel/physique.
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"Je veux qu'on me prenne pour un con car j'en suis un, qu'on me parle simplement pour que je capte bien car je suis idiot: si on me regarde et qu'on me parle sans égards, c'est déjà me considérer à peu près normal et pas uniquement comme un handicapé physique ou un déficient mental."


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MessagePosté: 04 Déc 2009, 23:32 
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Orangino a écrit:
tu peux donner un modèle kupecien bien précis pour que je puisse juger sur pièces si c'est incompréhensible sans etre mathématicien?

Ais-je dit ca?

Citation:
va surtout falloir se faire à l'idée que la biologie et génétique future et présente peut encore moins se passer de bonnes notions fondamentales de biologie et génétique.

Ais-je dit le contraire?

Citation:
des maths en biologie ça fat un bout de temps que ça existe.

Ais-je dit le contraire?

Arf et bref!

Archie Cash a écrit:
[prout!] on peut en rester là.

Arf! On peut en rester ou tu veux. J'abandonne ce fil. Toi j'sais pas, mais moi j'ai pas - ou plus - de temps a perdre.


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MessagePosté: 04 Déc 2009, 23:45 
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Comme tu veux Pyne Duythr. Je suis un peu piqué (*) je dois dire. C'est rare que ça m'arrive.
Pyne Duythr a écrit:
Lorsqu'on se gargarise avec deterministe/non-deterministe, on oublie trop souvent que deterministe (quoi que cela veuille dire) n'implique pas (toujours) predictible. Bref, j'vais pas en faire un fromage.

Moi non plus. Mais vu que je ne me gargarise qu'avec du rhum et de l'aguardiente, j'aimerais comprendre si tu ergotes par plaisir ou par besoin.

Avant de se gargariser ou de suggérer que les autres se gargarisent avec un terme comme déterminisme appliqué par bibi dans cette discussion uniquement à l'appariement des bases, faudrait déjà vérifier si on parle de la même chose.
L'appariement des bases (qui fait partie de ce que tu appelles dans ton dernier post Stéréospécificité moléculaire... ) n'est rien d'autre que déterministe. Les mécanismes régissant la complémentarité sont basiquement une correspondance classique de liaisons chimiques + géométrique. A-HH-T/U et C-HHH-G. Même en cas de mauvais appariement, celui/ceux qui "remplacent" sont eux aussi inféodés au même déterminisme chimique.

Après, si déterminisme n'implique pas toujours prédictibilité (encore qu'il faudrait savoir ce que veut dire "impliquer toujours prédictibilité" dans ta phrase), cela ne change rien à notre affaire.

Ceci dit, dans le post précédent je rebondissais sur ton speech/ergotage pour signifier indirectement à Gino, qu'en effet, il y a bien une distinction faite entre différentes compréhensions du terme "hasard" polysémique. Il te demandait des explications, te reprochant à toi seulement d'avoir proposé des nuances à ce sujet. Ce qui m'a semblé injuste de sa part, vu que j'avais synonymisé (pour la raison pratique fournie plus haut).
(*) Piqué : Moi je ne te reproche pas tes explications, au contraire c'est intéressant de te lire à ce sujet, simplement j'ai trouvé marrant (un peu injuste en fait) que l'on ait tous deux rendu synonymes aléatoire/stochasticité, pour simplifier ici, tout en précisant des nuances avec hasard brownien, mais que ce me soit "reproché". :mrgreen:
Pas de quoi en faire un fromage. Tu as rebondi comme moi pour ajouter des nuances et je le prends comme ça, voilà tout. C'est le mot "se gargariser" qui m'a un peu irrité. C'est bon, ça a passé. N'en parlons plus. Pis de toutes manières, en virtuel hein...

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MessagePosté: 05 Déc 2009, 01:36 
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Inscription: 26 Jan 2005, 22:50
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Est-ce que vous êtes vraiment con à bouffer du foin ? Oui, mais là n'est pas le propos.

C'est un peu chaud caustique, monsieur Preskovic, la tournure de cette discussion. En voilà un qui fait arf comme si il avait le A/H1N1pdm et un autre qui se retrouve piqué sans vaccin. Reprenez vos esprits, messieurs, nous avançons en territoire inconnu. Il faut savoir raison garder.

Je propose un duel à l'arme de votre choix. L'épée est élégante, le pistolet plus moderne. Choisissez et qu'on en finisse ! L'outrage est là, relevez le gant !

La théorie de Kupiec a ceci d'intéressant, qu'elle ramène la biologie a un peu de plus de pragmatisme et de matérialisme, au lieu de la sempiternelle quête du Graal dans laquelle elle semble s'être un peu fourvoyée.

Moi, con d'entre les cons, ce que j'ai retenu de cette théorie peut s'exprimer dans les termes suivants :

Jaillisant d'entre les forces, les lois m'ont donné l'apparence d'une organisation établie alors que je ne suis qu'éphémère contingence momentanément explicable au delà toute explication prédictible puisque stochastique. Et ainsi va l'Homme d'entre les idées.

Je sais c'est beau à pleurer et on dit merci qui ? Merci Zubrowska ! :mrgreen:


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MessagePosté: 05 Déc 2009, 10:40 
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J'ai consulté google pour comprendre de quoi tu parles, avec pareilles conneries que tu sors. Cherché le mot Zubrowska (j'ai pensé à un cinéaste ou chais pas quoi).

Pauvre con ! :mrgreen:

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MessagePosté: 12 Déc 2009, 00:33 
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<< Le hasard vrai, ca n'existe qu'en mathematiques et, peut-etre dans certaines manifestations de certains phenomenes naturels (p.e. desintegration beta). J'ai ecrit "peut-etre" car encore faudrait-il pouvoir le prouver (je fais en effet partie de ceux qui, jusqu'a preuve du contraire, ne croient pas a l'existence du hasard dans la nature). La stochasticite est un hasard faible, cad ici - comme tu l'as deja souligne quelque part, je crois - une propriete de type brownien (comme c'est d'ailleurs le cas de la plupart des modeles economiques ayant pignon sur rue... et ayant contribue aux recentes debacles des marches - et qui contribueront a la non-prevision des futures - dont on n'a malheureusement pas fini de subir les consequences; ce parallele n'est, a mon sens, pas gratuit; on aura peut-etre l'occasion d'en causer un jour ou l'autre). Comment definir le hasard vrai? C'est difficile. >>

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MessagePosté: 28 Déc 2016, 19:03 
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Bah tout vient à point à qui sait attendre, l'intuition géniale selon moi de Kupiec (ie l'efficacité de la TOE au niveau génétique) serait mise en lumière par une étude expérimentale sur des cellules souches de sang de poulet :

Voilà un article bien résumé sur le sujet :

http://huet.blog.lemonde.fr/2016/12/27/ ... genetique/

la source (en english dans le texte) : http://journals.plos.org/plosbiology/ar ... io.1002585

Ayant lu le bouquin de Kupiec et Sonigo (qui ne sont pas du cirque Pander) à l'époque, j'avais trouvé vraiment performante et intéressante cette présentation/réflexion, même très élégante et conforme à un matérialisme solide mais j'en ai déjà parlé plus haut...


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MessagePosté: 29 Déc 2016, 17:24 
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Il y a aussi un article sur le blog à Jorion

http://www.pauljorion.com/blog/2016/12/ ... r-timiota/


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MessagePosté: 12 Fév 2020, 20:22 
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Jean-Jacques Kupiec, l’ignorance au cœur de la cellule, 2018
https://sniadecki.wordpress.com/2018/03 ... ki-kupiec/

Très intéressante et récente critique (il y en a eu de nombreuses par le passé)de la théorie de Kupiec-Sonigo : en résumé, l'expression aléatoire-darwinienne des gènes et donc le développement aléatoire/darwinien des embryons/phénotype...) :D Si d'aucuns sont encore +/- convaincus ou emballés par cette théorie déjà âgée de 40 ans - qui n'a pas eu une féconde descendance il faut bien le dire - peut-être est-ce intéressant de lire cette critique de fond. L'auteur n'est en rien un antidarwinien, évidemment - sinon je n'aurais même pas proposé sa page en lecture.

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MessagePosté: 13 Fév 2020, 00:20 
Défioliant
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Inscription: 26 Jan 2005, 22:50
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waow, long ton article, j'ai survolé, faut que je lise plus tranquillement. C'est un combattant de quoi ce Andréas Sniadecki et ce blog ?


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